129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5415 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  100 
 
 		 897 aa  1770    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  41.09 
 
 		 892 aa  533  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  41.34 
 
 		 897 aa  526  1e-148  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  38.39 
 
 		 899 aa  512  1e-144  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  44.18 
 
 		 701 aa  490  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  38.88 
 
 		 897 aa  479  1e-134  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  38.36 
 
 		 906 aa  479  1e-134  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  40.86 
 
 		 920 aa  474  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  34.04 
 
 		 921 aa  474  1e-132  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  38.56 
 
 		 892 aa  459  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  36.71 
 
 		 899 aa  461  9.999999999999999e-129  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  38.65 
 
 		 904 aa  458  1e-127  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  35.47 
 
 		 885 aa  450  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  36.55 
 
 		 899 aa  449  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  37.51 
 
 		 907 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  35.26 
 
 		 912 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  36.45 
 
 		 887 aa  437  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  36.08 
 
 		 915 aa  436  1e-120  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  35.57 
 
 		 887 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  38.82 
 
 		 912 aa  427  1e-118  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  34.17 
 
 		 908 aa  422  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  29.55 
 
 		 823 aa  287  5.999999999999999e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  29.65 
 
 		 888 aa  287  5.999999999999999e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  29.31 
 
 		 888 aa  286  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  29.21 
 
 		 888 aa  283  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  32.81 
 
 		 854 aa  282  2e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  32.82 
 
 		 883 aa  281  5e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  32.68 
 
 		 887 aa  278  3e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  34.44 
 
 		 927 aa  273  1e-71  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  31.54 
 
 		 879 aa  271  2.9999999999999997e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  34.68 
 
 		 899 aa  268  4e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  33.79 
 
 		 944 aa  268  4e-70  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  32.68 
 
 		 905 aa  266  2e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  30.04 
 
 		 854 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  44.08 
 
 		 456 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  30.98 
 
 		 860 aa  247  8e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  32.92 
 
 		 929 aa  245  3e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  33.95 
 
 		 965 aa  238  5.0000000000000005e-61  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32 
 
 		 885 aa  231  4e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  32.9 
 
 		 901 aa  228  5.0000000000000005e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  30.8 
 
 		 837 aa  226  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  33.38 
 
 		 970 aa  226  2e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.8 
 
 		 971 aa  226  2e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  32.51 
 
 		 968 aa  224  4e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.71 
 
 		 944 aa  224  4.9999999999999996e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  34.07 
 
 		 922 aa  223  9e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  32.84 
 
 		 1540 aa  216  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  28.06 
 
 		 908 aa  216  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  25.89 
 
 		 948 aa  216  1.9999999999999998e-54  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  30.13 
 
 		 832 aa  215  2.9999999999999995e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  32.16 
 
 		 919 aa  213  1e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  31.22 
 
 		 868 aa  212  3e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  31.12 
 
 		 887 aa  211  4e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  31.03 
 
 		 871 aa  211  4e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  30.95 
 
 		 933 aa  210  9e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.85 
 
 		 885 aa  207  7e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  33.27 
 
 		 860 aa  206  1e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  31 
 
 		 876 aa  206  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  32.53 
 
 		 857 aa  201  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  34.04 
 
 		 594 aa  197  8.000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  31.26 
 
 		 986 aa  195  3e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  32.17 
 
 		 888 aa  191  7e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  29.54 
 
 		 871 aa  189  3e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  29.98 
 
 		 881 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  30.48 
 
 		 943 aa  180  8e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.26 
 
 		 962 aa  175  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  32.94 
 
 		 918 aa  168  5e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  32.16 
 
 		 729 aa  116  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  23.07 
 
 		 737 aa  116  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  26.18 
 
 		 750 aa  111  7.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  28.61 
 
 		 763 aa  106  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  32.43 
 
 		 804 aa  105  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  32.91 
 
 		 783 aa  104  9e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  26.74 
 
 		 750 aa  101  6e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  31.89 
 
 		 781 aa  101  7e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  31.89 
 
 		 779 aa  100  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  31.39 
 
 		 801 aa  99.8  2e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  23.73 
 
 		 741 aa  99  4e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  21.57 
 
 		 775 aa  98.6  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  28.38 
 
 		 917 aa  97.8  8e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  25.95 
 
 		 778 aa  95.9  3e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  32.54 
 
 		 1027 aa  95.9  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  25.84 
 
 		 736 aa  95.5  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  24.93 
 
 		 726 aa  94.4  8e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  29.41 
 
 		 795 aa  89  4e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  26.32 
 
 		 762 aa  86.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  22.05 
 
 		 764 aa  86.7  0.000000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  24.8 
 
 		 744 aa  84  0.00000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  23.45 
 
 		 741 aa  80.9  0.00000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  29.5 
 
 		 811 aa  77.8  0.0000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  23.29 
 
 		 729 aa  73.9  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3509  hypothetical protein  38.06 
 
 		 850 aa  71.2  0.00000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.30369 
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  24.16 
 
 		 827 aa  69.3  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  29.43 
 
 		 566 aa  68.6  0.0000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2518  helicases-like protein  23.79 
 
 		 781 aa  63.5  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0539  CRISPR-associated helicase Cas3  26.14 
 
 		 783 aa  62.4  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  40.3 
 
 		 807 aa  57.4  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1141  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.3 
 
 		 492 aa  55.8  0.000004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.607397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4288  CRISPR-associated helicase Cas3  23.37 
 
 		 836 aa  55.1  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2649  CRISPR-associated helicase Cas3  42.72 
 
 		 873 aa  53.9  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00423349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>