More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5143 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_5143  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  598  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4511  LysR family transcriptional regulator  83.17 
 
 		 304 aa  458  9.999999999999999e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4540  transcriptional regulator, LysR family  80.33 
 
 		 303 aa  424  1e-117  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.438902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4426  transcriptional regulator, LysR family  77.26 
 
 		 302 aa  385  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  64.8 
 
 		 305 aa  363  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11490  Transcriptional regulator, LysR family  60.07 
 
 		 327 aa  317  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.135778  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  50.16 
 
 		 306 aa  276  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 303 aa  272  6e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 303 aa  265  1e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  43.09 
 
 		 303 aa  261  6.999999999999999e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4057  LysR substrate-binding  72.64 
 
 		 205 aa  259  3e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 307 aa  258  9e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 313 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  45.67 
 
 		 305 aa  250  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  41.28 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 302 aa  249  5e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 304 aa  245  6.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 303 aa  244  9e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 322 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  47.22 
 
 		 293 aa  244  9.999999999999999e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  44.78 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  45.67 
 
 		 322 aa  242  3.9999999999999997e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 304 aa  242  5e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 313 aa  241  9e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  45 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42 
 
 		 299 aa  239  4e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 304 aa  239  4e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  45.95 
 
 		 299 aa  239  5e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 310 aa  236  2e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 301 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 302 aa  235  6e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 298 aa  235  6e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 		 305 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.18 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  44.15 
 
 		 298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 298 aa  233  3e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  43.71 
 
 		 294 aa  232  5e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 298 aa  232  7.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 313 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 294 aa  231  9e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  44.91 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  44.77 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 302 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  44.44 
 
 		 306 aa  229  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4334  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 302 aa  229  6e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.199355 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 299 aa  229  6e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 297 aa  228  8e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  42.66 
 
 		 299 aa  228  9e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  43.9 
 
 		 301 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 294 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  43.9 
 
 		 302 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.55 
 
 		 302 aa  226  3e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 300 aa  226  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 307 aa  226  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5787  transcriptional regulator, LysR family  44.44 
 
 		 308 aa  226  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  44.9 
 
 		 301 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 301 aa  225  8e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 309 aa  224  1e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2270  transcriptional regulator, LysR family  45.05 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  45.51 
 
 		 305 aa  224  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1990  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 		 294 aa  224  2e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 300 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 299 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  39.2 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  46.03 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.87 
 
 		 307 aa  222  4.9999999999999996e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 298 aa  222  6e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 312 aa  222  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  42.57 
 
 		 308 aa  221  8e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 315 aa  221  8e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 298 aa  221  8e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  43.14 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  42.23 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  41.02 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>