142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5065 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  93.87 
 
 
457 aa  861    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  100 
 
 
455 aa  935    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  60.82 
 
 
455 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4284  phage portal protein, HK97 family  61.11 
 
 
454 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2611  phage portal protein, HK97 family  61.11 
 
 
454 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  51.7 
 
 
447 aa  474  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  53.42 
 
 
441 aa  472  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  53.38 
 
 
833 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  53.38 
 
 
859 aa  440  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  53.38 
 
 
833 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1772  HK97 family phage portal protein  51.55 
 
 
451 aa  396  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.468859  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  26.77 
 
 
440 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  24.79 
 
 
436 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  26.99 
 
 
444 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  26.56 
 
 
414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  26.33 
 
 
414 aa  127  6e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  27.15 
 
 
434 aa  126  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  23.56 
 
 
389 aa  126  7e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  26.33 
 
 
420 aa  123  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  26.89 
 
 
413 aa  123  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  26.89 
 
 
413 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  26.65 
 
 
413 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  22.25 
 
 
390 aa  120  7e-26  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  26.16 
 
 
425 aa  119  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  26.16 
 
 
425 aa  119  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  26.16 
 
 
425 aa  119  9.999999999999999e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  27.7 
 
 
407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  28.87 
 
 
416 aa  118  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  26 
 
 
423 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  25.69 
 
 
434 aa  117  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  26.16 
 
 
412 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  23.94 
 
 
445 aa  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  27.18 
 
 
393 aa  112  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  23.96 
 
 
421 aa  112  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  27.42 
 
 
434 aa  112  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  25.82 
 
 
431 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  27.25 
 
 
428 aa  111  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  25.07 
 
 
415 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  25.38 
 
 
392 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  25.82 
 
 
444 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0013  HK97 family phage portal protein  25.99 
 
 
393 aa  109  9.000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  25.34 
 
 
409 aa  108  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  23.88 
 
 
524 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  26.55 
 
 
412 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  25.33 
 
 
544 aa  107  3e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  24.35 
 
 
411 aa  106  8e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2600  HK97 family phage portal protein  25.61 
 
 
408 aa  106  9e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0139387 
 
 
-
 
NC_002978  WD1012  HK97 family phage portal protein  26.35 
 
 
397 aa  105  2e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.982443  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1617  HK97 family phage portal protein  25.47 
 
 
426 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.709388  normal  0.287703 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  27.33 
 
 
384 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  27.58 
 
 
424 aa  103  8e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  24.68 
 
 
416 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  24.68 
 
 
416 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0033  HK97 family phage portal protein  25 
 
 
393 aa  102  2e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.13061  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  25.45 
 
 
408 aa  101  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  25.72 
 
 
408 aa  98.2  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  22.91 
 
 
413 aa  97.8  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4979  hypothetical protein  24.16 
 
 
436 aa  96.7  8e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5358  hypothetical protein  24.16 
 
 
436 aa  96.7  8e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  23.16 
 
 
407 aa  95.9  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  26.56 
 
 
432 aa  94.7  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0644  HK97 family phage portal protein  23.69 
 
 
401 aa  94.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  27.37 
 
 
434 aa  94.7  3e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0339  Phage portal protein, HK97  25.41 
 
 
407 aa  92.8  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0482575  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3972  HK97 family phage portal protein  25.46 
 
 
411 aa  93.2  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.25148 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  26.09 
 
 
409 aa  92  2e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3945  HK97 family phage portal protein  23.42 
 
 
404 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00231416  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0555  phage portal protein, HK97 family  24.93 
 
 
448 aa  90.9  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0158159  hitchhiker  0.0015106 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1336  HK97 family phage portal protein  25.27 
 
 
417 aa  90.5  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.352989  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1717  Phage portal protein, HK97  25 
 
 
406 aa  90.1  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  23.75 
 
 
419 aa  89.7  1e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2027  phage portal protein  24.21 
 
 
406 aa  88.6  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  23.4 
 
 
404 aa  87.8  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1485  Phage portal protein, HK97  26.11 
 
 
399 aa  86.3  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.334021 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  23.93 
 
 
397 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1628  Phage portal protein, HK97  24.78 
 
 
392 aa  83.2  0.00000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.220321  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  22.77 
 
 
445 aa  82.8  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  23.35 
 
 
417 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3975  phage portal protein, HK97 family  26.24 
 
 
398 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  23.14 
 
 
433 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  23.78 
 
 
417 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  22.83 
 
 
445 aa  81.6  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1751  HK97 family phage portal protein  25.46 
 
 
420 aa  81.3  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.518591 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1624  Phage portal protein, HK97  22.6 
 
 
428 aa  80.9  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0210145  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  25.27 
 
 
416 aa  80.1  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0625  phage portal protein, HK97 family  20.81 
 
 
413 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6184  portal protein  26.77 
 
 
414 aa  79  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3489  Phage portal protein, HK97  25.28 
 
 
391 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2492  Phage portal protein, HK97  26.94 
 
 
395 aa  78.2  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2092  phage portal protein, HK97 family  25.5 
 
 
391 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0671  HK97 family phage portal protein  26.22 
 
 
372 aa  77.4  0.0000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1801  Phage portal protein, HK97  27.35 
 
 
391 aa  76.6  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595196  normal  0.0740588 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1410  Phage portal protein, HK97  27.72 
 
 
391 aa  73.6  0.000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2468  putative portal protein  27.27 
 
 
391 aa  73.6  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1161  Phage portal protein, HK97  25.84 
 
 
391 aa  73.6  0.000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255409  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1966  Phage portal protein, HK97  25.54 
 
 
391 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1058  Phage portal protein, HK97  25.5 
 
 
401 aa  72.4  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.0489201 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1130  HK97 family phage portal protein  26.58 
 
 
390 aa  71.6  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.868122  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1996  phage portal protein, HK97 family  23.63 
 
 
473 aa  71.2  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0457981  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2901  HK97 family phage portal protein  26.52 
 
 
400 aa  70.9  0.00000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149993  normal  0.456883 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>