More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4686 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
378 aa  772    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  83.69 
 
 
378 aa  629  1e-179  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  78.28 
 
 
421 aa  619  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  77.13 
 
 
383 aa  618  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  73.53 
 
 
385 aa  595  1e-169  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.09 
 
 
398 aa  538  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.19 
 
 
390 aa  540  9.999999999999999e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  68.55 
 
 
398 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.46 
 
 
396 aa  531  1e-150  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  68.55 
 
 
398 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  68.55 
 
 
398 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  68.55 
 
 
398 aa  534  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.47 
 
 
398 aa  528  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  68.01 
 
 
398 aa  530  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.3 
 
 
381 aa  525  1e-148  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  67.57 
 
 
375 aa  522  1e-147  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.76 
 
 
375 aa  518  1e-146  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.86 
 
 
396 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.59 
 
 
396 aa  499  1e-140  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.67 
 
 
379 aa  493  9.999999999999999e-139  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.51 
 
 
371 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.24 
 
 
370 aa  220  3e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  35.15 
 
 
372 aa  216  4e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  34.88 
 
 
372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  36.65 
 
 
362 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.83 
 
 
369 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.75 
 
 
369 aa  210  3e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  33.44 
 
 
376 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.56 
 
 
370 aa  203  3e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  41.2 
 
 
359 aa  190  4e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.69 
 
 
369 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.97 
 
 
381 aa  182  7e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.94 
 
 
384 aa  182  8.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.69 
 
 
370 aa  178  1e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.47 
 
 
367 aa  178  1e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.93 
 
 
378 aa  176  5e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.13 
 
 
373 aa  175  9.999999999999999e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.81 
 
 
369 aa  172  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  38.14 
 
 
351 aa  168  1e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.24 
 
 
377 aa  167  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  31.68 
 
 
383 aa  162  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.68 
 
 
362 aa  157  2e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.64 
 
 
379 aa  151  2e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3858  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.01 
 
 
373 aa  150  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0581351  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.23 
 
 
380 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.71 
 
 
372 aa  143  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  32.58 
 
 
359 aa  143  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.49 
 
 
374 aa  143  6e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5180  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.65 
 
 
364 aa  142  8e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000039481  normal  0.486404 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2447  putative mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.56 
 
 
391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.549803  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1987  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.99 
 
 
363 aa  139  7.999999999999999e-32  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.392929  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0536  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.41 
 
 
364 aa  139  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.059524  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.39 
 
 
388 aa  137  4e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3874  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.6 
 
 
401 aa  136  5e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0228827  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.48 
 
 
389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.24 
 
 
366 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.3 
 
 
384 aa  133  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  30.03 
 
 
361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3855  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.59 
 
 
370 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.552694  normal  0.795222 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.53 
 
 
382 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.03 
 
 
381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.28 
 
 
373 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1460  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.57 
 
 
403 aa  130  5.0000000000000004e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.69 
 
 
382 aa  129  6e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.69 
 
 
389 aa  127  4.0000000000000003e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3682  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.23 
 
 
384 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.137461  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  25.3 
 
 
431 aa  125  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.16 
 
 
366 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.46 
 
 
390 aa  125  9e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.36 
 
 
389 aa  125  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  30.62 
 
 
382 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3538  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.56 
 
 
400 aa  125  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0174  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.49 
 
 
398 aa  124  3e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.348827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5689  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.65 
 
 
392 aa  124  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.905556 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4191  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.89 
 
 
364 aa  123  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  28.42 
 
 
378 aa  123  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0897  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.14 
 
 
387 aa  122  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.129101  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0244  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.77 
 
 
383 aa  122  8e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0781522  normal  0.83484 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2257  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.1 
 
 
372 aa  122  9e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2226  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.74 
 
 
366 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.706193 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5120  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.22 
 
 
369 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.582918  normal  0.114753 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1030  putative mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.94 
 
 
392 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.778904  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.13 
 
 
377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.56 
 
 
367 aa  120  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6568  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.54 
 
 
366 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  30.3 
 
 
382 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0121  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.07 
 
 
392 aa  120  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.226806  normal  0.0192494 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  30.49 
 
 
382 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  30.49 
 
 
382 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  30.49 
 
 
382 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1207  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.81 
 
 
392 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  30.49 
 
 
382 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.63 
 
 
384 aa  119  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  25 
 
 
358 aa  119  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4577  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  28.46 
 
 
360 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145361  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5070  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.37 
 
 
377 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.356872  normal  0.166182 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  30.49 
 
 
382 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  30.49 
 
 
382 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  31.49 
 
 
382 aa  118  1.9999999999999998e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.28 
 
 
390 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>