More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4434 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  100 
 
 
147 aa  288  2e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  95.17 
 
 
145 aa  248  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  82.43 
 
 
148 aa  224  3e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  78.52 
 
 
149 aa  213  9e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  78.23 
 
 
149 aa  211  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  78.23 
 
 
149 aa  211  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.38 
 
 
149 aa  166  1e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0272  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.1 
 
 
149 aa  157  4e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512888  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.29 
 
 
149 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  54.05 
 
 
150 aa  154  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  59.2 
 
 
152 aa  154  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  53.38 
 
 
150 aa  152  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  56 
 
 
149 aa  152  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  53.38 
 
 
150 aa  152  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  57.02 
 
 
151 aa  147  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  57.02 
 
 
151 aa  147  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  51.61 
 
 
152 aa  144  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.65 
 
 
151 aa  142  1e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  47.59 
 
 
152 aa  142  1e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.1 
 
 
148 aa  141  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  53.72 
 
 
147 aa  140  4e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.26 
 
 
151 aa  140  6e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  50 
 
 
173 aa  135  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.67 
 
 
147 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.83 
 
 
144 aa  125  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  43.97 
 
 
153 aa  122  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  43.97 
 
 
153 aa  122  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  41.26 
 
 
155 aa  119  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  42.55 
 
 
153 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  44.52 
 
 
167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.7 
 
 
166 aa  118  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.24 
 
 
155 aa  118  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  47.48 
 
 
157 aa  117  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  48.36 
 
 
134 aa  117  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.67 
 
 
137 aa  117  6e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  44.63 
 
 
146 aa  117  7e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1396  protein TolR  47.48 
 
 
156 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.60771  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.96 
 
 
154 aa  115  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.24 
 
 
156 aa  114  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  45.24 
 
 
156 aa  114  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
162 aa  113  6.9999999999999995e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  44.35 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.24 
 
 
156 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.15 
 
 
150 aa  112  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  44.35 
 
 
141 aa  112  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  44.35 
 
 
141 aa  112  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4003  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.73 
 
 
145 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  43.55 
 
 
141 aa  111  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  42.11 
 
 
139 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  43.55 
 
 
141 aa  111  4.0000000000000004e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  43.55 
 
 
141 aa  110  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  40.71 
 
 
151 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  47.79 
 
 
145 aa  109  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  41.18 
 
 
139 aa  108  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.55 
 
 
144 aa  108  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  41.94 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  41.94 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  41.94 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  41.94 
 
 
141 aa  107  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2580  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.67 
 
 
141 aa  105  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.25042  normal  0.920318 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5983  TonB system transport protein ExbD  43.18 
 
 
155 aa  106  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.241351  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  44.07 
 
 
177 aa  106  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2358  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.26 
 
 
145 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.309044  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  45.76 
 
 
141 aa  105  2e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.6 
 
 
139 aa  105  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  45.76 
 
 
141 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  40.44 
 
 
139 aa  105  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  46.61 
 
 
142 aa  104  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1242  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.36 
 
 
146 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0853044  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0068  TonB system transport protein ExbD  45.76 
 
 
141 aa  104  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  44.92 
 
 
141 aa  104  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  42.15 
 
 
158 aa  104  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1851  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.73 
 
 
145 aa  104  5e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  41.22 
 
 
138 aa  103  5e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1227  tolR protein  43.33 
 
 
146 aa  103  7e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10620  TonB system transport protein ExbD  42.37 
 
 
141 aa  103  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160821  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.41 
 
 
142 aa  102  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0346  biopolymer transport protein ExbD  42.15 
 
 
141 aa  103  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.11 
 
 
156 aa  102  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4650  TonB system transport protein ExbD  47.01 
 
 
145 aa  103  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  43.85 
 
 
145 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  41.8 
 
 
142 aa  102  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0745  protein TolR  42.06 
 
 
140 aa  102  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000786072  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.01 
 
 
154 aa  102  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  42.19 
 
 
146 aa  101  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.61 
 
 
145 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0748  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 
152 aa  101  3e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44 
 
 
173 aa  101  3e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.65 
 
 
154 aa  101  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0389  biopolymer transport protein ExbD  41.32 
 
 
141 aa  101  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.627769  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.62 
 
 
159 aa  101  4e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.43 
 
 
156 aa  100  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2531  biopolymer transport protein  41.5 
 
 
142 aa  100  6e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000400528  normal  0.955868 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.2 
 
 
137 aa  100  6e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3597  TonB system transport protein ExbD  41.46 
 
 
139 aa  100  7e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>