More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4412 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  100 
 
 		 228 aa  447  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  86.34 
 
 		 228 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  78.54 
 
 		 224 aa  332  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  78.7 
 
 		 239 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  77.13 
 
 		 249 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  78.7 
 
 		 239 aa  325  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  60.53 
 
 		 234 aa  268  5e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  60.18 
 
 		 240 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  57.14 
 
 		 264 aa  262  3e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  48.77 
 
 		 292 aa  244  6.999999999999999e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  57.85 
 
 		 234 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  59.64 
 
 		 264 aa  239  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  52.86 
 
 		 255 aa  228  6e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  47.96 
 
 		 250 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  51.41 
 
 		 295 aa  171  5.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  60.28 
 
 		 322 aa  169  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  61.59 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  60.28 
 
 		 300 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  46.67 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  47.87 
 
 		 227 aa  161  8.000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  46.32 
 
 		 324 aa  159  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  47.96 
 
 		 227 aa  158  7e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  41.35 
 
 		 325 aa  152  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 329 aa  150  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  52.63 
 
 		 224 aa  149  4e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.11 
 
 		 368 aa  147  1.0000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.98 
 
 		 224 aa  145  5e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  40.26 
 
 		 405 aa  144  9e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.29 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  37.1 
 
 		 346 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  36.33 
 
 		 349 aa  137  1e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.5 
 
 		 346 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.38 
 
 		 436 aa  136  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.82 
 
 		 326 aa  135  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.82 
 
 		 318 aa  135  6.0000000000000005e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  37.1 
 
 		 346 aa  134  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 326 aa  134  9e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.58 
 
 		 330 aa  134  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.22 
 
 		 330 aa  132  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 330 aa  131  6.999999999999999e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.75 
 
 		 348 aa  131  7.999999999999999e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.03 
 
 		 327 aa  131  9e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 350 aa  130  1.0000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  37.99 
 
 		 412 aa  128  9.000000000000001e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.23 
 
 		 300 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  38.03 
 
 		 330 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  44.57 
 
 		 329 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  34.48 
 
 		 327 aa  126  3e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  38.5 
 
 		 329 aa  126  3e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.99 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  41.06 
 
 		 560 aa  125  6e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  41.48 
 
 		 286 aa  125  6e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.61 
 
 		 458 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  38.57 
 
 		 329 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  38.29 
 
 		 313 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  35.5 
 
 		 364 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  36.16 
 
 		 455 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 471 aa  123  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.48 
 
 		 307 aa  122  3e-27  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.41 
 
 		 330 aa  122  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  37.83 
 
 		 302 aa  122  5e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  37.55 
 
 		 411 aa  122  5e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  36.44 
 
 		 446 aa  122  5e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  38.25 
 
 		 330 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 468 aa  122  7e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.18 
 
 		 308 aa  121  7e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  35.86 
 
 		 468 aa  121  8e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  37.56 
 
 		 501 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.9 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  38.01 
 
 		 453 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 339 aa  119  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1849  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.27 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.97184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  36.21 
 
 		 457 aa  118  7e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  32.23 
 
 		 293 aa  118  7.999999999999999e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  36.82 
 
 		 444 aa  118  9e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  35.96 
 
 		 311 aa  117  9.999999999999999e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 469 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 306 aa  116  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  35.53 
 
 		 311 aa  116  3e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.36 
 
 		 348 aa  116  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.77 
 
 		 316 aa  115  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  34.21 
 
 		 318 aa  115  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.5 
 
 		 312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.11 
 
 		 307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.21 
 
 		 327 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.04 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  40.65 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.46 
 
 		 212 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  32.59 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.57 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.96 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.57 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.88 
 
 		 307 aa  112  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  41.53 
 
 		 578 aa  113  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.85 
 
 		 324 aa  113  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  37.91 
 
 		 218 aa  112  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  46.93 
 
 		 547 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.86 
 
 		 339 aa  112  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  31.96 
 
 		 307 aa  112  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>