88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4088 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2621  Bifunctional DNA primase/polymerase  97.53 
 
 
970 aa  1747  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4088  Bifunctional DNA primase/polymerase  100 
 
 
970 aa  1930  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2196  P4 family phage/plasmid primase  38.29 
 
 
955 aa  167  6e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.319674  hitchhiker  0.00463191 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0810  hypothetical protein  33.42 
 
 
930 aa  135  4e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1505  hypothetical protein  28 
 
 
633 aa  124  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.618483  n/a   
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7731  protein of unknown function DUF927  29.3 
 
 
841 aa  119  4e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2819  hypothetical protein  25.61 
 
 
676 aa  107  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.14645  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1926  bifunctional DNA primase/polymerase  33.71 
 
 
377 aa  107  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.394144  hitchhiker  0.00427695 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1225  protein of unknown function DUF927  27.51 
 
 
515 aa  104  9e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0207229  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1244  putative Phage / plasmid primase P4  29.85 
 
 
749 aa  103  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.372159  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02077  hypothetical protein  25.63 
 
 
979 aa  98.2  7e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.777801  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0651  hypothetical protein  27.11 
 
 
627 aa  98.2  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19875  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2244  hypothetical protein  24.91 
 
 
658 aa  96.7  2e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696952  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1288  inner membrane protein  27.74 
 
 
953 aa  94.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0098  hypothetical protein  27.74 
 
 
950 aa  94.7  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2484  primase 2  27.48 
 
 
953 aa  94.7  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2008  DNA primase  28.1 
 
 
955 aa  94.4  9e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.491105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0113  hypothetical protein  28.37 
 
 
950 aa  94.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0309  inner membrane protein  27.74 
 
 
955 aa  94.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2366  inner membrane protein  27.48 
 
 
958 aa  94  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1754  inner membrane protein  27.48 
 
 
958 aa  94  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3477  hypothetical protein  28.27 
 
 
631 aa  93.2  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00832403 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2704  bifunctional DNA primase/polymerase  31.28 
 
 
746 aa  91.3  8e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000315845  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2917  hypothetical protein  25.74 
 
 
689 aa  90.9  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0301646 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1980  hypothetical protein  34.1 
 
 
266 aa  89.7  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.212888  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4212  Bifunctional DNA primase/polymerase  32.34 
 
 
304 aa  90.1  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.567212  normal  0.394336 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2853  prophage Lp4 protein 7, DNA replication  32.09 
 
 
266 aa  89.4  3e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  4.16381e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0756  hypothetical protein  25.55 
 
 
711 aa  88.2  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1983  Bifunctional DNA primase/polymerase  38.25 
 
 
201 aa  87.8  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2642  zinc-binding domain of primase-helicase family  25.39 
 
 
895 aa  87.4  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.740754  hitchhiker  6.96733e-12 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1986  P4 family phage/plasmid primase  32.72 
 
 
717 aa  86.7  2e-15  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4783  zinc-binding domain protein, primase-helicase family  26.29 
 
 
890 aa  86.7  2e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0381  inner membrane protein  26.29 
 
 
890 aa  87  2e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.401126 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0070  hypothetical protein  26.3 
 
 
582 aa  85.5  4e-15  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6679  Bifunctional DNA primase/polymerase  37.7 
 
 
201 aa  85.5  4e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.78397  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2865  P4 family phage/plasmid primase  31.34 
 
 
717 aa  84.7  8e-15  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0870344  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1626  hypothetical protein  27.36 
 
 
911 aa  84.3  1e-14  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00166468  normal  0.0358334 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1177  Bifunctional DNA primase/polymerase  34.34 
 
 
283 aa  83.6  2e-14  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0603476  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2001  Bifunctional DNA primase/polymerase  34.72 
 
 
283 aa  83.2  2e-14  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.185171  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2847  P4 family phage/plasmid primase  33.18 
 
 
717 aa  83.6  2e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.318392  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00280  hypothetical protein  35.58 
 
 
314 aa  82  5e-14  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2824  hypothetical protein  32.86 
 
 
263 aa  81.3  7e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  2.28641e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2020  hypothetical protein  32.39 
 
 
263 aa  81.3  8e-14  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  2.97308e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1073  hypothetical protein  25.23 
 
 
591 aa  81.3  8e-14  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5166  bifunctional DNA primase/polymerase  37.76 
 
 
289 aa  80.9  1e-13  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0360  inner membrane protein  27.85 
 
 
443 aa  79.3  3e-13  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04064  inner membrane protein  25.91 
 
 
580 aa  78.2  6e-13  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2096  protein of unknown function DUF927  26.07 
 
 
1051 aa  77.4  1e-12  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0990242  normal  0.675674 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0745  Bifunctional DNA primase/polymerase  32 
 
 
287 aa  76.3  2e-12  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.27407e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4214  hypothetical protein  26.04 
 
 
845 aa  76.6  2e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.363466  normal  0.433142 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0552  hypothetical protein  24.31 
 
 
574 aa  77  2e-12  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06580  DNA primase/polymerase-like protein  32.4 
 
 
317 aa  76.3  3e-12  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3733  Bifunctional DNA primase/polymerase  29.18 
 
 
271 aa  75.9  4e-12  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1213  bifunctional DNA primase/polymerase  33.85 
 
 
290 aa  72.4  3e-11  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0963471  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0927  P4 family phage/plasmid primase  33.71 
 
 
746 aa  72  5e-11  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0448  Phage-plasmid primase P4-like  33.71 
 
 
746 aa  72  5e-11  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4007  protein of unknown function DUF927  27.78 
 
 
899 aa  71.2  8e-11  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3881  P4 alpha zinc-binding domain-containing protein  27.27 
 
 
929 aa  68.9  4e-10  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0062  hypothetical protein  29.83 
 
 
391 aa  68.6  5e-10  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.199753  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1984  virulence-associated E family protein  42.86 
 
 
509 aa  67.4  1e-09  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3990  superfamily II helicase  23.46 
 
 
556 aa  65.1  6e-09  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1201  hypothetical protein  29.65 
 
 
295 aa  64.7  8e-09  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  1.42595e-05  normal  0.745599 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0680  P4 alpha zinc-binding domain protein  26.8 
 
 
713 aa  64.7  8e-09  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  1.09484e-07 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0829  Bifunctional DNA primase/polymerase  27.25 
 
 
305 aa  64.7  9e-09  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0050  hypothetical protein  25.14 
 
 
597 aa  60.8  1e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0051  hypothetical protein  25.14 
 
 
597 aa  60.8  1e-07  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2496  hypothetical protein  25.14 
 
 
597 aa  60.8  1e-07  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3088  protein of unknown function DUF927  28.88 
 
 
709 aa  60.1  2e-07  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1224  ATPase-like protein  46.43 
 
 
719 aa  58.9  4e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0791  ATPase-like protein  29.25 
 
 
667 aa  58.5  5e-07  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1193  protein of unknown function DUF927  27.36 
 
 
897 aa  58.2  7e-07  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.280994 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1167  bifunctional DNA primase/polymerase  32.52 
 
 
289 aa  58.2  8e-07  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0876  Bifunctional DNA primase/polymerase  30.81 
 
 
599 aa  57.4  1e-06  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.46542  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2772  Bifunctional DNA primase/polymerase  29 
 
 
1002 aa  56.2  3e-06  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2483  hypothetical protein  32.97 
 
 
298 aa  55.1  6e-06  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0065  hypothetical protein  32.97 
 
 
298 aa  55.1  6e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6918  hypothetical protein  36.79 
 
 
681 aa  52.8  3e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0257  superfamily II helicase  25.32 
 
 
580 aa  52.8  3e-05  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0346  superfamily II helicase  23.9 
 
 
553 aa  50.1  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.079458 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2368  protein of unknown function DUF927  30.11 
 
 
878 aa  49.7  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.124807  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0049  hypothetical protein  33.33 
 
 
383 aa  48.1  0.0007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1578  Bifunctional DNA primase/polymerase  30.51 
 
 
1006 aa  48.1  0.0008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.357329 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1025  protein of unknown function DUF927  22.07 
 
 
842 aa  46.6  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.337392  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2521  Bifunctional DNA primase/polymerase  34.45 
 
 
206 aa  46.2  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0275963  normal  0.180999 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2837  prophage Lp4 protein 7, DNA replication  28.89 
 
 
183 aa  46.2  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0750475  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1346  Bifunctional DNA primase/polymerase  28.33 
 
 
289 aa  45.1  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.111909  normal  0.971908 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2729  hypothetical protein  39.29 
 
 
220 aa  44.7  0.01  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.410637  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2613  superfamily II helicase  26.84 
 
 
987 aa  44.7  0.01  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>