More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3962 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_3962  inner-membrane translocator  100 
 
 		 295 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.876388  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3841  inner-membrane translocator  97.29 
 
 		 295 aa  461  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1546  inner-membrane translocator  68.93 
 
 		 294 aa  351  8e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.186426  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3415  inner-membrane translocator  56.66 
 
 		 295 aa  297  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1419  inner-membrane translocator  40.72 
 
 		 314 aa  209  6e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0602  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 314 aa  200  3e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1487  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 307 aa  196  6e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1147  inner-membrane translocator  36.28 
 
 		 393 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3967  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1183  branched-chain amino acid transport system permease protein  34.08 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0528852  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3087  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 504 aa  159  6e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1978  putative branched-chain amino acid transport system / permease component  33 
 
 		 317 aa  156  5.0000000000000005e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.58235  normal  0.904643 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4897  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 320 aa  155  6e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.380317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  32.91 
 
 		 347 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1739  inner-membrane translocator  33.24 
 
 		 449 aa  153  4e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1828  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 295 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.71 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0325  inner-membrane translocator  31.78 
 
 		 377 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4469  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 295 aa  150  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 372 aa  149  8e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.27 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.76 
 
 		 423 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.45 
 
 		 418 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0658  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 353 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.77 
 
 		 412 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.78 
 
 		 423 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 328 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.78 
 
 		 427 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.78 
 
 		 427 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.45 
 
 		 423 aa  143  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 326 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  32.37 
 
 		 463 aa  142  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 356 aa  142  5e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 358 aa  142  5e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0506  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 339 aa  142  5e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.791289  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.55 
 
 		 418 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.22 
 
 		 339 aa  141  9.999999999999999e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.55 
 
 		 418 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 452 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 389 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2167  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 325 aa  141  9.999999999999999e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.67 
 
 		 427 aa  141  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.68 
 
 		 389 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.99 
 
 		 389 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.88 
 
 		 418 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 389 aa  140  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.55 
 
 		 418 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.65 
 
 		 421 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.2 
 
 		 417 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 389 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 421 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.99 
 
 		 389 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.99 
 
 		 389 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.99 
 
 		 389 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.99 
 
 		 389 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.99 
 
 		 389 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.9 
 
 		 417 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.99 
 
 		 389 aa  139  6e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  33.94 
 
 		 363 aa  139  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 389 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 389 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 389 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  33.66 
 
 		 463 aa  139  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 389 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3157  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 329 aa  138  1e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.849677  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3390  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 295 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.635342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.79 
 
 		 424 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.26 
 
 		 418 aa  137  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0601  inner-membrane translocator  30.46 
 
 		 349 aa  137  2e-31  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 389 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.99 
 
 		 307 aa  136  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 357 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 463 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 353 aa  136  4e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 463 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.14 
 
 		 428 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.14 
 
 		 428 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 349 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  33 
 
 		 407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  32.9 
 
 		 443 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0613  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 401 aa  134  1.9999999999999998e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.44 
 
 		 425 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.48 
 
 		 423 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  33.79 
 
 		 350 aa  133  3e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 389 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  33.79 
 
 		 350 aa  133  3e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.91 
 
 		 424 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 389 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 389 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1067  inner-membrane translocator  31.09 
 
 		 346 aa  132  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0499919  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 415 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 375 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>