More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3338 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_5067  long-chain-acyl-CoA synthetase  63.99 
 
 
610 aa  686    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.113463 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1000  long-chain-acyl-CoA synthetase  59.45 
 
 
622 aa  684    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1103  long-chain-acyl-CoA synthetase  56.26 
 
 
630 aa  653    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3338  long-chain-acyl-CoA synthetase  100 
 
 
593 aa  1177    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4606  long-chain-acyl-CoA synthetase  63.82 
 
 
610 aa  687    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.515883  normal  0.042259 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4318  long-chain-acyl-CoA synthetase  81.62 
 
 
592 aa  951    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.699196  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5072  long-chain-acyl-CoA synthetase  59.17 
 
 
605 aa  678    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0947195  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1645  long-chain-acyl-CoA synthetase  47.16 
 
 
600 aa  541  9.999999999999999e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3540  long-chain-acyl-CoA synthetase  48.19 
 
 
596 aa  509  1e-143  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.498772 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2309  long-chain-acyl-CoA synthetase  44.2 
 
 
598 aa  479  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3316  long-chain-acyl-CoA synthetase  45.91 
 
 
608 aa  424  1e-117  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.390941  hitchhiker  0.0000571786 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2696  long-chain-acyl-CoA synthetase  43.31 
 
 
608 aa  382  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.22324 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2261  long-chain-acyl-CoA synthetase  41.21 
 
 
608 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.982772  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26640  long-chain-acyl-CoA synthetase  40.74 
 
 
608 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11230  long-chain-acyl-CoA synthetase  42.29 
 
 
597 aa  361  2e-98  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0151554  normal  0.367156 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1163  AMP-dependent synthetase and ligase  41.03 
 
 
603 aa  361  2e-98  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2809  long-chain-acyl-CoA synthetase  38.19 
 
 
609 aa  360  4e-98  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2150  long-chain-acyl-CoA synthetase  35.6 
 
 
621 aa  357  3.9999999999999996e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1728  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.99 
 
 
612 aa  347  4e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3312  AMP-dependent synthetase and ligase  39.66 
 
 
592 aa  343  4e-93  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4510  long-chain-acyl-CoA synthetase  39.18 
 
 
601 aa  343  5e-93  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4007  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.99 
 
 
592 aa  332  9e-90  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.657785  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4081  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.99 
 
 
592 aa  332  9e-90  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0876602  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4237  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.99 
 
 
592 aa  332  1e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.168634 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2185  long-chain-acyl-CoA synthetase  37.73 
 
 
600 aa  329  1.0000000000000001e-88  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00664297  normal  0.684418 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05192  long-chain fatty acid transporter, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G07270)  37.41 
 
 
723 aa  328  2.0000000000000001e-88  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.311287  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3444  AMP-dependent synthetase and ligase  41.21 
 
 
598 aa  311  2.9999999999999997e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1144  long-chain-acyl-CoA synthetase  32.28 
 
 
590 aa  303  4.0000000000000003e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.036593  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05877  bifunctional fatty acid transporter/acyl-CoA synthetase (FAT1), putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11360)  33.88 
 
 
639 aa  295  1e-78  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.523538 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06649  very-long-chain acyl-CoA synthetase family protein (CefD1), putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03630)  34.43 
 
 
710 aa  288  1e-76  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_78107  predicted protein  31.43 
 
 
653 aa  264  3e-69  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0040  AMP-dependent synthetase and ligase  28.82 
 
 
708 aa  176  9e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.84 
 
 
545 aa  169  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0112  AMP-dependent synthetase and ligase  28.48 
 
 
572 aa  167  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5007  acyl-CoA synthetase  29.92 
 
 
501 aa  166  8e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.223508  normal  0.902426 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4624  acyl-CoA synthetase  34.46 
 
 
500 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4712  acyl-CoA synthetase  34.46 
 
 
500 aa  166  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  27.66 
 
 
518 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.37 
 
 
516 aa  162  2e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1549  acyl-CoA synthetase  32.72 
 
 
512 aa  159  1e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.00257603  normal  0.272175 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3512  AMP-dependent synthetase and ligase  30.77 
 
 
539 aa  159  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.161778  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 
535 aa  158  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.114603  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.1 
 
 
534 aa  157  4e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.71 
 
 
534 aa  157  6e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  29.08 
 
 
551 aa  157  7e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13540  acyl-CoA synthetase  30.79 
 
 
502 aa  154  5e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.55264e-46  hitchhiker  0.0000144188 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.81 
 
 
517 aa  154  5e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.43 
 
 
517 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.43 
 
 
517 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.43 
 
 
517 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.43 
 
 
517 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  25.74 
 
 
552 aa  150  9e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  28.48 
 
 
490 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3639  AMP-dependent synthetase and ligase  29.72 
 
 
512 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.917263  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2066  AMP-dependent synthetase and ligase  29.29 
 
 
527 aa  147  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  24.46 
 
 
517 aa  147  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  23.65 
 
 
517 aa  147  6e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8199  AMP-dependent synthetase and ligase  28.02 
 
 
522 aa  146  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.996066  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  28.72 
 
 
495 aa  145  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5208  acyl-CoA synthetase  29.4 
 
 
503 aa  145  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0355  putative AMP-dependent synthetase and ligase  27.09 
 
 
559 aa  144  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000476101  hitchhiker  0.000011609 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.95 
 
 
537 aa  144  5e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  26.91 
 
 
544 aa  144  7e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1473  AMP-dependent synthetase and ligase  25.95 
 
 
536 aa  143  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3484  AMP-dependent synthetase and ligase  28.57 
 
 
551 aa  143  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.436889  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3237  ATP-dependent AMP-binding family protein  30.3 
 
 
538 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.402279 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3882  AMP-dependent synthetase and ligase  28.11 
 
 
549 aa  143  9.999999999999999e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.85 
 
 
522 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3769  AMP-dependent synthetase and ligase  28.14 
 
 
568 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.43817  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  28.09 
 
 
498 aa  142  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.85 
 
 
522 aa  141  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  25.85 
 
 
522 aa  141  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  28.46 
 
 
525 aa  141  3e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6181  AMP-dependent synthetase and ligase  30.32 
 
 
537 aa  141  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1300  DitJ-like CoA ligase  27.13 
 
 
547 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  28.35 
 
 
662 aa  140  4.999999999999999e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.85 
 
 
522 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0866  AMP-dependent synthetase and ligase  30.62 
 
 
509 aa  140  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  28.92 
 
 
535 aa  140  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.64 
 
 
517 aa  140  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  27.17 
 
 
539 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.43 
 
 
517 aa  140  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  25.16 
 
 
505 aa  139  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  32.49 
 
 
517 aa  137  4e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  28.05 
 
 
583 aa  137  5e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  24.95 
 
 
517 aa  137  7.000000000000001e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4336  AMP-dependent synthetase and ligase  27.2 
 
 
515 aa  136  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0623029  hitchhiker  0.00463044 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  27.55 
 
 
521 aa  136  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01070  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  28.81 
 
 
516 aa  136  9.999999999999999e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  26.68 
 
 
538 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  25.05 
 
 
510 aa  135  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  28.31 
 
 
521 aa  134  5e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4121  AMP-dependent synthetase and ligase  28.65 
 
 
560 aa  134  6e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2999  malonyl-CoA synthase  28.54 
 
 
506 aa  133  7.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3776  AMP-dependent synthetase and ligase  29.21 
 
 
502 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.597037  normal  0.34641 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  26.13 
 
 
492 aa  133  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1980  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 
532 aa  133  1.0000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0106234  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4269  AMP-dependent synthetase and ligase  28.9 
 
 
539 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.772082  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  27.99 
 
 
520 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5209  acyl-CoA synthetase  29.96 
 
 
554 aa  132  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.257716 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>