More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_3176 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
331 aa  671    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.759181  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  91.52 
 
 
406 aa  622  1e-177  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2838  NAD-dependent epimerase/dehydratase  52.02 
 
 
324 aa  332  7.000000000000001e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.904735  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1896  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.69 
 
 
331 aa  329  3e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3176  NAD-dependent epimerase/dehydratase  49.85 
 
 
329 aa  265  1e-69  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3718  CDP-glucose 4,6-dehydratase  34.8 
 
 
360 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.316077  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.63 
 
 
360 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  35.84 
 
 
355 aa  171  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4735  CDP-glucose 4,6-dehydratase  35.87 
 
 
363 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.991306  normal  0.159125 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3658  CDP-glucose 4,6-dehydratase  35.87 
 
 
363 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.758357  normal  0.169877 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3374  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.74 
 
 
351 aa  167  2e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3070  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.33 
 
 
351 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2216  CDP-glucose 4,6-dehydratase  29.33 
 
 
359 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.776521  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2273  CDP-glucose 4,6-dehydratase  29.33 
 
 
359 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124958 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1480  CDP-glucose 4,6-dehydratase  32.84 
 
 
353 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.988255 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3352  CDP-glucose 4,6-dehydratase  32.93 
 
 
362 aa  162  8.000000000000001e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.45248 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3400  CDP-glucose 4,6-dehydratase  30.72 
 
 
351 aa  162  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2431  CDP-glucose 4,6-dehydratase  29.33 
 
 
359 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.310419  hitchhiker  0.0000678484 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2317  CDP-glucose 4,6-dehydratase  29.03 
 
 
359 aa  160  2e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0156634 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3529  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.44 
 
 
362 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0332  CDP-glucose 4,6-dehydratase  30.55 
 
 
364 aa  160  2e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.106161  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0663  CDP-glucose 4,6-dehydratase  34.62 
 
 
361 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0569  CDP-glucose 4,6-dehydratase  34.62 
 
 
361 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.76383  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1962  CDP-glucose 4,6-dehydratase  34.62 
 
 
357 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2324  CDP-glucose 4,6-dehydratase  29.03 
 
 
359 aa  160  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00566999 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3396  CDP-glucose 4,6-dehydratase  30.72 
 
 
351 aa  159  6e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0130  CDP-glucose 4,6-dehydratase  30.63 
 
 
353 aa  159  6e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.837916  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10410  CDP-glucose 4,6-dehydratase  32.34 
 
 
395 aa  159  8e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1603  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.72 
 
 
371 aa  158  1e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1702  CDP-glucose 4,6-dehydratase  32.63 
 
 
362 aa  158  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.412551  hitchhiker  0.000000000000117345 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1983  CDP-glucose 4,6-dehydratase (O-antigen-related)  34.52 
 
 
357 aa  157  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  33.33 
 
 
365 aa  156  4e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2561  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.25 
 
 
379 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1880  CDP-glucose 4,6-dehydratase  33.82 
 
 
358 aa  155  8e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.457819 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0777  CDP-glucose 4,6-dehydratase  29.64 
 
 
358 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0627  CDP-glucose 4,6-dehydratase  33.63 
 
 
366 aa  153  5e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2888  CDP-glucose 4,6-dehydratase  34.91 
 
 
368 aa  153  5e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0709  CDP-glucose 4,6-dehydratase  29.67 
 
 
356 aa  151  1e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0783  CDP-glucose 4,6-dehydratase  30.03 
 
 
357 aa  151  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1424  hypothetical protein  31.18 
 
 
361 aa  152  1e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0353322  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2191  CDP-glucose 4,6-dehydratase  32.64 
 
 
365 aa  151  2e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.00831743  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1960  CDP-glucose 4,6-dehydratase  32.12 
 
 
362 aa  149  5e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1689  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.24 
 
 
357 aa  149  7e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27770  CDP-glucose 4,6-dehydratase  32.34 
 
 
358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3190  CDP-glucose 4,6-dehydratase  28.49 
 
 
357 aa  146  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.170575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3050  CDP-glucose 4,6-dehydratase  28.49 
 
 
391 aa  145  6e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1257  NAD-dependent epimerase/dehydratase:polysaccharide biosynthesis protein CapD  32.83 
 
 
365 aa  146  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0876  CDP-glucose 4,6-dehydratase  33.14 
 
 
371 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4602  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.63 
 
 
359 aa  145  8.000000000000001e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0921242  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0592  CDP-glucose 4,6-dehydratase  36.23 
 
 
358 aa  145  8.000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0774  CDP-glucose 4,6-dehydratase  29.38 
 
 
362 aa  143  4e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4510  CDP-glucose 4,6-dehydratase  32.01 
 
 
354 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0220164  normal  0.0184859 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  30 
 
 
366 aa  142  6e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773514 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0771  CDP-glucose 4,6-dehydratase  33.03 
 
 
372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223168 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3349  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.32 
 
 
358 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0884  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.16 
 
 
328 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4218  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.52 
 
 
354 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.527744  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2645  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.66 
 
 
326 aa  139  6e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1909  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.69 
 
 
369 aa  139  7e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3401  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.98 
 
 
372 aa  139  7e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.86 
 
 
336 aa  139  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3789  CDP-glucose 4,6-dehydratase  28.2 
 
 
361 aa  138  1e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12911  CDP-glucose 4,6-dehydratase  32.94 
 
 
366 aa  137  2e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.253167  hitchhiker  0.00798919 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4425  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.86 
 
 
336 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4288  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  33.44 
 
 
336 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.954612  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2768  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.33 
 
 
357 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1269  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.12 
 
 
323 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.281724  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2291  CDP-glucose 4,6-dehydratase  33.33 
 
 
361 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.966324  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1314  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.49 
 
 
307 aa  135  8e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0806  CDP-glucose 4,6-dehydratase  33.93 
 
 
364 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0841534  normal  0.289555 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4072  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.81 
 
 
323 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.416009  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1872  CDP-glucose 4,6-dehydratase  33.83 
 
 
357 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.986998  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0061  CDP-glucose 4,6-dehydratase  30.14 
 
 
368 aa  133  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0769235  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.73 
 
 
358 aa  134  3e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275251  normal  0.168772 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2884  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.61 
 
 
341 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.543075  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4443  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  34.59 
 
 
336 aa  133  5e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3062  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.33 
 
 
352 aa  132  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.35 
 
 
307 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1337  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.44 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.120656  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1137  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.06 
 
 
322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1298  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.88 
 
 
322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000895742 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1230  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.06 
 
 
322 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0209  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.33 
 
 
350 aa  130  2.0000000000000002e-29  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07611  CDP-glucose 4,6-dehydratase  28.32 
 
 
360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1111  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.13 
 
 
322 aa  130  3e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3695  CDP-glucose-4,6-dehydratase, putative  34.87 
 
 
368 aa  130  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0847  CDP-glucose 4,6-dehydratase  34.23 
 
 
368 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.307113  normal  0.210188 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0856  CDP-glucose 4,6-dehydratase  28.95 
 
 
367 aa  130  3e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4419  CDP-glucose 4,6-dehydratase  31.93 
 
 
361 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.67049 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1375  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.44 
 
 
322 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2404  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.38 
 
 
323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.672695  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1685  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  32.59 
 
 
342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0056  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  26.98 
 
 
318 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4115  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  31.82 
 
 
346 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0560376  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1117  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  27.95 
 
 
322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0565824  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3704  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  30.12 
 
 
356 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.524405  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1124  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  29.19 
 
 
323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0644506  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3100  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  28.48 
 
 
328 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.226707  normal  0.106215 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1251  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.86 
 
 
367 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.295037  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  29.48 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>