More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2979 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
306 aa  623  1e-177  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  66.56 
 
 
300 aa  444  1e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  65.89 
 
 
300 aa  441  1e-122  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  60.33 
 
 
303 aa  384  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.46 
 
 
304 aa  328  9e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 
306 aa  269  4e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  43.88 
 
 
307 aa  257  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  45.82 
 
 
313 aa  255  6e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  45.79 
 
 
304 aa  254  1e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  43.19 
 
 
302 aa  254  2e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  42.67 
 
 
303 aa  251  9e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  46.86 
 
 
312 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  46.28 
 
 
305 aa  250  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
297 aa  249  5e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 
312 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 
335 aa  242  6e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
307 aa  240  2e-62  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  43.88 
 
 
299 aa  238  9e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0155  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
312 aa  237  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0458494  normal  0.226334 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  45.49 
 
 
298 aa  236  5e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
309 aa  235  8e-61  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  42.24 
 
 
304 aa  234  2e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  42.23 
 
 
301 aa  233  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  44.55 
 
 
305 aa  231  8e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  41.08 
 
 
299 aa  231  1e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  44.52 
 
 
293 aa  230  2e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
302 aa  230  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 
322 aa  230  2e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  41.64 
 
 
309 aa  230  3e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6316  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
320 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 
322 aa  227  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 
305 aa  227  2e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 
313 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2877  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
320 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.645663 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3014  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
320 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2987  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
320 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2967  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
320 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2353  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
320 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.884603  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 
300 aa  224  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.8 
 
 
299 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
351 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  41.18 
 
 
351 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0306  LysR family regulatory protein  43.96 
 
 
320 aa  223  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.489462  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
351 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
299 aa  223  3e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
351 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
351 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
351 aa  223  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
303 aa  223  3e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
351 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  41.18 
 
 
351 aa  223  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 
313 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  42.42 
 
 
297 aa  223  4e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.25 
 
 
297 aa  223  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3755  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 
319 aa  223  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.111222 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 
301 aa  222  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2962  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 
320 aa  221  1e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3128  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 
349 aa  221  1e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677462  normal  0.0859375 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 
349 aa  221  2e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 
349 aa  221  2e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
298 aa  221  2e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 
301 aa  220  2e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 
349 aa  221  2e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6482  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 
349 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.833038 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.31 
 
 
296 aa  219  4e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3186  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 
349 aa  219  4e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.651713  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3069  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 
349 aa  219  4e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 
299 aa  219  4e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0344  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
320 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 
362 aa  218  7e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2671  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 
295 aa  218  9e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0356  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 
362 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.681005  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0535  LysR family regulatory protein  43 
 
 
362 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.077291  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 
298 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
307 aa  216  3e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 
307 aa  216  3e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 
294 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  39.32 
 
 
294 aa  216  4e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  38.18 
 
 
294 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
297 aa  216  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
299 aa  215  8e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  36.81 
 
 
309 aa  215  9e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
295 aa  214  1e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
298 aa  214  1e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
304 aa  214  1e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
298 aa  214  2e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  41.55 
 
 
367 aa  214  2e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
367 aa  214  2e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
301 aa  214  2e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 
298 aa  214  2e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
302 aa  213  3e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
294 aa  213  3e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  41.5 
 
 
306 aa  213  4e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
302 aa  213  4e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
320 aa  213  4e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
310 aa  212  6e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 
298 aa  212  6e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
294 aa  212  6e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
294 aa  212  6e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 
299 aa  212  7e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>