More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2929 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2929  integrase family protein  100 
 
 		 351 aa  715    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1966  integrase family protein  35.24 
 
 		 353 aa  189  8e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3623  putative integrase  34.37 
 
 		 373 aa  126  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.238631  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3879  integrase family protein  32.11 
 
 		 349 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3344  phage integrase family protein  34.8 
 
 		 360 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.563509  normal  0.0469601 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3294  phage integrase family protein  32.57 
 
 		 360 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.550021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2771  phage-related integrase  29.39 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.256547  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2519  integrase family protein  30.77 
 
 		 346 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2475  integrase family protein  27.01 
 
 		 345 aa  89.4  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6147  Integrase  27.38 
 
 		 344 aa  88.6  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.236662  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4095  phage integrase family protein  29.79 
 
 		 335 aa  87.4  3e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0969  integrase family protein  27.59 
 
 		 426 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.686349  normal  0.45689 
 
 
-
 
NC_004310  BR0966  phage integrase family site specific recombinase  25.37 
 
 		 341 aa  80.5  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.832131  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2653  integrase family protein  24.58 
 
 		 421 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.534879  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0886  phage-related integrase  30.19 
 
 		 349 aa  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1177  integrase family protein  26.98 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.28411  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0812  integrase family protein  29.02 
 
 		 385 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.427445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1982  tyrosine recombinase XerC  25.95 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0026523  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6744  putative phage integrase  26.09 
 
 		 382 aa  71.2  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15121  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2290  phage-related integrase  27.33 
 
 		 346 aa  71.2  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.306481  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0970  integrase family protein  26.53 
 
 		 367 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.605472  normal  0.569329 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1328  phage integrase  26.98 
 
 		 333 aa  69.3  0.0000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.478819  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4758  integrase family protein  26.23 
 
 		 405 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0619  phage integrase family protein  29.83 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0988  integrase family protein  24.01 
 
 		 370 aa  66.2  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1931  hypothetical protein  25 
 
 		 388 aa  65.1  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00772625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0325  phage integrase  27.25 
 
 		 389 aa  65.1  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.701127  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3933  integrase family protein  24.14 
 
 		 344 aa  65.1  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00343242  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0140  phage integrase family protein  25.21 
 
 		 375 aa  62  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  27.98 
 
 		 367 aa  62.4  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  30.39 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2865  phage integrase  23.24 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.520837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4150  phage integrase family protein  28.12 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0489444 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0995  phage integrase family protein  23.81 
 
 		 324 aa  60.5  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0268254  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1428  phage integrase family site specific recombinase  32.56 
 
 		 125 aa  60.8  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2250  phage integrase family site specific recombinase  26.76 
 
 		 338 aa  60.5  0.00000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  6.150880000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3728  phage integrase family protein  24.91 
 
 		 342 aa  60.1  0.00000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.315534  normal  0.558522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3920  phage integrase, putative  27.65 
 
 		 349 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.227044  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3971  integrase family protein  23.87 
 
 		 340 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.164476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1016  phage integrase family protein  23.81 
 
 		 338 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4057  site-specific recombinase, phage integrase family  26.73 
 
 		 325 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251442  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.85 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.85 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.7 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.85 
 
 		 299 aa  58.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2419  phage integrase family protein  23.63 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.85 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_004310  BR1474  phage integrase family site specific recombinase  29.5 
 
 		 164 aa  57.8  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.39 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2607  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.36 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.27 
 
 		 299 aa  57  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0275  phage integrase  27.74 
 
 		 359 aa  56.6  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0362718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6293  integrase family protein  25 
 
 		 344 aa  57  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1692  phage integrase  24.66 
 
 		 348 aa  57  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.50677 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.93 
 
 		 301 aa  56.6  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  27.18 
 
 		 371 aa  56.2  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.93 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1936  integrase family protein  24.76 
 
 		 391 aa  56.2  0.0000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.642431  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  23.88 
 
 		 347 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  25.97 
 
 		 387 aa  55.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2582  integrase  22.85 
 
 		 349 aa  55.5  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000812443  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1951  phage-related integrase  26.29 
 
 		 343 aa  55.1  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.242299  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5891  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.56 
 
 		 316 aa  55.1  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.51818 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  25.11 
 
 		 297 aa  55.1  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.34 
 
 		 299 aa  54.3  0.000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.35 
 
 		 299 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2478  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.47 
 
 		 322 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0183983 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1948  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.67 
 
 		 318 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2583  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.67 
 
 		 318 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2559  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.67 
 
 		 318 aa  54.3  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  20.8 
 
 		 402 aa  54.7  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  26.83 
 
 		 301 aa  53.5  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  25.11 
 
 		 296 aa  53.5  0.000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  21.16 
 
 		 295 aa  53.1  0.000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0805  site-specific recombinase/integrase  24.37 
 
 		 396 aa  53.1  0.000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0116297  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7358  integrase family protein  27.76 
 
 		 344 aa  52.8  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.210613  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3710  phage integrase family protein  25.27 
 
 		 305 aa  52.8  0.000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3849  phage integrase family protein  24.08 
 
 		 357 aa  52.8  0.000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1386  integrase family protein  21.03 
 
 		 344 aa  52.4  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.114707  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1383  integrase family protein  26.61 
 
 		 307 aa  52.4  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0044  phage integrase family site specific recombinase  25.67 
 
 		 376 aa  51.6  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.374231  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1067  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.53 
 
 		 305 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1584  phage integrase family protein  25.08 
 
 		 376 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4399  integrase family protein  25.08 
 
 		 376 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.685705  normal  0.0426652 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3721  phage integrase family protein  25.08 
 
 		 376 aa  50.8  0.00003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1468  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.3 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.208903 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0726  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.97 
 
 		 333 aa  50.8  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218987  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4388  integrase family protein  26.85 
 
 		 399 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.754595  normal  0.599822 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1283  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.13 
 
 		 297 aa  51.2  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  29.41 
 
 		 300 aa  50.8  0.00003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4253  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.3 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  23.19 
 
 		 296 aa  51.2  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.32 
 
 		 299 aa  50.4  0.00004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2022  tyrosine recombinase XerD subunit  27.83 
 
 		 309 aa  50.8  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0369  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.3 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011664  Sbal223_4398  integrase family protein  22.75 
 
 		 451 aa  50.4  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0364227  hitchhiker  0.00879025 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0831  phage integrase family protein  26.75 
 
 		 362 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1076  integrase  24.68 
 
 		 250 aa  50.1  0.00005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0669  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.3 
 
 		 305 aa  50.1  0.00005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2504  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.3 
 
 		 329 aa  50.4  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>