More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2844 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_2844  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  589  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.223887  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2367  LysR family transcriptional regulator  86 
 
 		 299 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.47568  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4279  LysR substrate-binding  58.16 
 
 		 334 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.373841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5946  transcriptional regulator LysR family  54.67 
 
 		 312 aa  309  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1371  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 308 aa  306  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4646  transcriptional regulator, LysR family  58.76 
 
 		 312 aa  297  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0479434  normal  0.927807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4796  transcriptional regulator, LysR family  59.31 
 
 		 292 aa  297  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.511675  normal  0.87125 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3779  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 292 aa  296  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.750193 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3052  LysR family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 292 aa  293  2e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3832  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 290 aa  280  2e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.524021 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1860  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 328 aa  215  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0547107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3974  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 328 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.140467 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0148  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 307 aa  199  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.148101  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3189  LysR family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 279 aa  192  6e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3293  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  185  9e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.185242  normal  0.285831 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2886  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0958949  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3944  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0840  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 288 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3977  transcriptional regulatory protein  34.14 
 
 		 315 aa  150  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.121113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0825  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03181  transcription regulator protein  36.62 
 
 		 328 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.30577 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3156  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0970291 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0343  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.294854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0372  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.103497  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2895  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  142  5e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.521914  normal  0.0431936 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0359  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0121795  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3188  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 291 aa  139  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.708036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0706  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.265048  normal  0.765072 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1039  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1135  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0556811  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2707  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.93 
 
 		 295 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0135797  normal  0.0584976 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0977  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.465087  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0722  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3045  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.54605 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5834  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4345  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4282  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.352562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5026  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.111623  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0881  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1954  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 291 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0761  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5018  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.448472 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5348  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261949 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33750  LysR family transcriptional regulator protein  34.15 
 
 		 293 aa  129  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49680  transcriptional regulator  32.38 
 
 		 291 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2903  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0770921  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1898  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3368  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5300  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 349 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.233752 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5209  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 349 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.405506  normal  0.396133 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6141  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0694  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4568  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.759587 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0386  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.447442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2169  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 294 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.394311 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2194  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.569492 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4310  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43061 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3600  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0857675  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2725  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1441  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3834  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.12 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.381515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4405  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  119  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0173  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130123 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5859  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2474  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.790384  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2478  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 319 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.585884  normal  0.517095 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1036  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3893  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.811179  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3178  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0619  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.415419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7466  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 290 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4731  helix-turn-helix, Fis-type  32.14 
 
 		 288 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210244  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2289  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6804  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.761993 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1425  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16380  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 301 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2769  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1565  transcriptional regulator, LysR family  29.17 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0781  transcriptional regulator, LysR family  25.87 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4420  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.395777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4610  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.167563  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1511  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.598514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3839  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0355  transcriptional regulator  29.86 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.837334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5824  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 317 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0766  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 338 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.207763 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1665  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0822  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.895804 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1782  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 302 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4532  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.176427  normal  0.951111 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4668  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.379548 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5961  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2454  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.262838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4666  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  0.172024 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2599  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513186 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6740  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2522  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 295 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3003  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.42287  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2147  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.576835 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6201  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 334 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>