More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2769 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
223 aa  442  1e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  88.29 
 
 
224 aa  391  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  71.95 
 
 
226 aa  322  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  69.64 
 
 
230 aa  307  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  69.2 
 
 
230 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  68.3 
 
 
225 aa  305  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  71.43 
 
 
225 aa  295  3e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  46.6 
 
 
222 aa  200  1.9999999999999998e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  47.62 
 
 
229 aa  191  9e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  47.34 
 
 
234 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
223 aa  187  8e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  49.75 
 
 
274 aa  187  1e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  44.91 
 
 
241 aa  186  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  49.25 
 
 
263 aa  185  5e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  46.77 
 
 
214 aa  183  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  50 
 
 
263 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  46.01 
 
 
251 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  44.44 
 
 
231 aa  181  7e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
242 aa  180  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  43.27 
 
 
218 aa  179  2.9999999999999997e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  44.19 
 
 
228 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  41.86 
 
 
241 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  43 
 
 
241 aa  176  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  44.02 
 
 
229 aa  176  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  48.95 
 
 
223 aa  176  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  43.13 
 
 
241 aa  175  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  46 
 
 
254 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  43.35 
 
 
226 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  44.6 
 
 
275 aa  171  7.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  43.43 
 
 
255 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  44.55 
 
 
256 aa  168  5e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  41.47 
 
 
227 aa  166  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  45.89 
 
 
231 aa  165  5.9999999999999996e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
284 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 
231 aa  152  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
227 aa  149  4e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  41.63 
 
 
221 aa  145  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  40.53 
 
 
232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  40.72 
 
 
245 aa  135  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  40.72 
 
 
240 aa  132  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  39.13 
 
 
239 aa  129  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  40.61 
 
 
222 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  39.8 
 
 
246 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
229 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  39.18 
 
 
255 aa  125  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  39.18 
 
 
295 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  40.88 
 
 
242 aa  124  8.000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
222 aa  124  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 
222 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
235 aa  122  5e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
233 aa  121  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 
244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
222 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
230 aa  118  6e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 
223 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
223 aa  117  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  35.96 
 
 
223 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
235 aa  116  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  33.99 
 
 
233 aa  115  6e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  32.42 
 
 
238 aa  114  7.999999999999999e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  31.44 
 
 
226 aa  114  8.999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  37.7 
 
 
226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  35.16 
 
 
219 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
229 aa  112  5e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 
229 aa  112  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  33.83 
 
 
211 aa  112  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 
211 aa  112  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 
212 aa  111  8.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  36.97 
 
 
237 aa  111  8.000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  31.71 
 
 
228 aa  111  9e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 
240 aa  111  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
248 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  31.98 
 
 
225 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
242 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  34 
 
 
211 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 
212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 
216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  36.04 
 
 
216 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 
231 aa  109  3e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  32.67 
 
 
211 aa  108  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3148  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
250 aa  108  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.275687  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
211 aa  108  6e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 
222 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
223 aa  108  8.000000000000001e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 
234 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 
220 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
235 aa  107  2e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  35.1 
 
 
239 aa  106  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
235 aa  106  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  35.23 
 
 
223 aa  105  4e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
211 aa  105  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
228 aa  105  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
218 aa  105  6e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  32.64 
 
 
214 aa  105  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 
221 aa  103  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  32.04 
 
 
237 aa  103  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  35.76 
 
 
238 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  34.17 
 
 
228 aa  103  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>