More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_2717 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_2717  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
241 aa  478  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.05 
 
 
239 aa  323  1e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.472803  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2448  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.33 
 
 
263 aa  275  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.117337  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.26 
 
 
259 aa  259  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.550074  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4757  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  63.75 
 
 
236 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.36 
 
 
240 aa  238  8e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0723888  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5134  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 
240 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.819971  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5725  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.02 
 
 
240 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3149  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.68 
 
 
240 aa  235  6e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.15 
 
 
240 aa  230  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.19 
 
 
240 aa  229  4e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.76943  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10890  putative short-chain dehydrogenase  48.96 
 
 
241 aa  222  5e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0306888  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3054  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  48.95 
 
 
243 aa  221  8e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.106955  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0999  putative short-chain dehydrogenase  49.38 
 
 
241 aa  216  3e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1711  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.33 
 
 
251 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0326295 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4661  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
251 aa  191  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
252 aa  191  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.117337  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1460  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.18 
 
 
235 aa  186  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0903  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.57 
 
 
238 aa  181  7e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0009  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.72 
 
 
234 aa  178  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.865732  hitchhiker  0.000720123 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2389  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.49 
 
 
255 aa  177  2e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0232  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44 
 
 
251 aa  176  3e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0537  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.31 
 
 
256 aa  175  5e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0481  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.1 
 
 
241 aa  174  1e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2133  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  48.1 
 
 
241 aa  174  1e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.617453 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.37 
 
 
258 aa  174  1e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.66105e-05  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2383  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.83 
 
 
253 aa  172  3e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3895  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.94 
 
 
248 aa  172  6e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.589012  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4672  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  44.98 
 
 
253 aa  167  1e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.572467  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.41 
 
 
231 aa  166  3e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0260  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.85 
 
 
252 aa  164  1e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734052  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2838  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.06 
 
 
256 aa  163  2e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.936397  normal  0.224474 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0396  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.82 
 
 
258 aa  163  2e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0344  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.04 
 
 
258 aa  164  2e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0392  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.82 
 
 
258 aa  163  3e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3977  putative 2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.76 
 
 
255 aa  162  5e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.686311  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2646  phosphatidylserine decarboxylase  40.8 
 
 
258 aa  162  5e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.229989  normal  0.216925 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.39 
 
 
254 aa  161  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0672528  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2406  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.45 
 
 
241 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0669  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.18 
 
 
259 aa  160  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0399726  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4949  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.23 
 
 
255 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.220607  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1671  Short-chain alcohol dehydrogenase  37.4 
 
 
260 aa  159  3e-38  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.321944  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3515  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.5 
 
 
255 aa  159  3e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
257 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
252 aa  159  5e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2695  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  43.09 
 
 
277 aa  159  5e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.45 
 
 
276 aa  159  6e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  1.25896e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2774  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.09 
 
 
271 aa  158  6e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.65 
 
 
252 aa  157  1e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0498  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.98 
 
 
252 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.726139  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0277  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.39 
 
 
251 aa  156  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3035  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  44.98 
 
 
251 aa  157  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.810122 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0200  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.15 
 
 
251 aa  157  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0121204  normal  0.0331725 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1513  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein  42.68 
 
 
277 aa  154  9e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.729699 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03889  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G14350)  40.54 
 
 
394 aa  154  1e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.696227  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1253  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  45.9 
 
 
255 aa  154  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1716  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  41.11 
 
 
253 aa  153  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.728372  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0935  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
251 aa  154  2e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0118  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.93 
 
 
256 aa  153  2e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
256 aa  153  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
255 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.6 
 
 
251 aa  153  2e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0563  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.32 
 
 
252 aa  153  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0987  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
251 aa  152  3e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.27 
 
 
255 aa  153  3e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
264 aa  153  3e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.84 
 
 
251 aa  152  3e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3369  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40 
 
 
251 aa  152  3e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.589225 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2538  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  46.63 
 
 
254 aa  152  4e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.620088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2207  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  43.58 
 
 
256 aa  152  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4305  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
251 aa  152  5e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.400321  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.04 
 
 
245 aa  152  5e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5663  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.11 
 
 
251 aa  152  6e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000923  5-keto-D-gluconate 5-reductase  38.82 
 
 
253 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0919  putative oxidoreductase  41.47 
 
 
257 aa  151  9e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.902502  normal  0.888241 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1971  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.65 
 
 
253 aa  151  9e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5273  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.73 
 
 
260 aa  151  9e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000251333 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.6 
 
 
270 aa  150  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5000  dehydrogenases with different specificities-like protein  64.41 
 
 
214 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.456323  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2032  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.25 
 
 
253 aa  150  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0873  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.34 
 
 
253 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0848  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.34 
 
 
253 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2990  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.75 
 
 
253 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.916776  normal  0.048185 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.32 
 
 
255 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2989  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.34 
 
 
253 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0709919  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.13 
 
 
254 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.203579  normal  0.799434 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4743  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  40.41 
 
 
254 aa  149  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00112688 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3349  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.43 
 
 
253 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143786 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6825  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.53 
 
 
255 aa  149  4e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.966986 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1909  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.43 
 
 
253 aa  149  4e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00371976  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2643  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.34 
 
 
253 aa  149  5e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.802213  normal  0.105966 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1693  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.34 
 
 
253 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.523034  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1803  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  38.34 
 
 
253 aa  149  5e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.711857  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.06 
 
 
263 aa  149  5e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3164  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.34 
 
 
253 aa  148  6e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6604  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  42.11 
 
 
251 aa  148  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00248172 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4111  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.34 
 
 
253 aa  148  6e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  decreased coverage  5.66262e-06 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.46 
 
 
257 aa  148  7e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.313012  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0922  Short-chain alcohol dehydrogenase  36.59 
 
 
256 aa  148  8e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  7.99282e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3168  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  39.43 
 
 
253 aa  148  9e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>