More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1029 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 434 aa  827    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  79.95 
 
 		 437 aa  608  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  69.5 
 
 		 444 aa  535  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  69.7 
 
 		 444 aa  519  1e-146  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  70.64 
 
 		 444 aa  520  1e-146  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  64.48 
 
 		 441 aa  478  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  54.46 
 
 		 431 aa  394  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  53.5 
 
 		 451 aa  381  1e-104  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  50 
 
 		 438 aa  358  9.999999999999999e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  52.12 
 
 		 438 aa  356  5.999999999999999e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  51.49 
 
 		 435 aa  350  3e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  47.95 
 
 		 442 aa  348  1e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  47.72 
 
 		 442 aa  346  5e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  48.15 
 
 		 462 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  51.41 
 
 		 455 aa  341  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  48.18 
 
 		 448 aa  341  2e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  50.33 
 
 		 428 aa  338  8e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  46.82 
 
 		 442 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  47.33 
 
 		 449 aa  336  5e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  49.89 
 
 		 428 aa  332  6e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  46.52 
 
 		 456 aa  328  9e-89  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  50.57 
 
 		 433 aa  322  7e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  47.29 
 
 		 460 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0137  tRNA modification GTPase TrmE  49.66 
 
 		 437 aa  321  9.999999999999999e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  47.72 
 
 		 428 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  47.06 
 
 		 429 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  45.68 
 
 		 441 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  48.31 
 
 		 445 aa  319  7e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  46.4 
 
 		 442 aa  316  4e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  38.53 
 
 		 441 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  38.79 
 
 		 439 aa  311  2e-83  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  45.32 
 
 		 457 aa  306  5.0000000000000004e-82  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  45.68 
 
 		 437 aa  306  7e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  42.92 
 
 		 436 aa  304  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  44.67 
 
 		 428 aa  301  2e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  44.82 
 
 		 440 aa  296  4e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  47.05 
 
 		 419 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  47.01 
 
 		 447 aa  289  8e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  44.9 
 
 		 437 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  40.5 
 
 		 435 aa  282  7.000000000000001e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  39.87 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_002978  WD0981  tRNA modification GTPase TrmE  40.62 
 
 		 508 aa  279  8e-74  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2845  tRNA modification GTPase TrmE  52.27 
 
 		 440 aa  276  5e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0598385 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  39.12 
 
 		 454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  39.17 
 
 		 454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 454 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  39.34 
 
 		 454 aa  274  3e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  36.9 
 
 		 464 aa  273  6e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  39.12 
 
 		 454 aa  272  8.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  39.12 
 
 		 454 aa  272  8.000000000000001e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  39.12 
 
 		 454 aa  272  8.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_56161  predicted protein  36.46 
 
 		 478 aa  271  1e-71  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  38.7 
 
 		 454 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  38.7 
 
 		 454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  38.7 
 
 		 454 aa  270  4e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  38.9 
 
 		 454 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.95 
 
 		 455 aa  269  8e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  43.82 
 
 		 426 aa  268  1e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  36.9 
 
 		 455 aa  268  1e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 		 454 aa  268  2e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  36.32 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  39.39 
 
 		 455 aa  266  4e-70  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  37.55 
 
 		 460 aa  266  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 467 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 467 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 467 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 454 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 454 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  37.72 
 
 		 454 aa  265  8.999999999999999e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  36.24 
 
 		 458 aa  265  1e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  37.42 
 
 		 453 aa  265  1e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4034  tRNA modification GTPase TrmE  39.52 
 
 		 453 aa  264  3e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.461545  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 462 aa  264  3e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  40.33 
 
 		 489 aa  263  6e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  36.23 
 
 		 453 aa  260  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  36.23 
 
 		 453 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  44.54 
 
 		 446 aa  259  6e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  36.01 
 
 		 453 aa  259  9e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3038  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 448 aa  258  1e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.38062  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  39.25 
 
 		 458 aa  258  1e-67  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  42.67 
 
 		 444 aa  258  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  35.67 
 
 		 453 aa  258  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2853  tRNA modification GTPase TrmE  47.55 
 
 		 419 aa  257  2e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0789426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 		 456 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  35.73 
 
 		 453 aa  256  5e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  36.74 
 
 		 461 aa  256  8e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  35.67 
 
 		 453 aa  255  9e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  35.67 
 
 		 453 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  35.67 
 
 		 479 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  35.67 
 
 		 453 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  37.53 
 
 		 456 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  36.24 
 
 		 452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  35.67 
 
 		 453 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  35.65 
 
 		 453 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5049  tRNA modification GTPase TrmE  33.55 
 
 		 471 aa  253  4.0000000000000004e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0840037  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  35.15 
 
 		 458 aa  253  4.0000000000000004e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3612  tRNA modification GTPase TrmE  35.14 
 
 		 455 aa  253  5.000000000000001e-66  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>