More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0369 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
381 aa  754  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2240  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  85.53 
 
 
381 aa  606  1e-172  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.167528  normal  0.0621826 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  72.92 
 
 
389 aa  541  1e-153  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  72.65 
 
 
389 aa  531  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  72.65 
 
 
389 aa  525  1e-148  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  72.18 
 
 
412 aa  510  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  61.11 
 
 
321 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  64.26 
 
 
349 aa  362  5e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  58.88 
 
 
336 aa  361  1e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  61.64 
 
 
321 aa  356  3e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  61.64 
 
 
321 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.94 
 
 
328 aa  350  2e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  60.06 
 
 
328 aa  349  4e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  6.12217e-07 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  55.62 
 
 
328 aa  345  5e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  59.63 
 
 
353 aa  345  9e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  55.62 
 
 
328 aa  345  9e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.75 
 
 
323 aa  342  9e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0183  NAD-dependent epimerase/dehydratase  61.44 
 
 
322 aa  337  2e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.922509  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  55.11 
 
 
326 aa  332  6e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  57.85 
 
 
335 aa  332  6e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  63.52 
 
 
322 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  56.97 
 
 
326 aa  329  6e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  54.18 
 
 
326 aa  326  4e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  57.45 
 
 
321 aa  324  2e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  51.23 
 
 
327 aa  322  8e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2776  NADH dehydrogenase  55.05 
 
 
328 aa  317  3e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.424947  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  51.22 
 
 
329 aa  316  5e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1151  NADH-ubiquinone oxidoreductase  53.82 
 
 
328 aa  310  3e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2812  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.82 
 
 
328 aa  310  3e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.626398  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  53.27 
 
 
321 aa  309  6e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0343  NADH-ubiquinone oxidoreductase  58.93 
 
 
325 aa  307  2e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00306764  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0246  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  49.39 
 
 
327 aa  290  4e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  48.26 
 
 
340 aa  273  4e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0492  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.91 
 
 
330 aa  273  4e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  49.36 
 
 
307 aa  252  7e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  49.34 
 
 
318 aa  251  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  40.37 
 
 
332 aa  243  3e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2136  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  46.88 
 
 
312 aa  240  3e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1668  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  46.6 
 
 
316 aa  231  1e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1129  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  37.42 
 
 
316 aa  218  2e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.4 
 
 
308 aa  209  7e-53  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  38.6 
 
 
317 aa  205  9e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  40.36 
 
 
318 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  38.91 
 
 
317 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.42 
 
 
318 aa  194  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.67 
 
 
319 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  36.25 
 
 
338 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.46 
 
 
318 aa  191  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.25 
 
 
338 aa  191  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.65 
 
 
314 aa  190  3e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.97 
 
 
319 aa  189  5e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  38.36 
 
 
319 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.85 
 
 
318 aa  188  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.68 
 
 
319 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  38.68 
 
 
319 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.99 
 
 
319 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.99 
 
 
319 aa  186  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0063  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase,-like protein  31.96 
 
 
320 aa  186  8e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0035  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putativ  32.18 
 
 
320 aa  186  9e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0661  NADH dehydrogenase  44.72 
 
 
312 aa  185  1e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.251745  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.12 
 
 
320 aa  184  2e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26150  predicted protein  37.27 
 
 
366 aa  181  3e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.22468 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.35 
 
 
320 aa  180  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.5 
 
 
345 aa  178  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  37.16 
 
 
319 aa  176  9e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3081  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.31 
 
 
310 aa  175  1e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 
321 aa  173  4e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  2.70425e-05 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  36.56 
 
 
319 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.56 
 
 
319 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  36.56 
 
 
319 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  36.56 
 
 
319 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.56 
 
 
319 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  37.11 
 
 
320 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  36.7 
 
 
312 aa  165  1e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2690  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.35 
 
 
319 aa  165  1e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.31 
 
 
320 aa  164  2e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.5 
 
 
320 aa  164  2e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  35.02 
 
 
320 aa  164  3e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02430  conserved hypothetical protein  36.39 
 
 
375 aa  163  5e-39  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.000237678  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.38 
 
 
340 aa  156  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
312 aa  155  8e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.29 
 
 
294 aa  155  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0386  NADH-ubiquinone oxidoreductase family protein  32.7 
 
 
340 aa  154  3e-36  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  35.17 
 
 
334 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  34.86 
 
 
334 aa  149  1e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0593  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.35 
 
 
316 aa  148  2e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.490453  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND01070  NADH dehydrogenase (ubiquinone), putative  38.06 
 
 
411 aa  147  4e-34  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  35.19 
 
 
334 aa  146  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.09 
 
 
340 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3296  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  37.5 
 
 
316 aa  142  1e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.587332  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.12 
 
 
308 aa  142  1e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 
287 aa  139  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  1.6396e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0110  NADH dehydrogenase  38.06 
 
 
321 aa  136  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00120981 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
298 aa  135  1e-30  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.41 
 
 
295 aa  135  2e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10440  NADH-ubiquinone oxidoreductase 39 kDa subunit, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G12790)  30.43 
 
 
382 aa  134  3e-30  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00432444  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.41 
 
 
295 aa  133  5e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.39 
 
 
302 aa  132  9e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.83 
 
 
291 aa  132  1e-29  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.92 
 
 
301 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  6.31185e-07 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>