118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0342 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2265  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  85.99 
 
 		 442 aa  665    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00194673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0342  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  100 
 
 		 423 aa  830    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450847  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3025  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  41.9 
 
 		 441 aa  268  1e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2525  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.82 
 
 		 486 aa  266  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.839724  normal  0.154925 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0702  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.49 
 
 		 480 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.871087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0409  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  36.38 
 
 		 462 aa  259  6e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.309942  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0100  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  36.17 
 
 		 480 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0249  hypothetical protein  35.41 
 
 		 448 aa  246  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3430  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  38.55 
 
 		 461 aa  226  5.0000000000000005e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2036  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  39.94 
 
 		 463 aa  216  5e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00372211 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2259  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  35.47 
 
 		 469 aa  216  8e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.466386  normal  0.36502 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1959  hypothetical protein  35.52 
 
 		 467 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3495  hypothetical protein  35.28 
 
 		 465 aa  211  2e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2087  hypothetical protein  36.05 
 
 		 466 aa  208  1e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.073016  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2302  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  35.08 
 
 		 474 aa  208  2e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.172272  hitchhiker  0.00762339 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2577  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  35.61 
 
 		 469 aa  207  3e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.301233 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0519  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.09 
 
 		 463 aa  205  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1581  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  37.56 
 
 		 457 aa  202  7e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3542  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  35.45 
 
 		 472 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.919124 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6537  hypothetical protein  33.33 
 
 		 467 aa  190  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.866176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2797  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  33.85 
 
 		 485 aa  188  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0909  hypothetical protein  32.83 
 
 		 491 aa  187  2e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0899  hypothetical protein  31.68 
 
 		 437 aa  186  9e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.727607  normal  0.541745 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0107  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  37.2 
 
 		 453 aa  180  4e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0239  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  35.66 
 
 		 453 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.264256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5654  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.81 
 
 		 471 aa  177  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5694  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  31.3 
 
 		 477 aa  176  7e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0184  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  35.32 
 
 		 453 aa  176  9e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.864216  normal  0.611675 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1545  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  32.15 
 
 		 468 aa  173  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2929  hypothetical protein  31.82 
 
 		 443 aa  173  5.999999999999999e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0484025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2760  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  33.33 
 
 		 433 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4219  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.52 
 
 		 465 aa  157  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4743  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  35.65 
 
 		 457 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.704005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2753  hypothetical protein  29.98 
 
 		 433 aa  153  5e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5881  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.23 
 
 		 440 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.810377 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4573  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.97 
 
 		 446 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4331  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.75 
 
 		 453 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.794472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4597  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.22 
 
 		 454 aa  126  7e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.244351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3511  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  34.96 
 
 		 179 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0746  TRAP-T family transporter periplasmic substrate binding subunit  23.48 
 
 		 344 aa  72  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.842378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1418  hypothetical protein  27.18 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2418  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  38.76 
 
 		 176 aa  67  0.0000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2030  hypothetical protein  28.63 
 
 		 479 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.350637  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3203  hypothetical protein  28.63 
 
 		 499 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0741  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.56 
 
 		 348 aa  66.2  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0884  hypothetical protein  28.63 
 
 		 505 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2718  hypothetical protein  28.63 
 
 		 479 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.929618  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3149  hypothetical protein  28.22 
 
 		 723 aa  66.2  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3187  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  28.63 
 
 		 499 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.636069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1892  hypothetical protein  28.63 
 
 		 505 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1695  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  27.37 
 
 		 315 aa  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000228802 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1413  TRAP-T family transporter periplasmic binding component  26.3 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3483  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.3 
 
 		 324 aa  63.2  0.000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3688  hypothetical protein  26.53 
 
 		 324 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.269569 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0810  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  25.74 
 
 		 480 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.347911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2546  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  25.41 
 
 		 475 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1697  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.38 
 
 		 330 aa  60.1  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.607751  normal  0.828936 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0838  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  25.41 
 
 		 480 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0797  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.22 
 
 		 318 aa  59.3  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000423237  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3930  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  28.63 
 
 		 480 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.282648  normal  0.013766 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0355  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like  25.41 
 
 		 520 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.541877  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00793  hypothetical protein  22.7 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0798  hypothetical protein  25.83 
 
 		 497 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.375789 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001678  TRAP transporter solute receptor TAXI family precursor  22.57 
 
 		 322 aa  55.8  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.150837  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2848  immunogenic protein  21.8 
 
 		 328 aa  55.8  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0380  periplasmic-binding protein  23.66 
 
 		 342 aa  55.1  0.000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000526249  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1156  31 kDa immunogenic protein  26.9 
 
 		 316 aa  55.1  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.837242  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0734  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  25.58 
 
 		 496 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.146583 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0717  TRAP-type uncharacterized transport system periplasmic component-like protein  25.58 
 
 		 490 aa  54.7  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.482708  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2429  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.73 
 
 		 329 aa  54.7  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.25673  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1229  putative immunogenic protein precursor  26.26 
 
 		 310 aa  54.3  0.000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144519  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1194  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.73 
 
 		 329 aa  53.9  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2520  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  26.64 
 
 		 335 aa  53.1  0.000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02419  hypothetical protein  20.91 
 
 		 323 aa  53.1  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2417  hypothetical protein  25 
 
 		 508 aa  53.1  0.000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3723  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.05 
 
 		 316 aa  52.4  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3213  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  22.37 
 
 		 325 aa  52.4  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3954  periplasmic binding protein, putative  24.51 
 
 		 316 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.391333 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6347  hypothetical protein  25.79 
 
 		 319 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.884307  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2063  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  21.6 
 
 		 327 aa  50.4  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.800081  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3267  hypothetical protein  26.42 
 
 		 323 aa  50.4  0.00005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.743942 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3839  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.93 
 
 		 327 aa  50.8  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0135422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0846  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.96 
 
 		 306 aa  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.391191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0549  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.27 
 
 		 441 aa  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.973361 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0881  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  22.91 
 
 		 346 aa  50.1  0.00008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  decreased coverage  0.000456072  normal  0.0650778 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1445  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.71 
 
 		 307 aa  50.1  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2072  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.26 
 
 		 317 aa  49.7  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.169091 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2949  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  26.45 
 
 		 318 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0733999 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73120  hypothetical protein  24.74 
 
 		 319 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3881  hypothetical protein  25 
 
 		 494 aa  47.8  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3566  TRAP transporter solute receptor, TAXI family protein  24.14 
 
 		 317 aa  47.8  0.0004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.28304  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2329  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.91 
 
 		 349 aa  47.4  0.0004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.809783 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0817  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  21.12 
 
 		 318 aa  47.4  0.0004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000102609  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0645  TRAP-type uncharacterized transport system  28.34 
 
 		 335 aa  47.4  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1890  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.51 
 
 		 333 aa  47.4  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.966009  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0033  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  23.17 
 
 		 319 aa  47  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1472  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  39.06 
 
 		 651 aa  46.6  0.0009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0386  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  24.69 
 
 		 375 aa  45.8  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4512  TRAP transporter solute receptor, TAXI family  25.51 
 
 		 299 aa  46.2  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1253  TRAP transporter solute receptor TAXI family protein  23.71 
 
 		 323 aa  46.6  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>