275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0286 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6445  ornithine decarboxylase  50.64 
 
 		 787 aa  779    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.621476  normal  0.414615 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0934  Ornithine decarboxylase  88.66 
 
 		 785 aa  1449    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.839278 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3132  ornithine decarboxylase  72.87 
 
 		 785 aa  1217    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.297887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2341  Ornithine decarboxylase  75.16 
 
 		 785 aa  1248    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.788512  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0993  ornithine decarboxylase  88.99 
 
 		 781 aa  1459    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.683317 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0956  Ornithine decarboxylase  88.99 
 
 		 781 aa  1460    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.790787 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0745  ornithine decarboxylase  63.8 
 
 		 778 aa  1023    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.184647 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5195  ornithine decarboxylase  50.06 
 
 		 787 aa  781    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.208108  normal  0.398466 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0640  ornithine decarboxylase  73.38 
 
 		 785 aa  1220    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0224  Ornithine decarboxylase  74.84 
 
 		 779 aa  1238    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.514878 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3377  ornithine decarboxylase protein  72.61 
 
 		 785 aa  1207    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0928  ornithine decarboxylase  74.27 
 
 		 785 aa  1235    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.335055  normal  0.352812 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4404  ornithine decarboxylase  90.9 
 
 		 781 aa  1470    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.155721 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0286  Orn/Lys/Arg decarboxylase major region  100 
 
 		 786 aa  1613    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134594  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3667  ornithine decarboxylase  44.37 
 
 		 720 aa  625  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3871  ornithine decarboxylase  43.03 
 
 		 720 aa  627  1e-178  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0955234 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0278  ornithine decarboxylase  44.23 
 
 		 720 aa  625  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3334  ornithine decarboxylase  44.44 
 
 		 720 aa  619  1e-176  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0314  ornithine decarboxylase  43.52 
 
 		 720 aa  615  1e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0179  ornithine decarboxylase  44.87 
 
 		 720 aa  618  1e-175  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1205  ornithine decarboxylase  45.51 
 
 		 742 aa  615  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000054905 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2963  ornithine decarboxylase  45.28 
 
 		 732 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.988103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0785  ornithine decarboxylase  45.71 
 
 		 735 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2075  ornithine decarboxylase  46.45 
 
 		 726 aa  615  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.29642  normal  0.752518 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0718  ornithine decarboxylase  45.57 
 
 		 735 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000376053  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0715  ornithine decarboxylase  45.69 
 
 		 732 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.139092  normal  0.847041 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00649  ornithine decarboxylase isozyme, inducible  45.13 
 
 		 732 aa  610  1e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.889551  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2944  Ornithine decarboxylase  45.13 
 
 		 732 aa  611  1e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3515  ornithine decarboxylase  45.9 
 
 		 726 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.207065 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00641  hypothetical protein  45.13 
 
 		 732 aa  610  1e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.94656  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3975  ornithine decarboxylase  43.24 
 
 		 720 aa  611  1e-173  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4171  ornithine decarboxylase  43.24 
 
 		 720 aa  611  1e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4358  ornithine decarboxylase  45.9 
 
 		 739 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4008  ornithine decarboxylase  45.9 
 
 		 739 aa  609  1e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4084  ornithine decarboxylase  43.24 
 
 		 720 aa  611  1e-173  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3679  ornithine decarboxylase  43.5 
 
 		 720 aa  609  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0761  ornithine decarboxylase  45.29 
 
 		 732 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.905284 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0858  ornithine decarboxylase  45.29 
 
 		 732 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0748  ornithine decarboxylase  45.29 
 
 		 732 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.232895  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4053  ornithine decarboxylase  43.39 
 
 		 720 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0809  ornithine decarboxylase  45.29 
 
 		 732 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0822  ornithine decarboxylase  45.29 
 
 		 732 aa  606  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3109  ornithine decarboxylase  44.52 
 
 		 711 aa  595  1e-169  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.015732 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3289  ornithine decarboxylase  44.95 
 
 		 711 aa  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00321092 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3278  ornithine decarboxylase  44.95 
 
 		 711 aa  596  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1157  ornithine decarboxylase  44.83 
 
 		 753 aa  597  1e-169  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00332446  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3363  ornithine decarboxylase  44.95 
 
 		 711 aa  597  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.134652  normal  0.661844 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3458  ornithine decarboxylase  44.81 
 
 		 711 aa  595  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.829522  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3355  ornithine decarboxylase  45.09 
 
 		 711 aa  598  1e-169  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.86478 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02795  ornithine decarboxylase, constitutive  44.67 
 
 		 711 aa  593  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0111619  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3311  ornithine decarboxylase  44.38 
 
 		 711 aa  594  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02758  hypothetical protein  44.67 
 
 		 711 aa  593  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00836669  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4269  ornithine decarboxylase  44.81 
 
 		 711 aa  595  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.783257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0159  ornithine decarboxylase  43.61 
 
 		 720 aa  593  1e-168  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000171989 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3126  ornithine decarboxylase  44.67 
 
 		 711 aa  593  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3380  ornithine decarboxylase  44.06 
 
 		 711 aa  595  1e-168  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.961325  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0749  ornithine decarboxylase  44.24 
 
 		 711 aa  590  1e-167  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0757526 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0730  Ornithine decarboxylase  44.24 
 
 		 711 aa  590  1e-167  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0811  ornithine decarboxylase  43.47 
 
 		 720 aa  589  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.901366  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0811  ornithine decarboxylase  43.47 
 
 		 720 aa  589  1e-167  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0509  ornithine decarboxylase  42.94 
 
 		 723 aa  588  1e-167  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001092  ornithine decarboxylase  44.33 
 
 		 715 aa  584  1.0000000000000001e-165  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4047  ornithine decarboxylase  43.94 
 
 		 720 aa  579  1e-164  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.388924  normal  0.452479 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1573  ornithine decarboxylase  41.98 
 
 		 719 aa  577  1.0000000000000001e-163  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04833  ornithine decarboxylase  43.91 
 
 		 726 aa  577  1.0000000000000001e-163  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1066  ornithine decarboxylase  43.43 
 
 		 730 aa  571  1e-161  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.585058  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3210  ornithine decarboxylase  47.24 
 
 		 717 aa  571  1e-161  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.148119  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3033  ornithine decarboxylase  47.66 
 
 		 717 aa  562  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0872  ornithine decarboxylase  42.4 
 
 		 717 aa  558  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.507937  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3418  ornithine decarboxylase  42.27 
 
 		 717 aa  553  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.18204  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1269  lysine decarboxylase  38.9 
 
 		 767 aa  532  1e-150  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1881  arginine/lysine/ornithine decarboxylase  40.37 
 
 		 699 aa  516  1.0000000000000001e-145  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000741442 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2074  response regulator receiver domain-containing protein  38.18 
 
 		 766 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0189662  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4356  response regulator receiver protein  37.89 
 
 		 794 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41020  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  37.09 
 
 		 751 aa  504  1e-141  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4010  response regulator receiver protein  37.89 
 
 		 794 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.622198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3514  response regulator receiver protein  37.63 
 
 		 766 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0354739 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1725  lysine decarboxylase  37.78 
 
 		 749 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879882  normal  0.772169 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  37.68 
 
 		 769 aa  498  1e-139  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3465  lysine decarboxylase  37.25 
 
 		 749 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3478  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  36.71 
 
 		 751 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3712  lysine decarboxylase  37.52 
 
 		 757 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2188  ornithine decarboxylase  36.06 
 
 		 751 aa  488  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3701  lysine decarboxylase  38.52 
 
 		 780 aa  488  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0757971  normal  0.27436 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  35.18 
 
 		 762 aa  487  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4861  lysine decarboxylase  38.17 
 
 		 779 aa  485  1e-135  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.112463  hitchhiker  0.00183644 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0715  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.78 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.395264  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1216  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.78 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4345  lysine decarboxylase  38.04 
 
 		 779 aa  485  1e-135  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.913675  hitchhiker  0.000705117 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2298  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.78 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2988  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.78 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.541355  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1058  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.78 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1064  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.78 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1611  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.78 
 
 		 759 aa  483  1e-135  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175445  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6447  lysine decarboxylase  36.59 
 
 		 771 aa  482  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.295731 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0689  ornithine decarboxylase  34.9 
 
 		 756 aa  482  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.9866  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1325  biodegradative arginine decarboxylase  34.14 
 
 		 768 aa  479  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0861  Orn/Lys/Arg decarboxylase  35.9 
 
 		 759 aa  482  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.206797  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2781  biodegradative arginine decarboxylase  34.14 
 
 		 768 aa  479  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2068  lysine decarboxylase  36.61 
 
 		 747 aa  481  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.014755  normal  0.104573 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>