More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0279 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0279  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
308 aa  609  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.126577  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2331  LysR family transcriptional regulator  80.13 
 
 
305 aa  475  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0724376  normal  0.145615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.91 
 
 
303 aa  224  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.89 
 
 
303 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  41.39 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  41.39 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  41.39 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
308 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.39 
 
 
305 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41 
 
 
305 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41 
 
 
305 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41 
 
 
305 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41 
 
 
305 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41 
 
 
305 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41 
 
 
304 aa  216  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
303 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 
306 aa  216  4e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.54 
 
 
303 aa  216  5e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 
305 aa  215  8e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 
305 aa  215  8e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
303 aa  215  8e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.33 
 
 
305 aa  215  8e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.88 
 
 
303 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.22 
 
 
303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.22 
 
 
303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.67 
 
 
302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
303 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.88 
 
 
303 aa  211  9e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
306 aa  211  1e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  40 
 
 
306 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.79 
 
 
306 aa  211  1e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 
311 aa  209  3e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.67 
 
 
308 aa  208  9e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41 
 
 
307 aa  208  9e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  40.63 
 
 
317 aa  208  1e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.67 
 
 
307 aa  207  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 
306 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40 
 
 
308 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 
306 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3368  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 
307 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0214  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.14 
 
 
334 aa  206  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.27 
 
 
314 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
300 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.55 
 
 
300 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 
317 aa  204  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  40.6 
 
 
295 aa  202  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
318 aa  200  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0501  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.14 
 
 
322 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0370633 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.21 
 
 
303 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0441  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.14 
 
 
321 aa  198  9e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.38 
 
 
310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6233  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.47 
 
 
328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.308755 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.14 
 
 
320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0414  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.14 
 
 
348 aa  196  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0376293  normal  0.0295817 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0055  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2979  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
309 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  40.33 
 
 
323 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1372  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3189  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.14 
 
 
322 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.33 
 
 
309 aa  196  6e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1219  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
304 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2855  LysR family transcriptional regulator  45.13 
 
 
304 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.67 
 
 
294 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.81 
 
 
321 aa  195  1e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2275  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.14 
 
 
329 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2900  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.14 
 
 
329 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2890  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.14 
 
 
329 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.77 
 
 
308 aa  192  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 
294 aa  192  8e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0432  LysR family transcriptional regulator  44.81 
 
 
304 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.687698  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0387  LysR family transcriptional regulator  44.81 
 
 
304 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2802  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.14 
 
 
323 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1578  LysR family transcriptional regulator  44.81 
 
 
304 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1764  LysR family transcriptional regulator  44.81 
 
 
304 aa  192  9e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2940  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.14 
 
 
328 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 
294 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 
294 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 
311 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  39.53 
 
 
294 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  40.34 
 
 
311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4145  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 
299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.323905 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.2 
 
 
294 aa  189  5e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
311 aa  189  7e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 
299 aa  188  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0246  LysR family transcriptional regulator  44.08 
 
 
298 aa  187  1e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>