More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0120 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
296 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  78.17 
 
 
285 aa  417  9.999999999999999e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  60.79 
 
 
293 aa  322  7e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  45.23 
 
 
284 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  47.64 
 
 
284 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  46.52 
 
 
278 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  44.49 
 
 
304 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  43.11 
 
 
284 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  43.88 
 
 
282 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  44.24 
 
 
282 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  45.62 
 
 
291 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  43.88 
 
 
282 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  45.42 
 
 
284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  43.21 
 
 
282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.72 
 
 
292 aa  172  7.999999999999999e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 
289 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  45.11 
 
 
284 aa  169  5e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  45.11 
 
 
284 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  45.11 
 
 
284 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  45.11 
 
 
284 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  45.11 
 
 
284 aa  169  6e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  43.78 
 
 
296 aa  168  1e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  44.74 
 
 
284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  44.74 
 
 
284 aa  166  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  41.37 
 
 
284 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.89 
 
 
298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  43.82 
 
 
284 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  37.86 
 
 
288 aa  162  7e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  44.2 
 
 
284 aa  162  8.000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  36.26 
 
 
289 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  40.53 
 
 
299 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  41.58 
 
 
310 aa  160  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.27 
 
 
279 aa  160  3e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  37.99 
 
 
286 aa  159  4e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  43.79 
 
 
315 aa  159  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 
286 aa  159  5e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 
283 aa  159  6e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  41.39 
 
 
276 aa  159  6e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  36.2 
 
 
286 aa  159  7e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.64 
 
 
289 aa  158  8e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.82 
 
 
284 aa  158  9e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
277 aa  157  1e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  42.11 
 
 
289 aa  158  1e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 
269 aa  157  2e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 
280 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 
286 aa  156  3e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 
268 aa  154  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  42.07 
 
 
289 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.7 
 
 
268 aa  154  1e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 
277 aa  153  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  36.49 
 
 
295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 
295 aa  151  1e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  39.85 
 
 
284 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
277 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 
295 aa  150  2e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 
277 aa  150  2e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  40.98 
 
 
284 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  40.98 
 
 
284 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  40.98 
 
 
284 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  38.43 
 
 
286 aa  150  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  40.99 
 
 
293 aa  150  3e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  38.06 
 
 
289 aa  150  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
277 aa  149  5e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  36.15 
 
 
277 aa  149  5e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  30.85 
 
 
280 aa  149  6e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
277 aa  149  6e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.64 
 
 
308 aa  149  6e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  38.79 
 
 
289 aa  149  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  36.11 
 
 
291 aa  149  6e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
277 aa  149  7e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  39.86 
 
 
293 aa  148  8e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 
277 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  43.84 
 
 
304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 
290 aa  147  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 
277 aa  146  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  41.35 
 
 
284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.14 
 
 
297 aa  146  5e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.22 
 
 
278 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  34.31 
 
 
273 aa  144  1e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 
279 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 
284 aa  144  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.59 
 
 
280 aa  143  3e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
294 aa  143  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  38.08 
 
 
279 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  37.82 
 
 
283 aa  142  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 
287 aa  142  8e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 
277 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  37.21 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  39.63 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  37.31 
 
 
279 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 
271 aa  140  3e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 
280 aa  139  3.9999999999999997e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  39.58 
 
 
297 aa  139  4.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 
271 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  28.83 
 
 
284 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  41.22 
 
 
284 aa  136  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  37.67 
 
 
295 aa  136  5e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 
292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 
296 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.67 
 
 
290 aa  135  9.999999999999999e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>