More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0118 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
291 aa  575  1e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  67.84 
 
 
284 aa  358  8e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  72.63 
 
 
315 aa  353  2e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  67.73 
 
 
284 aa  342  6e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  65.6 
 
 
284 aa  334  9e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  65.14 
 
 
284 aa  328  7e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  64.13 
 
 
284 aa  327  1e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  63.67 
 
 
284 aa  327  2e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  67.8 
 
 
284 aa  321  7e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  64.75 
 
 
278 aa  321  9e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  67.42 
 
 
284 aa  320  1e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  67.42 
 
 
284 aa  320  2e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  67.42 
 
 
284 aa  320  2e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  67.42 
 
 
284 aa  320  2e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  67.42 
 
 
284 aa  320  2e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  63.77 
 
 
282 aa  319  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  62.77 
 
 
282 aa  319  4e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  67.82 
 
 
284 aa  319  4e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  67.05 
 
 
284 aa  319  4e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  62.63 
 
 
304 aa  318  9e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  63.41 
 
 
282 aa  315  4e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  64.77 
 
 
284 aa  314  1e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  64.77 
 
 
284 aa  314  1e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  64.77 
 
 
284 aa  314  1e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  64.39 
 
 
284 aa  313  2e-84  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  62.68 
 
 
282 aa  313  2e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  63.54 
 
 
289 aa  311  7e-84  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  65.47 
 
 
292 aa  306  3e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  64.39 
 
 
284 aa  305  5e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  63.74 
 
 
296 aa  303  3e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  63.94 
 
 
289 aa  301  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  58.87 
 
 
289 aa  293  3e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  59.07 
 
 
299 aa  292  4e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  59.57 
 
 
293 aa  283  2e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  58.99 
 
 
293 aa  279  3e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  57.43 
 
 
310 aa  279  5e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  55.47 
 
 
286 aa  271  8e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  56.68 
 
 
289 aa  271  1e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  53.24 
 
 
304 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  51.5 
 
 
276 aa  226  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  44.96 
 
 
285 aa  199  4e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  43.7 
 
 
293 aa  192  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  46.01 
 
 
296 aa  183  4e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.46 
 
 
289 aa  156  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 
290 aa  145  8e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 
284 aa  142  5e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.64 
 
 
286 aa  142  7e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  37.05 
 
 
284 aa  140  2e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  35.13 
 
 
286 aa  140  3e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  34.24 
 
 
288 aa  139  4e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 
286 aa  138  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  29.78 
 
 
278 aa  134  1e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  29.2 
 
 
280 aa  130  2e-29  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  28.47 
 
 
279 aa  129  4e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  35.14 
 
 
279 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  33.81 
 
 
280 aa  128  1e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  28.68 
 
 
280 aa  128  1e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
279 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 
279 aa  126  4e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 
277 aa  125  6e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
292 aa  125  7e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 
286 aa  125  8e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 
277 aa  125  9e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  28.99 
 
 
271 aa  125  1e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.21 
 
 
276 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  35.66 
 
 
289 aa  124  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 
282 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 
277 aa  124  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 
277 aa  123  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.61 
 
 
294 aa  123  4e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  29.35 
 
 
277 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.34489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.84 
 
 
277 aa  122  7e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  32.51 
 
 
291 aa  122  8e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  33.92 
 
 
295 aa  122  1e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 
268 aa  121  1e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 
268 aa  121  1e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 
284 aa  121  1e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 
277 aa  121  1e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  4.96147e-05 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.7 
 
 
279 aa  121  2e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.76 
 
 
297 aa  120  2e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  24.55 
 
 
279 aa  120  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  30.77 
 
 
277 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  30.25 
 
 
289 aa  119  5e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  28.14 
 
 
244 aa  118  9e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 
292 aa  119  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
276 aa  118  1e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 
277 aa  118  1e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 
277 aa  118  1e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 
308 aa  118  1e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  36.97 
 
 
295 aa  117  2e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  35.77 
 
 
282 aa  117  2e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  30.4 
 
 
277 aa  117  2e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
278 aa  117  2e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 
285 aa  117  3e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
278 aa  116  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  32.3 
 
 
295 aa  116  5e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  27.6 
 
 
271 aa  115  7e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  29.86 
 
 
289 aa  115  8e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  36.92 
 
 
269 aa  115  9e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  31.67 
 
 
295 aa  115  1e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>