191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0032 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0032  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  100 
 
 
136 aa  270  6e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195903  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0030  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  91.24 
 
 
137 aa  229  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.480574  normal  0.0218985 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3393  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  88.24 
 
 
136 aa  214  5e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1895  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  87.5 
 
 
136 aa  212  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000285128 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3197  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  86.76 
 
 
136 aa  209  7e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114465  normal  0.694875 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3521  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  86.76 
 
 
136 aa  209  7e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.192776 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2446  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  74.26 
 
 
131 aa  199  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0999  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  72.79 
 
 
129 aa  197  3e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00888073 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3837  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.16 
 
 
129 aa  181  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2967  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.46 
 
 
130 aa  176  1e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.183581  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2637  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.41 
 
 
134 aa  174  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1145  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.41 
 
 
134 aa  174  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0992  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.41 
 
 
134 aa  173  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.310133  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1923  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.08 
 
 
130 aa  172  9.999999999999999e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2607  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.08 
 
 
130 aa  172  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00298684  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2256  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.69 
 
 
130 aa  172  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366535  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4688  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.67 
 
 
130 aa  171  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.195619 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2646  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.29 
 
 
130 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.192683  normal  0.0194181 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0644  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.19 
 
 
133 aa  166  9e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.390309  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2634  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.29 
 
 
130 aa  166  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23682  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0676  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.42 
 
 
135 aa  166  1e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0651  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.41 
 
 
133 aa  165  2e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.517828  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1441  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  62.04 
 
 
132 aa  164  4e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0467  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.66 
 
 
132 aa  164  5e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0571588  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0945  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.97 
 
 
131 aa  163  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2867  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  64.52 
 
 
141 aa  153  9e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.934104  normal  0.0189372 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0513  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.02 
 
 
117 aa  129  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2566  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.2 
 
 
117 aa  128  2.0000000000000002e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00000389838  unclonable  0.0000000322827 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1669  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.56 
 
 
117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0302  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.56 
 
 
117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.445694  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2577  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.56 
 
 
117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611684 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.92 
 
 
118 aa  123  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1401  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  67.05 
 
 
118 aa  122  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0891188 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1602  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.65 
 
 
114 aa  120  9e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.175308 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0141  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.18 
 
 
114 aa  117  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1857  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  69.14 
 
 
138 aa  114  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0490453  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3528  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.26 
 
 
113 aa  114  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.408605  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65.33 
 
 
123 aa  105  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.229817  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1727  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  68.49 
 
 
119 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.121301 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0377  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.23 
 
 
132 aa  101  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.648225  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0530  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  64.86 
 
 
136 aa  98.2  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0110706  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  67.24 
 
 
74 aa  80.5  0.000000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  62.5 
 
 
121 aa  79.3  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2022  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60.29 
 
 
93 aa  75.5  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.7 
 
 
91 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.7 
 
 
91 aa  75.9  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  0.000000920527 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  43.86 
 
 
107 aa  74.7  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.17 
 
 
87 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.19 
 
 
86 aa  70.5  0.000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.19 
 
 
86 aa  70.5  0.000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  63.79 
 
 
86 aa  70.1  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.73 
 
 
123 aa  69.7  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
91 aa  68.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5436  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  54.41 
 
 
80 aa  67  0.00000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.062566 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2237  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1334  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  53.73 
 
 
70 aa  65.5  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0842  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55 
 
 
98 aa  65.1  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3212  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  59.32 
 
 
68 aa  65.1  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000144072  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0796  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  35.71 
 
 
138 aa  65.5  0.0000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2326  RNA polymerase, omega subunit  55.93 
 
 
69 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968364  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.64 
 
 
88 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.64 
 
 
88 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4385  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  52.24 
 
 
74 aa  65.1  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3584  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  64.7  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0312351  normal  0.0631648 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  58.73 
 
 
95 aa  64.7  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0280  RNA polymerase, omega subunit  40.79 
 
 
138 aa  64.3  0.0000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0810  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  61.82 
 
 
69 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000980407  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  54.55 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  54.55 
 
 
67 aa  64.3  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.67 
 
 
87 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3259  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55 
 
 
99 aa  63.9  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.546002  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.67 
 
 
87 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  52.31 
 
 
87 aa  63.9  0.0000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1051  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.63 
 
 
68 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000307419 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.67 
 
 
87 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.22 
 
 
86 aa  63.9  0.0000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.67 
 
 
87 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  47.89 
 
 
107 aa  63.5  0.0000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0948  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00563385  hitchhiker  0.00000123174 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0863  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.69189  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3148  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.31 
 
 
67 aa  63.5  0.0000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2400  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  51.52 
 
 
70 aa  63.5  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0782645  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.82 
 
 
87 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0408  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  63.64 
 
 
97 aa  63.2  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.103072  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0755  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.46 
 
 
111 aa  63.2  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1779  DNA-directed RNA polymerase omega chain  63.64 
 
 
97 aa  63.2  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00826217  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4219  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  62.8  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2027  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.69 
 
 
67 aa  62  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.269259  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4330  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311338  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0730  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.240261 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2716  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.23 
 
 
67 aa  62.4  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0872  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2095  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3048  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.377963  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378919  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2649  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.670297  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2948  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3014  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.77 
 
 
67 aa  62  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>