286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0003 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  93.19 
 
 
382 aa  690    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
382 aa  733    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  78.88 
 
 
384 aa  567  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  77.96 
 
 
385 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  77.39 
 
 
385 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  78.53 
 
 
384 aa  553  1e-156  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  55.88 
 
 
379 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  58.56 
 
 
398 aa  373  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  55.08 
 
 
378 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  55.35 
 
 
378 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  53.87 
 
 
378 aa  363  4e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  54.01 
 
 
385 aa  360  3e-98  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  54.67 
 
 
379 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  51.06 
 
 
391 aa  354  2e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  56.64 
 
 
403 aa  348  6e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  50.27 
 
 
374 aa  348  8e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  50.27 
 
 
374 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  57.89 
 
 
378 aa  343  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  51.34 
 
 
374 aa  342  1e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  55.2 
 
 
379 aa  338  9e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  50.92 
 
 
409 aa  327  2.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  52.96 
 
 
412 aa  319  3.9999999999999996e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  47.62 
 
 
384 aa  303  4.0000000000000003e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  48.41 
 
 
387 aa  301  1e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  47.62 
 
 
384 aa  301  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  44.77 
 
 
378 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  50.28 
 
 
356 aa  259  4e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  49.19 
 
 
357 aa  259  4e-68  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  45.81 
 
 
375 aa  241  2e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  42.39 
 
 
375 aa  241  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  43.33 
 
 
357 aa  238  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  43.13 
 
 
368 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  43.13 
 
 
363 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  43.09 
 
 
363 aa  230  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  40.98 
 
 
361 aa  227  3e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  45.96 
 
 
369 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  41.71 
 
 
358 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.98 
 
 
384 aa  216  7e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  41.44 
 
 
392 aa  201  1.9999999999999998e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  41.29 
 
 
373 aa  190  4e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  41.48 
 
 
379 aa  187  2e-46  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  27.35 
 
 
372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  29.48 
 
 
372 aa  164  3e-39  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  26.55 
 
 
365 aa  157  3e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.09 
 
 
370 aa  137  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  29.23 
 
 
349 aa  135  9.999999999999999e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  25 
 
 
386 aa  122  7e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.47 
 
 
372 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0003  recombination protein F  29.22 
 
 
361 aa  117  3.9999999999999997e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0385213  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  28.95 
 
 
361 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.96 
 
 
372 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.08 
 
 
376 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  26.65 
 
 
369 aa  112  8.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  27.04 
 
 
365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.52 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.42 
 
 
373 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.346024  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  27.87 
 
 
358 aa  111  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.89 
 
 
364 aa  111  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  27.61 
 
 
361 aa  110  6e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  26.39 
 
 
364 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  27.61 
 
 
361 aa  109  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  28.61 
 
 
368 aa  108  1e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.14 
 
 
369 aa  107  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  29.13 
 
 
360 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  28.77 
 
 
360 aa  106  9e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  28.77 
 
 
360 aa  105  9e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  24.23 
 
 
371 aa  105  1e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  29.17 
 
 
360 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  29.17 
 
 
360 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  29.13 
 
 
360 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  28.37 
 
 
360 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  26.61 
 
 
360 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03583  recombination protein F  28.57 
 
 
357 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.517201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.57 
 
 
357 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.877523  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0003  recombination protein F  28.57 
 
 
357 aa  105  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0566679  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  27.45 
 
 
360 aa  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0003  recombination protein F  28.09 
 
 
367 aa  105  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.801088  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4065  recombination protein F  28.57 
 
 
357 aa  105  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0837895  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03527  hypothetical protein  28.57 
 
 
357 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.367538  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  27.17 
 
 
360 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  27.75 
 
 
367 aa  105  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3913  recombination protein F  28.57 
 
 
357 aa  105  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00221081  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5128  recombination protein F  28.57 
 
 
357 aa  105  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.010515  normal  0.212432 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4210  recombination protein F  28.57 
 
 
357 aa  105  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000837842  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4225  recombination protein F  28.57 
 
 
357 aa  105  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.164466  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  26.48 
 
 
360 aa  104  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  30.94 
 
 
398 aa  102  9e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.81 
 
 
367 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  28.09 
 
 
360 aa  102  1e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  27.5 
 
 
357 aa  102  1e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  27.69 
 
 
361 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4228  recombination protein F  28 
 
 
357 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  25.6 
 
 
359 aa  102  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4064  recombination protein F  28 
 
 
357 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.146428  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4048  recombination protein F  28.29 
 
 
357 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.331316  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  24.5 
 
 
366 aa  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  28.72 
 
 
369 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  26.97 
 
 
357 aa  100  3e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  28.57 
 
 
369 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0003  recombination protein F  26.63 
 
 
357 aa  100  6e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000748335  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>