194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_4385 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_4385  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  100 
 
 
74 aa  150  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02820  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.59 
 
 
87 aa  98.2  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6113  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.53 
 
 
88 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33063  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70450  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.53 
 
 
88 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4389  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70.15 
 
 
87 aa  94.7  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.100298 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5550  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.18 
 
 
87 aa  92  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.374891 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0172  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.33 
 
 
87 aa  92  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.840834  hitchhiker  0.0041623 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5301  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.33 
 
 
87 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337181  normal  0.206293 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5349  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.33 
 
 
87 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.402844 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  73.33 
 
 
87 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.715758  normal  0.333342 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3234  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  56.79 
 
 
83 aa  90.9  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.665488  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0074  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  71.67 
 
 
87 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  70 
 
 
87 aa  88.2  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1991  RNA polymerase omega subunit  66.67 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1986  RNA polymerase omega subunit  66.67 
 
 
67 aa  85.5  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2443  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.46 
 
 
107 aa  84.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604938  normal  0.307716 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4868  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.42 
 
 
91 aa  84.7  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00471726 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0211  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.87 
 
 
90 aa  84.3  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0044  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.42 
 
 
91 aa  84  7e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0635  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  75 
 
 
70 aa  84  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4493  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.42 
 
 
91 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4210  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.42 
 
 
91 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1724  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.81 
 
 
86 aa  82.4  0.000000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.624474 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2004  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60.81 
 
 
86 aa  82.4  0.000000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.159154 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4177  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.54 
 
 
91 aa  82.8  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00539722  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0040  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.54 
 
 
91 aa  82.8  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3949  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
91 aa  82  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001863  DNA-directed RNA polymerase omega subunit  61.54 
 
 
90 aa  82  0.000000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4146  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
91 aa  81.6  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03506  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0056  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3958  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3860  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3984  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3949  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00500871 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03458  hypothetical protein  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0062  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000204868 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4152  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4100  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4128  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4067  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.912387  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4021  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
91 aa  80.5  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2281  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  60 
 
 
90 aa  80.1  0.000000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3696  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  66.67 
 
 
90 aa  79.3  0.00000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.229461 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0576  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  59.46 
 
 
86 aa  79.7  0.00000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.064194  normal  0.105379 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2022  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  59.7 
 
 
93 aa  79.3  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2002  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  59.15 
 
 
91 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0090  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  58.46 
 
 
91 aa  79.3  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4972  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  65 
 
 
95 aa  78.2  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1213  RNA polymerase, omega subunit  61.54 
 
 
86 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.492791  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2143  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  65 
 
 
74 aa  77.4  0.00000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00154  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.06 
 
 
90 aa  76.6  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0430538  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0755  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.97 
 
 
111 aa  75.9  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0842  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  63.64 
 
 
98 aa  75.9  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0718  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.14 
 
 
91 aa  75.5  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.485199  hitchhiker  0.000000920527 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0564  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  57.14 
 
 
91 aa  75.5  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0970  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  66.13 
 
 
123 aa  75.9  0.0000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.528161  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3186  RNA polymerase, omega subunit  57.58 
 
 
87 aa  75.1  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3624  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  59.42 
 
 
91 aa  75.1  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0252  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60.94 
 
 
121 aa  74.3  0.0000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00381696  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0265  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.72 
 
 
92 aa  73.9  0.0000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0362  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
92 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000590702 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
92 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0359  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
92 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4582  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
94 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  unclonable  0.000000022392 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3614  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
92 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0329  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
92 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.389208  normal  0.301135 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0352  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
92 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3811  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
92 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.370537  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0354  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
92 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.345047  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3631  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  52.17 
 
 
92 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0529446  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0111  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  50.77 
 
 
65 aa  71.6  0.000000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.849529  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0348  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.92 
 
 
90 aa  72  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3434  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.72 
 
 
92 aa  71.2  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.684285  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3498  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.72 
 
 
93 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0335  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.72 
 
 
94 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.383189 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3878  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.72 
 
 
94 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0034  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  53.03 
 
 
107 aa  69.3  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1779  DNA-directed RNA polymerase omega chain  63.64 
 
 
97 aa  69.3  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00826217  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3259  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  61.19 
 
 
99 aa  69.3  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.546002  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0408  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  63.64 
 
 
97 aa  69.3  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.103072  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1441  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.12 
 
 
132 aa  68.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3393  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.72 
 
 
136 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3521  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.72 
 
 
136 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.18853  normal  0.192776 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3197  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  56.72 
 
 
136 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.114465  normal  0.694875 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1895  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  55.22 
 
 
136 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000285128 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0467  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.12 
 
 
132 aa  67.4  0.00000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0571588  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0051  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50.82 
 
 
68 aa  67  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0139624  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1923  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  49.25 
 
 
130 aa  66.6  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.457786 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1669  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
117 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0302  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
117 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.445694  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3161  DNA-directed RNA polymerase, omega subunit  60 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000980407  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4688  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.76 
 
 
130 aa  66.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.195619 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2634  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.76 
 
 
130 aa  65.5  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.23682  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2256  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  50 
 
 
130 aa  65.9  0.0000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.366535  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1602  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  53.12 
 
 
114 aa  65.5  0.0000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.175308 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0364  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  47.83 
 
 
92 aa  65.5  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3837  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  51.56 
 
 
129 aa  65.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2577  DNA-directed RNA polymerase subunit omega  54.69 
 
 
117 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00611684 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>