More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_3919 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  100 
 
 
289 aa  590  1e-167  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0293  shikimate dehydrogenase  45.63 
 
 
288 aa  233  2e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03020  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 
284 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201937 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4753  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 
285 aa  156  5e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.236468  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0329  shikimate 5-dehydrogenase  38.64 
 
 
278 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2406  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 
282 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  37.08 
 
 
284 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2040  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 
282 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.842464 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  37.4 
 
 
293 aa  153  3e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1912  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 
282 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.820542  normal  0.253219 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  35.5 
 
 
296 aa  152  8e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2348  shikimate 5-dehydrogenase, putative  37.74 
 
 
284 aa  151  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43472  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3289  shikimate 5-dehydrogenase  37.08 
 
 
282 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.618073 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5454  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 
289 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.558316  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4903  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 
284 aa  148  9e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4664  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 
284 aa  147  2e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.589898  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  33.45 
 
 
298 aa  144  2e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4569  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 
304 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.988976  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5303  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 
284 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4965  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 
284 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0261415 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3064  shikimate 5-dehydrogenase  35.42 
 
 
284 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38080  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 
284 aa  137  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.797056  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2057  shikimate 5-dehydrogenase  35.98 
 
 
284 aa  134  1e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 
277 aa  134  2e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0118  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
291 aa  134  2e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.758312  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  32.58 
 
 
277 aa  133  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3856  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 
293 aa  133  3e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1754  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 
284 aa  133  4e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.198827  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0893  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 
284 aa  133  4e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.171328  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2208  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 
284 aa  133  4e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4080  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
293 aa  132  6e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0580  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 
284 aa  132  7e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5192  shikimate 5-dehydrogenase  35.78 
 
 
284 aa  132  8e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.746305 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0850  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 
284 aa  131  1e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0483  shikimate 5-dehydrogenase  35.15 
 
 
284 aa  131  1e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  31.94 
 
 
277 aa  131  1e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1897  shikimate 5-dehydrogenase  35.15 
 
 
284 aa  131  1e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5698  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 
299 aa  130  2e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.341043  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 
277 aa  130  2e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  32.06 
 
 
277 aa  130  3e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  4.96147e-05 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 
308 aa  129  4e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0345  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 
284 aa  130  4e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.916967  normal  0.720007 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3465  shikimate 5-dehydrogenase  32.46 
 
 
286 aa  129  5e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.259749  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 
277 aa  129  5e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3420  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 
289 aa  129  6e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0516943  normal  0.167185 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 
277 aa  129  6e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  32.32 
 
 
277 aa  129  6e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 
277 aa  127  1e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.37 
 
 
294 aa  126  4e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4426  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 
289 aa  125  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  30.65 
 
 
277 aa  125  8e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.34489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 
276 aa  125  9e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  33.21 
 
 
301 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 
279 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 
279 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0884  shikimate 5-dehydrogenase  35.11 
 
 
296 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2374  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 
289 aa  122  6e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 
279 aa  122  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  31.2 
 
 
277 aa  120  2e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 
286 aa  120  2e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5913  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
304 aa  119  4e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.705052  decreased coverage  0.00175054 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  29.28 
 
 
288 aa  119  5e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 
289 aa  119  8e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  29.28 
 
 
273 aa  119  8e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  30.07 
 
 
282 aa  118  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  31.48 
 
 
286 aa  118  9e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 
278 aa  118  1e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 
284 aa  117  2e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  32.1 
 
 
271 aa  117  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  29.37 
 
 
284 aa  116  5e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  31.34 
 
 
286 aa  116  5e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  29.26 
 
 
289 aa  115  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 
286 aa  115  7e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2247  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  33.21 
 
 
292 aa  115  8e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.261853  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 
280 aa  114  2e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 
271 aa  114  2e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  29.47 
 
 
290 aa  113  3e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  28.57 
 
 
279 aa  113  4e-24  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  27.84 
 
 
268 aa  112  7e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  27.84 
 
 
268 aa  112  7e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.83 
 
 
289 aa  110  2e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  31.32 
 
 
276 aa  110  2e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  31.84 
 
 
280 aa  110  2e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1398  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 
315 aa  111  2e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000150041  normal  0.643629 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 
276 aa  111  2e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5094  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain-containing protein  33.1 
 
 
310 aa  109  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  27.76 
 
 
269 aa  109  6e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0119  shikimate 5-dehydrogenase  31 
 
 
294 aa  108  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.181103  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 
285 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 
273 aa  107  2e-22  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 
271 aa  107  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 
278 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  28.31 
 
 
289 aa  106  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.9 
 
 
290 aa  106  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 
261 aa  106  5e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  29.1 
 
 
280 aa  106  5e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  32.12 
 
 
526 aa  105  7e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  30.39 
 
 
262 aa  104  1e-21  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  32 
 
 
288 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 
278 aa  104  2e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.06753 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>