More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_3498 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
298 aa  615  1e-175  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
289 aa  238  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
289 aa  231  1e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 
322 aa  230  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 
292 aa  229  3e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  38.44 
 
 
289 aa  229  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 
289 aa  227  2e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  37.97 
 
 
305 aa  226  4e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.91 
 
 
298 aa  224  9e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  38.57 
 
 
289 aa  225  9e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.32431e-05 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.24 
 
 
299 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 
293 aa  222  7e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
299 aa  222  7e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
292 aa  222  7e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
292 aa  221  9e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 
292 aa  221  2e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 
292 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 
292 aa  219  3e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  38.6 
 
 
293 aa  219  4e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 
293 aa  218  7e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 
301 aa  218  1e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 
291 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
288 aa  217  2e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
296 aa  216  3e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  38.78 
 
 
290 aa  216  3e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 
293 aa  216  4e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 
295 aa  214  1e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 
288 aa  214  1e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
298 aa  214  2e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 
303 aa  214  2e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
298 aa  213  3e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
303 aa  213  3e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 
304 aa  213  3e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
305 aa  213  4e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
303 aa  213  4e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  34.92 
 
 
290 aa  211  9e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.59 
 
 
307 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 
335 aa  211  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
303 aa  210  2e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2792  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.71 
 
 
295 aa  209  3e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2774  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
298 aa  210  3e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00446959 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 
306 aa  209  4e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 
298 aa  209  4e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.84 
 
 
289 aa  209  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
298 aa  209  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  36.05 
 
 
289 aa  209  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
289 aa  209  4e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
298 aa  209  6e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  2.6158e-05 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
300 aa  208  7e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
298 aa  208  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4162  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
298 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.265512  normal  0.711373 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
298 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 
302 aa  206  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
296 aa  206  5e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  34.24 
 
 
302 aa  205  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
299 aa  205  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
304 aa  205  8e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
322 aa  205  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
310 aa  205  8e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  36.52 
 
 
288 aa  204  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
302 aa  204  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
316 aa  204  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 
307 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
298 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  32.89 
 
 
300 aa  204  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 
298 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
299 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  34.23 
 
 
307 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
295 aa  203  3e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
296 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.47 
 
 
301 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.25 
 
 
298 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  3.18758e-05 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
304 aa  203  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  2.12474e-05  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 
295 aa  203  3e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
298 aa  203  3e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
313 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 
295 aa  202  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
294 aa  202  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 
313 aa  202  5e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.15 
 
 
298 aa  202  5e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
294 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  35.03 
 
 
303 aa  202  6e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
301 aa  202  6e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 
298 aa  202  6e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
298 aa  202  8e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.81 
 
 
302 aa  201  1e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.59 
 
 
293 aa  201  1e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 
301 aa  201  1e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 
314 aa  201  1e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 
314 aa  201  1e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
290 aa  201  1e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.34 
 
 
302 aa  201  1e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
304 aa  201  2e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 
355 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
297 aa  200  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  34.12 
 
 
302 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 
309 aa  200  3e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0984  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
300 aa  200  3e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 
291 aa  199  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
313 aa  199  5e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>