More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_0070 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
296 aa  608  1e-173  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  58.78 
 
 
283 aa  342  5e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7015  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  57.19 
 
 
290 aa  300  2e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  55.83 
 
 
285 aa  299  4e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0104  shikimate 5-dehydrogenase  56.93 
 
 
284 aa  297  2e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.790482 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3896  shikimate 5-dehydrogenase  53.41 
 
 
272 aa  264  1e-69  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.00579021  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  37.99 
 
 
278 aa  205  8e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  40.58 
 
 
291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  40.21 
 
 
288 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  38.75 
 
 
277 aa  191  1e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 
277 aa  187  2e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  38.95 
 
 
279 aa  187  2e-46  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 
277 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 
277 aa  186  3e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 
277 aa  186  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 
308 aa  186  3e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 
277 aa  186  4e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  37.99 
 
 
277 aa  186  4e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 
277 aa  186  5e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 
277 aa  183  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  36.75 
 
 
280 aa  182  7e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  37.99 
 
 
277 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 
289 aa  177  2e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 
280 aa  177  2e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  34.19 
 
 
283 aa  175  9.999999999999999e-43  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.79 
 
 
277 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 
286 aa  171  2e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.68 
 
 
290 aa  170  3e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  35.97 
 
 
276 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.71 
 
 
284 aa  169  8e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  37.55 
 
 
298 aa  168  8e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.14 
 
 
280 aa  168  1e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 
286 aa  166  5e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 
286 aa  165  8e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  34.3 
 
 
284 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  35.13 
 
 
279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  36.75 
 
 
297 aa  163  3e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  31.84 
 
 
294 aa  163  3e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  37.91 
 
 
283 aa  161  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 
276 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  38.64 
 
 
295 aa  159  6e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  33.81 
 
 
289 aa  157  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 
273 aa  154  2e-36  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.49 
 
 
288 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.63 
 
 
289 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.13 
 
 
288 aa  152  8e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.13 
 
 
288 aa  152  8e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.13 
 
 
288 aa  152  8e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.13 
 
 
288 aa  152  8e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.13 
 
 
288 aa  152  8e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.13 
 
 
288 aa  152  8e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.13 
 
 
288 aa  152  8e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.13 
 
 
288 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 
289 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 
285 aa  151  1e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.5 
 
 
288 aa  149  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.54 
 
 
290 aa  149  5e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  33.96 
 
 
275 aa  148  9e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  36.96 
 
 
297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 
290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 
298 aa  147  3e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 
286 aa  147  3e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
288 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 
279 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 
279 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  34.75 
 
 
286 aa  143  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  33.21 
 
 
274 aa  142  5e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  39.43 
 
 
269 aa  142  5e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
279 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 
288 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 
288 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  34.16 
 
 
289 aa  142  8e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 
288 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 
288 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  33.57 
 
 
288 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  36.04 
 
 
286 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1680  shikimate 5-dehydrogenase  32.07 
 
 
292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00934148  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 
292 aa  139  7e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  31.52 
 
 
283 aa  139  7e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  33.74 
 
 
284 aa  139  7.999999999999999e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  36.5 
 
 
289 aa  138  8.999999999999999e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 
289 aa  137  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.97 
 
 
311 aa  135  8e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  32.03 
 
 
288 aa  135  8e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 
283 aa  135  9e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.05 
 
 
286 aa  134  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  31.88 
 
 
279 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 
284 aa  135  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  38.55 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.71 
 
 
298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 
268 aa  134  1.9999999999999998e-30  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  33.93 
 
 
293 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  34.26 
 
 
292 aa  134  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.08 
 
 
269 aa  133  5e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 
280 aa  132  5e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  35.62 
 
 
286 aa  132  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  29.73 
 
 
301 aa  132  6.999999999999999e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>