More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmwyl1_0062 on replicon NC_009654
Organism: Marinomonas sp. MWYL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 266 aa  555  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  61.03 
 
 		 274 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  59.56 
 
 		 274 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  59.19 
 
 		 274 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  58.82 
 
 		 274 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  56.62 
 
 		 274 aa  294  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  57.35 
 
 		 273 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  56.62 
 
 		 274 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  56.62 
 
 		 270 aa  288  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  55.15 
 
 		 274 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  53.53 
 
 		 270 aa  282  4.0000000000000003e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  55.19 
 
 		 274 aa  281  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  54.78 
 
 		 273 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  51.67 
 
 		 271 aa  280  1e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  50.54 
 
 		 292 aa  280  1e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  50.54 
 
 		 292 aa  277  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  51.48 
 
 		 275 aa  276  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  52.17 
 
 		 282 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 292 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  53.33 
 
 		 275 aa  273  3e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  51.52 
 
 		 265 aa  271  6e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 287 aa  271  8.000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  51.45 
 
 		 282 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 282 aa  270  1e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  52.03 
 
 		 277 aa  270  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  51.64 
 
 		 290 aa  269  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 282 aa  268  5e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2575  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  48.71 
 
 		 282 aa  267  2e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.303834  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  51.09 
 
 		 282 aa  267  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 277 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2723  shikimate 5-dehydrogenase  48.68 
 
 		 265 aa  263  3e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  49.1 
 
 		 305 aa  262  4.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  49.1 
 
 		 305 aa  261  6e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  50.55 
 
 		 277 aa  261  6.999999999999999e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  50.74 
 
 		 279 aa  261  8e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  51.28 
 
 		 287 aa  261  8e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  52.22 
 
 		 273 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  47.84 
 
 		 306 aa  261  1e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  49.08 
 
 		 278 aa  260  2e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2854  shikimate 5-dehydrogenase  48.68 
 
 		 265 aa  259  3e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  51.47 
 
 		 287 aa  259  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  53.14 
 
 		 274 aa  258  5.0000000000000005e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 272 aa  256  2e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  50.37 
 
 		 277 aa  256  2e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  48.52 
 
 		 271 aa  254  8e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  47.78 
 
 		 273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  52.47 
 
 		 290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  51.89 
 
 		 292 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  50.56 
 
 		 288 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 288 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 288 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  51.52 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  51.52 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  51.52 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  51.52 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  51.52 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  51.52 
 
 		 292 aa  251  1e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  48.19 
 
 		 282 aa  250  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 271 aa  249  2e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  52.38 
 
 		 277 aa  250  2e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  47.6 
 
 		 277 aa  249  5e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0052  shikimate dehydrogenase  52.4 
 
 		 278 aa  248  7e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0642399  normal  0.0742475 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 288 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 288 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  49.44 
 
 		 288 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 288 aa  245  6e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0026  shikimate dehydrogenase  48.91 
 
 		 278 aa  244  9e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  50 
 
 		 270 aa  244  9e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  49.63 
 
 		 304 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  47.96 
 
 		 273 aa  241  7.999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  48.12 
 
 		 272 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  48.12 
 
 		 272 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  47.43 
 
 		 272 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  47.43 
 
 		 272 aa  233  3e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  47.43 
 
 		 272 aa  233  3e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  47.43 
 
 		 272 aa  233  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  47.43 
 
 		 272 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  46.86 
 
 		 286 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  46.52 
 
 		 282 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  46.52 
 
 		 272 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1054  shikimate 5-dehydrogenase  51.7 
 
 		 270 aa  230  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.456181  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  47.43 
 
 		 272 aa  230  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  47.06 
 
 		 272 aa  229  3e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  47.1 
 
 		 272 aa  226  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  47.06 
 
 		 272 aa  226  2e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0135  shikimate 5-dehydrogenase  43.38 
 
 		 272 aa  225  5.0000000000000005e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  48.13 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3054  shikimate 5-dehydrogenase  45.36 
 
 		 302 aa  223  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0321  shikimate 5-dehydrogenase  46.89 
 
 		 273 aa  222  4.9999999999999996e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000166732  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3877  shikimate 5-dehydrogenase  46.89 
 
 		 273 aa  222  4.9999999999999996e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000561624  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0622  shikimate 5-dehydrogenase  46.89 
 
 		 273 aa  222  4.9999999999999996e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000482333  normal  0.0381897 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2191  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 272 aa  222  4.9999999999999996e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  46.82 
 
 		 301 aa  221  7e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0361  shikimate 5-dehydrogenase  45.35 
 
 		 275 aa  221  8e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0156033  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2855  shikimate 5-dehydrogenase  47.31 
 
 		 294 aa  220  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.39713  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3705  shikimate 5-dehydrogenase  46.89 
 
 		 272 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000798071  normal  0.028022 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3963  shikimate 5-dehydrogenase  46.47 
 
 		 275 aa  221  9.999999999999999e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0106492  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3784  shikimate 5-dehydrogenase  46.67 
 
 		 275 aa  219  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3670  shikimate 5-dehydrogenase  46.89 
 
 		 273 aa  219  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0245991  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>