196 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmcs_R0003 on replicon NC_008146
Organism: Mycobacterium sp. MCS



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  165  2.0000000000000002e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.589576  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.123748  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.012184 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.98053 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0002  tRNA-Leu  100 
 
 		 83 bp  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.867688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14003  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  165  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0003  tRNA-Leu  100 
 
 		 86 bp  165  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00250  tRNA-Leu  95.77 
 
 		 83 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.427381  normal  0.701235 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0003  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 83 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0003  tRNA-Leu  89.74 
 
 		 83 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00190656 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0004  tRNA-Leu  91.3 
 
 		 83 bp  89.7  9e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.889028 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00820  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0503548  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0003  tRNA-Leu  97.83 
 
 		 83 bp  83.8  0.000000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0069  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 83 bp  77.8  0.0000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.649401 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0025  tRNA-Leu  89.04 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.873101  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0003  tRNA-Leu  86.75 
 
 		 86 bp  77.8  0.0000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.207592  hitchhiker  0.00400711 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00069  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000211563  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00084  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00086  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0554728  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0079  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0203589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0081  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0210398  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0105  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.72191e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4911  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000387587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4874  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000096251  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4909  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000511296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4159  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000704733  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5882  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.119438  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4321  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000341532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5232  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000856484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4967  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000670615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5234  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000900844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4144  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000390676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21100  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 83 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.570038  normal  0.190308 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21120  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 83 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.387136  normal  0.20293 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4961  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000179002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4262  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000100431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4876  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000008654  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4213  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000788892  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4712  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.855369999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4727  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238011  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4729  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000255517  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5089  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000441658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5113  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000164855  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5115  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000149408  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4969  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000625029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4808  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000052486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4963  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000169309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0094  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0443375  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0096  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0439108  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0122  tRNA-Leu  90 
 
 		 87 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000057209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4163  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000225021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4915  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000252066  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4917  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000963852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4161  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000230562  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4956  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.62786e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4958  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4806  tRNA-Leu  90 
 
 		 89 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000584186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13650  tRNA-Leu  90.28 
 
 		 87 bp  73.8  0.000000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00181798  normal  0.743101 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0027  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0030  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0031  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00794076  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0033  tRNA-Leu  89.55 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000241168  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17070  tRNA-Leu  87.84 
 
 		 88 bp  69.9  0.00000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.779723 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0003  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0030  tRNA-Leu  89.04 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0016  tRNA-Leu  88.73 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00811405  normal  0.0178437 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0026  tRNA-Leu  89.87 
 
 		 82 bp  69.9  0.00000000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0003  tRNA-Leu  85.54 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.48253  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00085  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0537561  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0080  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.02179  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0033  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.34016  normal  0.730319 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0032  tRNA-Leu  89.39 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000644155  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4875  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000898834  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0034  tRNA-Leu  87.14 
 
 		 83 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4962  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000175711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4807  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000360062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0028  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.380759  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0017  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00783085  normal  0.0179625 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0018  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0174601  normal  0.0183324 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4910  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00037453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4728  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000212107  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5114  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000153961  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4968  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000650666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0095  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0436868  hitchhiker  0.00012272 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4916  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000645766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4957  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  3.4843e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14022  tRNA-Leu  86.67 
 
 		 89 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0036  tRNA-Leu  86.96 
 
 		 83 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000019352  hitchhiker  0.000141748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0028  tRNA-Leu  86.59 
 
 		 86 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.639598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0031  tRNA-Leu  87.67 
 
 		 84 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0989322 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0068  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1764  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000024558  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4201  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.21132e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0022  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.964381  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0067  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0527  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 89 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000711336  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0023  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0010  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 86 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000415832  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0044  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0171508  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>