More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmcs_4916 on replicon NC_008146
Organism: Mycobacterium sp. MCS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 353 aa  716    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 353 aa  716    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  99.68 
 
 		 311 aa  630  1e-179  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  86.32 
 
 		 359 aa  620  1e-176  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  85.1 
 
 		 351 aa  610  1e-173  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  61.32 
 
 		 346 aa  426  1e-118  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  57.85 
 
 		 342 aa  382  1e-105  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  54.82 
 
 		 354 aa  372  1e-102  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  54.62 
 
 		 359 aa  373  1e-102  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  55.4 
 
 		 353 aa  366  1e-100  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  52.94 
 
 		 369 aa  357  1.9999999999999998e-97  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  53.02 
 
 		 366 aa  355  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  53.74 
 
 		 353 aa  353  2e-96  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  53.46 
 
 		 353 aa  352  5.9999999999999994e-96  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  52.43 
 
 		 363 aa  352  5.9999999999999994e-96  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  53.46 
 
 		 353 aa  352  5.9999999999999994e-96  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  52.32 
 
 		 360 aa  349  4e-95  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  50.55 
 
 		 358 aa  342  5e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  52.35 
 
 		 369 aa  341  1e-92  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  51.1 
 
 		 357 aa  341  1e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  50.97 
 
 		 369 aa  334  1e-90  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  49.16 
 
 		 360 aa  328  7e-89  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  52.11 
 
 		 346 aa  327  1.0000000000000001e-88  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  51.4 
 
 		 348 aa  325  6e-88  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  53.61 
 
 		 352 aa  325  1e-87  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  49.86 
 
 		 365 aa  319  5e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  50.67 
 
 		 366 aa  316  3e-85  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  50.27 
 
 		 371 aa  312  5.999999999999999e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  50.97 
 
 		 358 aa  312  6.999999999999999e-84  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  49.45 
 
 		 390 aa  311  1e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  50.67 
 
 		 366 aa  308  1.0000000000000001e-82  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  50.14 
 
 		 361 aa  303  3.0000000000000004e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  48.77 
 
 		 358 aa  293  3e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  43.41 
 
 		 408 aa  286  2.9999999999999996e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  47.55 
 
 		 374 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  45.22 
 
 		 355 aa  266  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  45.65 
 
 		 365 aa  255  8e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  41.11 
 
 		 374 aa  255  9e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  43.41 
 
 		 339 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  44.28 
 
 		 341 aa  249  4e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  44.89 
 
 		 337 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  43.32 
 
 		 314 aa  237  3e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  42.49 
 
 		 345 aa  236  6e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  43.84 
 
 		 350 aa  235  8e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  41.49 
 
 		 341 aa  226  6e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  42.26 
 
 		 341 aa  207  3e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  42.12 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  41.82 
 
 		 341 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  33.03 
 
 		 318 aa  142  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  30.72 
 
 		 344 aa  139  7e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  33.03 
 
 		 608 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  33.13 
 
 		 337 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  30.79 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  34.71 
 
 		 847 aa  130  3e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  32.52 
 
 		 320 aa  123  5e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.77 
 
 		 436 aa  123  5e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.32 
 
 		 495 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  34.45 
 
 		 321 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  36.1 
 
 		 816 aa  116  5e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  33.01 
 
 		 337 aa  114  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  33.53 
 
 		 477 aa  114  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.43 
 
 		 858 aa  112  9e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  32 
 
 		 759 aa  108  2e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  31.29 
 
 		 864 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  27.91 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.23 
 
 		 582 aa  103  3e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  29.73 
 
 		 758 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  29.73 
 
 		 758 aa  102  9e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  29.2 
 
 		 758 aa  101  2e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  28.16 
 
 		 902 aa  99.8  6e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  31.14 
 
 		 828 aa  99.4  9e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  30.33 
 
 		 766 aa  98.6  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  31.74 
 
 		 852 aa  98.6  2e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  33.97 
 
 		 815 aa  96.7  5e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  31.47 
 
 		 513 aa  97.1  5e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4532  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.95 
 
 		 797 aa  96.7  6e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.684574  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  31.95 
 
 		 358 aa  95.1  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  28.45 
 
 		 763 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  31.41 
 
 		 513 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  30.37 
 
 		 833 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  28.23 
 
 		 901 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  26.75 
 
 		 871 aa  91.3  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  28.66 
 
 		 877 aa  90.9  3e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  30.42 
 
 		 831 aa  90.9  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  30.91 
 
 		 845 aa  90.9  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  30.21 
 
 		 867 aa  90.5  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  31.31 
 
 		 863 aa  89.7  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  31.02 
 
 		 376 aa  88.6  1e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  29.75 
 
 		 833 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  28.41 
 
 		 822 aa  89.4  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  30.77 
 
 		 513 aa  88.6  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0138  ATP dependent DNA ligase  26.81 
 
 		 327 aa  87.8  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.465735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  28.88 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  27.95 
 
 		 813 aa  87  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  29.94 
 
 		 832 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  27.57 
 
 		 309 aa  86.7  6e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.21 
 
 		 311 aa  86.3  8e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5298  hypothetical protein  100 
 
 		 59 aa  85.5  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.148687  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  27.03 
 
 		 872 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  30.1 
 
 		 825 aa  85.1  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>