296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_R0031 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0034  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 91 bp  125  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0006  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.22052e-25 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0047  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.018693  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0006  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0016  tRNA-Ser  87.91 
 
 		 91 bp  93.7  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0056  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0607701  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0002  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 91 bp  85.7  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00130042  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0055  tRNA-Ser  89.87 
 
 		 89 bp  85.7  0.000000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 88 bp  81.8  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0001  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.174874  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0055  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0814069  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0054  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.144676  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0001  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0055  tRNA-Ser  86.81 
 
 		 90 bp  77.8  0.0000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.223526  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0029  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.287395  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0021  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 91 bp  77.8  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0717904 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0017  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 92 bp  75.8  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000565076  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0025  tRNA-Ser  87.1 
 
 		 93 bp  73.8  0.000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.325911  normal  0.0387574 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0006  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 88 bp  73.8  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0005  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 94 bp  71.9  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0203622  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0053  tRNA-Ser  85.71 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.256753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0027  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.796709  normal  0.0348643 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0046  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0776  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0954361  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1916  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0671  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 91 bp  69.9  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00022  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.183053  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00024  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0051  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000257936  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0053  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297179  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1199  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.754865 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1015  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1049  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0942593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0066  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.355843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5027  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5025  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000128113  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4662  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0024856  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1045  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00618881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1229  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1064  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2238  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1410  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.183111 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2101  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.995337 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2774  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.12292  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0955  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.220816  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4664  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.016683  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2240  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.247872 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2776  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00819778  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0983  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.55277  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2057  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.411321  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0064  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.138222 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1244  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.423353 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1009  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0033  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0025  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00148437  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt11  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.644598  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna37  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0032  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0009  tRNA-Ser  84.62 
 
 		 88 bp  65.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.39796e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0043  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0613926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0022  tRNA-Ser  85.11 
 
 		 92 bp  65.9  0.000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0040  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.140248 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0034  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.355586  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0067  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0033  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.56325  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0027  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0911  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.531015  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0057  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  65.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0009  tRNA-Ser  87.5 
 
 		 91 bp  63.9  0.000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000326555  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  63.9  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0012  tRNA-Ser  93.18 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.331277  normal  0.288607 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0033  tRNA-Ser  95 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0026  tRNA-Ser  100 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.167759  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0063  tRNA-Ser  84.78 
 
 		 92 bp  63.9  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0062  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0064  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0062  tRNA-Ser  85.06 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.633699 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0062  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0088  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tSer01  tRNA-Ser  97.14 
 
 		 93 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0568907  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0023  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.137885 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0062  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0060  tRNA-Ser  84.81 
 
 		 91 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0134  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.756856  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0002  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.320544  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27190  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 87 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000521392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2302  tRNA-Ser  92.86 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  0.0000177345  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0016  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.266045  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0017  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0006  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0906398  normal  0.0288361 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0030  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  58  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.596087  normal  0.116932 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6042  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.516287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0032  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0042  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  58  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00852582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0025  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.217878  normal  0.142788 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0060  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.943942 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0008  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.289156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0015  tRNA-Ser  91.11 
 
 		 90 bp  58  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>