More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_2968 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 
224 aa  456  1e-127  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  46.95 
 
 
239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  46.48 
 
 
239 aa  165  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  44.25 
 
 
240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  46.98 
 
 
249 aa  162  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  45.25 
 
 
224 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  41.3 
 
 
264 aa  160  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  44.05 
 
 
255 aa  159  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  44.55 
 
 
234 aa  155  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  42.79 
 
 
264 aa  154  7e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  41.85 
 
 
234 aa  149  4e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  43.98 
 
 
228 aa  145  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  42.99 
 
 
228 aa  143  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  39.62 
 
 
227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  35.79 
 
 
292 aa  134  9e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  45.93 
 
 
224 aa  132  3e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  42.72 
 
 
215 aa  127  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.16 
 
 
217 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40 
 
 
330 aa  122  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  37.02 
 
 
250 aa  122  5e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  35.74 
 
 
346 aa  121  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  37.9 
 
 
225 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  39.9 
 
 
324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  34.55 
 
 
330 aa  116  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.79 
 
 
218 aa  116  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.32 
 
 
346 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  34.62 
 
 
227 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.19 
 
 
327 aa  115  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  35.32 
 
 
346 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.34 
 
 
368 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  38.39 
 
 
548 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  31.9 
 
 
293 aa  114  7.999999999999999e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  39.71 
 
 
215 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  37.32 
 
 
222 aa  114  8.999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4330  pseudouridine synthase  41.62 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0697869 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  36.45 
 
 
225 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.09 
 
 
300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.93 
 
 
300 aa  113  3e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.11 
 
 
302 aa  113  3e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  36.1 
 
 
297 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  38.01 
 
 
325 aa  112  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.2 
 
 
215 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.74 
 
 
436 aa  112  5e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  40.2 
 
 
215 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.94 
 
 
307 aa  112  6e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  37.25 
 
 
225 aa  112  6e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  35.68 
 
 
225 aa  112  6e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  36.49 
 
 
225 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  34.4 
 
 
326 aa  111  9e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  34.69 
 
 
350 aa  111  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  37.21 
 
 
225 aa  110  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  37.44 
 
 
217 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  37.07 
 
 
222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.47 
 
 
213 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  32.46 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.76 
 
 
316 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  36.73 
 
 
217 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.28 
 
 
211 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  35.47 
 
 
296 aa  109  3e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.8 
 
 
212 aa  109  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.64 
 
 
326 aa  109  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  40.5 
 
 
233 aa  109  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  35.64 
 
 
295 aa  109  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  35.61 
 
 
297 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  38.22 
 
 
579 aa  109  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  40.5 
 
 
224 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.1 
 
 
219 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  35.12 
 
 
225 aa  108  5e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.64 
 
 
318 aa  108  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  38.1 
 
 
225 aa  108  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  34.77 
 
 
349 aa  108  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.79 
 
 
303 aa  108  7.000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  38.54 
 
 
225 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  37.44 
 
 
217 aa  108  7.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  37.3 
 
 
561 aa  108  8.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  38.54 
 
 
219 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  38.05 
 
 
219 aa  107  1e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  34.63 
 
 
225 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.54 
 
 
219 aa  107  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  34.63 
 
 
225 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.54 
 
 
219 aa  107  1e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  35.87 
 
 
316 aa  107  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  34.63 
 
 
225 aa  107  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.54 
 
 
219 aa  107  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  38.54 
 
 
219 aa  107  1e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  35.32 
 
 
469 aa  107  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  34.67 
 
 
313 aa  107  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  38.54 
 
 
219 aa  107  1e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  37.56 
 
 
330 aa  107  1e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1649  RluA family pseudouridine synthase  29.82 
 
 
297 aa  107  1e-22  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  37.85 
 
 
217 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  35.35 
 
 
218 aa  106  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  36.64 
 
 
331 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  37.56 
 
 
217 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  35.89 
 
 
226 aa  107  2e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  36.92 
 
 
217 aa  106  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  36.92 
 
 
238 aa  107  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  35.32 
 
 
457 aa  106  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0066  pseudouridine synthase  39.91 
 
 
217 aa  106  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.22289  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
329 aa  106  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>