162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_2386 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008576  Mmc1_2386  tRNA 2-selenouridine synthase  100 
 
 		 335 aa  686    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.534473 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4991  tRNA 2-selenouridine synthase  48.66 
 
 		 358 aa  311  6.999999999999999e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0663375  normal  0.0359024 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0278  tRNA 2-selenouridine synthase  48.09 
 
 		 344 aa  297  2e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4284  rhodanese-like protein  48.64 
 
 		 339 aa  285  5.999999999999999e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00812807 
 
 
-
 
NC_002950  PG1887  tRNA 2-selenouridine synthase  49.66 
 
 		 344 aa  280  2e-74  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.739187 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1272  tRNA 2-selenouridine synthase  45.66 
 
 		 347 aa  268  1e-70  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2383  tRNA 2-selenouridine synthase  45.21 
 
 		 346 aa  258  1e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1198  tRNA 2-selenouridine synthase  43.46 
 
 		 347 aa  256  4e-67  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16371  tRNA 2-selenouridine synthase  41.96 
 
 		 366 aa  256  4e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.218284 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07211  tRNA 2-selenouridine synthase  42.07 
 
 		 347 aa  250  3e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.989493  normal  0.414024 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0043  tRNA 2-selenouridine synthase  39.4 
 
 		 346 aa  247  2e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07681  tRNA 2-selenouridine synthase  36.74 
 
 		 350 aa  240  2e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.104212  normal  0.0677332 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09341  tRNA 2-selenouridine synthase  37.99 
 
 		 346 aa  239  4e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09351  tRNA 2-selenouridine synthase  37.39 
 
 		 346 aa  236  6e-61  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0136  tRNA 2-selenouridine synthase  37.17 
 
 		 350 aa  234  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.303131  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0948  tRNA 2-selenouridine synthase  42.72 
 
 		 338 aa  222  7e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0113987  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0875  tRNA 2-selenouridine synthase  35.45 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.303459  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10081  tRNA 2-selenouridine synthase  39.56 
 
 		 350 aa  217  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.741819  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3130  tRNA 2-selenouridine synthase  39.93 
 
 		 358 aa  205  1e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000658834  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1190  tRNA 2-selenouridine synthase  40.88 
 
 		 344 aa  202  5e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000287258  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2384  tRNA 2-selenouridine synthase  39.86 
 
 		 345 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  5.55321e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2244  tRNA 2-selenouridine synthase  40 
 
 		 350 aa  197  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.590434  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1349  tRNA 2-selenouridine synthase  41.02 
 
 		 356 aa  196  7e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.462447  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2715  tRNA 2-selenouridine synthase  38.59 
 
 		 353 aa  194  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370816 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1933  tRNA 2-selenouridine synthase  37.16 
 
 		 375 aa  194  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.806249  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2691  tRNA 2-selenouridine synthase  38.85 
 
 		 346 aa  192  5e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.7307300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0816  rhodanese domain-containing protein  36.86 
 
 		 365 aa  192  5e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.400282  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_14782  predicted protein  39.24 
 
 		 342 aa  192  6e-48  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.597893 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3539  tRNA 2-selenouridine synthase  39.19 
 
 		 349 aa  191  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1757  tRNA 2-selenouridine synthase  38.32 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0620  tRNA 2-selenouridine synthase  39.87 
 
 		 359 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3301  tRNA 2-selenouridine synthase  38.18 
 
 		 353 aa  190  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0230491  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3666  tRNA 2-selenouridine synthase  43.57 
 
 		 356 aa  189  8e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1525  tRNA 2-selenouridine synthase  38.05 
 
 		 346 aa  188  9e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0672649  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3032  tRNA 2-selenouridine synthase  37.19 
 
 		 352 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000366048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0932  tRNA 2-selenouridine synthase  37.79 
 
 		 359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3478  tRNA 2-selenouridine synthase  38.64 
 
 		 348 aa  184  1.0000000000000001e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.527623 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0754  tRNA 2-selenouridine synthase  37.79 
 
 		 359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0765  tRNA 2-selenouridine synthase  37.79 
 
 		 359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1926  tRNA 2-selenouridine synthase  40.74 
 
 		 353 aa  184  2.0000000000000003e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1887  tRNA 2-selenouridine synthase  37.7 
 
 		 352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.227051  normal  0.457474 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1022  tRNA 2-selenouridine synthase  34.32 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.239082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1545  tRNA 2-selenouridine synthase  40.13 
 
 		 347 aa  183  3e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.256667  normal  0.0827797 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3113  tRNA 2-selenouridine synthase  35.81 
 
 		 354 aa  180  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.227771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2423  tRNA 2-selenouridine synthase  37.33 
 
 		 353 aa  180  4e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2803  tRNA 2-selenouridine synthase  40.4 
 
 		 349 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3699  tRNA 2-selenouridine synthase  37 
 
 		 366 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.919346 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3859  tRNA 2-selenouridine synthase  38.1 
 
 		 353 aa  176  4e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3480  tRNA 2-selenouridine synthase  40.07 
 
 		 373 aa  176  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2084  tRNA 2-selenouridine synthase  39.46 
 
 		 359 aa  176  7e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.441545 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2327  tRNA 2-selenouridine synthase  31.95 
 
 		 356 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3656  tRNA 2-selenouridine synthase  42.5 
 
 		 371 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.167107 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3349  tRNA 2-selenouridine synthase  39.6 
 
 		 353 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.382984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2041  tRNA 2-selenouridine synthase  31.66 
 
 		 356 aa  173  2.9999999999999996e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6564  tRNA 2-selenouridine synthase  44.29 
 
 		 355 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0745888  hitchhiker  0.00486619 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2556  tRNA 2-selenouridine synthase  45.21 
 
 		 355 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3290  tRNA 2-selenouridine synthase  44.34 
 
 		 350 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.241247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1645  tRNA 2-selenouridine synthase  35.71 
 
 		 377 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3604  tRNA 2-selenouridine synthase  43.89 
 
 		 350 aa  169  8e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4730  tRNA 2-selenouridine synthase  35.13 
 
 		 375 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.913097  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0285  tRNA 2-selenouridine synthase  33.14 
 
 		 365 aa  168  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1569  tRNA 2-selenouridine synthase  34.13 
 
 		 375 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.866156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1508  tRNA 2-selenouridine synthase  35.96 
 
 		 375 aa  167  2e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1488  tRNA 2-selenouridine synthase  35.76 
 
 		 375 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489913  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0985  tRNA 2-selenouridine synthase  35.02 
 
 		 342 aa  166  4e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_10242  predicted protein  35.59 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.85356  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  35.28 
 
 		 361 aa  165  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.370483 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0560  tRNA 2-selenouridine synthase  36.05 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.556907  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0621  tRNA 2-selenouridine synthase  36.15 
 
 		 364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.545594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0567  tRNA 2-selenouridine synthase  36.05 
 
 		 364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1112  tRNA 2-selenouridine synthase  33.83 
 
 		 375 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1592  tRNA 2-selenouridine synthase  33.83 
 
 		 375 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0414382  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0562  tRNA 2-selenouridine synthase  36.15 
 
 		 364 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0863  tRNA 2-selenouridine synthase  37.8 
 
 		 370 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5476  tRNA 2-selenouridine synthase  37.1 
 
 		 353 aa  162  1e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.361534 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3119  tRNA 2-selenouridine synthase  37.83 
 
 		 364 aa  160  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00160373 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0577  tRNA 2-selenouridine synthase  37.83 
 
 		 364 aa  160  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0822  tRNA 2-selenouridine synthase  37.72 
 
 		 370 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0994806 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0604  tRNA 2-selenouridine synthase  37.54 
 
 		 364 aa  160  3e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3544  tRNA 2-selenouridine synthase  32.14 
 
 		 369 aa  160  3e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0849  tRNA 2-selenouridine synthase  37.72 
 
 		 370 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0119  tRNA 2-selenouridine synthase  33.43 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0523  tRNA 2-selenouridine synthase  38.84 
 
 		 365 aa  160  4e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0546  tRNA 2-selenouridine synthase  37.54 
 
 		 364 aa  160  4e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00453  tRNA 2-selenouridine synthase, selenophosphate-dependent  37.54 
 
 		 364 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3109  tRNA 2-selenouridine synthase  37.54 
 
 		 364 aa  159  5e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00458  hypothetical protein  37.54 
 
 		 364 aa  159  5e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0540  tRNA 2-selenouridine synthase  37.24 
 
 		 364 aa  159  5e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0142  tRNA 2-selenouridine synthase  33.9 
 
 		 335 aa  159  6e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0437  tRNA 2-selenouridine synthase  37.54 
 
 		 364 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.102484  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0227  tRNA 2-selenouridine synthase  34.63 
 
 		 367 aa  158  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.254912  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1955  tRNA 2-selenouridine synthase  31.82 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.190021  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0172  tRNA 2-selenouridine synthase  32.87 
 
 		 368 aa  155  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0769  tRNA 2-selenouridine synthase  35.52 
 
 		 372 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.649423  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0697  tRNA 2-selenouridine synthase  35.09 
 
 		 366 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.710906 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3754  tRNA 2-selenouridine synthase  35.8 
 
 		 367 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0900033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1161  tRNA 2-selenouridine synthase  33.06 
 
 		 364 aa  154  2e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.965775  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4342  tRNA 2-selenouridine synthase  31.49 
 
 		 369 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  hitchhiker  0.00245617 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4081  tRNA 2-selenouridine synthase  32.97 
 
 		 368 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0176  tRNA 2-selenouridine synthase  32.43 
 
 		 368 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.253608 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>