More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MmarC5_0743 on replicon NC_009135
Organism: Methanococcus maripaludis C5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 280 aa  555  1e-157  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  84.23 
 
 		 280 aa  478  1e-134  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  85.66 
 
 		 279 aa  466  9.999999999999999e-131  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  71.22 
 
 		 284 aa  373  1e-102  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  65.94 
 
 		 278 aa  351  8.999999999999999e-96  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  47.12 
 
 		 277 aa  238  9e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  45.72 
 
 		 277 aa  228  7e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  44.73 
 
 		 308 aa  225  6e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  45.39 
 
 		 277 aa  225  7e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  45.35 
 
 		 277 aa  223  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  45.35 
 
 		 277 aa  223  2e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  45.05 
 
 		 277 aa  223  2e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  44.98 
 
 		 277 aa  223  3e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  45.35 
 
 		 277 aa  223  3e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  45.65 
 
 		 276 aa  223  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  45.35 
 
 		 277 aa  221  7e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  45.39 
 
 		 277 aa  221  9e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  45.72 
 
 		 277 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 288 aa  216  5e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  42.6 
 
 		 289 aa  215  8e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  43.12 
 
 		 298 aa  212  4.9999999999999996e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  40.99 
 
 		 291 aa  211  9e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  45.32 
 
 		 284 aa  206  3e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  38.33 
 
 		 290 aa  206  5e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  40.15 
 
 		 280 aa  196  3e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  38.54 
 
 		 290 aa  195  6e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  40.52 
 
 		 286 aa  195  7e-49  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 		 286 aa  194  2e-48  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.72 
 
 		 290 aa  193  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  39.78 
 
 		 286 aa  193  3e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  38.23 
 
 		 289 aa  188  8e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  41.13 
 
 		 269 aa  188  9e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 273 aa  187  2e-46  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  36.77 
 
 		 297 aa  186  3e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  40.66 
 
 		 268 aa  186  3e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  40.66 
 
 		 268 aa  186  3e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  38.38 
 
 		 288 aa  186  3e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  35.89 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  36.77 
 
 		 286 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  40.33 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 		 279 aa  182  7e-45  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  41.33 
 
 		 269 aa  176  4e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 297 aa  175  6e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 		 286 aa  175  8e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  40.31 
 
 		 244 aa  174  9.999999999999999e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 		 271 aa  172  5e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 		 289 aa  172  7.999999999999999e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  40.93 
 
 		 273 aa  171  1e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 311 aa  170  2e-41  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  37.46 
 
 		 283 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 		 295 aa  170  2e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  38.79 
 
 		 295 aa  170  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  38.16 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  35.19 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  38.16 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  37.11 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 289 aa  169  4e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  39.69 
 
 		 271 aa  168  9e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  39.42 
 
 		 271 aa  167  2e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  34.43 
 
 		 283 aa  167  2e-40  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 283 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  35.46 
 
 		 286 aa  166  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  166  5.9999999999999996e-40  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 296 aa  165  8e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  32.85 
 
 		 271 aa  165  9e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  40.15 
 
 		 288 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.34 
 
 		 279 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 287 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  34.63 
 
 		 288 aa  161  9e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  34.06 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  34.06 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  36.04 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  34.06 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  34.06 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  34.06 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  34.06 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  34.28 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  33.7 
 
 		 288 aa  161  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  37.37 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  36.52 
 
 		 283 aa  160  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  36.17 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  33.7 
 
 		 289 aa  160  3e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  34.75 
 
 		 289 aa  159  4e-38  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 289 aa  159  5e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  39.27 
 
 		 286 aa  158  1e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  34.88 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 276 aa  157  2e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  36.23 
 
 		 271 aa  156  4e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  36.9 
 
 		 285 aa  156  5.0000000000000005e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  36.16 
 
 		 269 aa  154  1e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  34.53 
 
 		 274 aa  154  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  31.87 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.82 
 
 		 275 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  36.23 
 
 		 269 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>