40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MmarC5_0437 on replicon NC_009135
Organism: Methanococcus maripaludis C5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009975  MmarC6_1521  like-Sm ribonucleoprotein core  100 
 
 
72 aa  146  8e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0711074  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0398  like-Sm ribonucleoprotein core  100 
 
 
72 aa  146  8e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0437  like-Sm ribonucleoprotein, core  100 
 
 
72 aa  146  8e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0470  like-Sm ribonucleoprotein core  95.83 
 
 
72 aa  142  1e-33  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.31317  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0290  like-Sm ribonucleoprotein core  77.78 
 
 
71 aa  114  3e-25  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0232  small nuclear ribonucleoprotein  47.83 
 
 
71 aa  70.9  0.000000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.317695  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3500  small nuclear ribonucleoprotein  45.71 
 
 
72 aa  61.6  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0690135  normal  0.488094 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3059  like-Sm ribonucleoprotein, core  41.43 
 
 
80 aa  59.3  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2181  small nuclear ribonucleoprotein  45.59 
 
 
72 aa  58.9  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0421  like-Sm ribonucleoprotein, core  43.08 
 
 
73 aa  58.9  0.00000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0093  like-Sm ribonucleoprotein, core  45.71 
 
 
76 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0230  like-Sm ribonucleoprotein, core  42.86 
 
 
75 aa  57.8  0.00000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.299461  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0149  hypothetical protein  41.43 
 
 
75 aa  56.6  0.0000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00289239  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0396  Like-Sm ribonucleoprotein core  41.43 
 
 
75 aa  55.1  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0297604 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1391  Like-Sm ribonucleoprotein core  41.1 
 
 
75 aa  51.6  0.000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.219632  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2924  Like-Sm ribonucleoprotein core  41.67 
 
 
74 aa  51.6  0.000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2251  like-Sm ribonucleoprotein, core  42.47 
 
 
75 aa  50.4  0.000009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.133876 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1529  like-Sm ribonucleoprotein core  40 
 
 
79 aa  50.4  0.000009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2097  Like-Sm ribonucleoprotein core  40.3 
 
 
60 aa  50.1  0.00001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.765143 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0349  like-Sm ribonucleoprotein core  46.43 
 
 
80 aa  48.9  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0692  like-Sm ribonucleoprotein, core  42.65 
 
 
86 aa  48.5  0.00003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.22559 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1814  Like-Sm ribonucleoprotein core  42.86 
 
 
76 aa  48.5  0.00003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1066  Like-Sm ribonucleoprotein core  35 
 
 
287 aa  47.4  0.00007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1974  like-Sm ribonucleoprotein core  42.03 
 
 
86 aa  47.4  0.00007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.470211  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2102  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  43.48 
 
 
86 aa  47  0.00009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0866  like-Sm ribonucleoprotein core  34.67 
 
 
86 aa  47  0.00009  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2332  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.71 
 
 
86 aa  46.2  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.00160681  hitchhiker  0.000613176 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_10719  U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G06325)  37.31 
 
 
80 aa  45.8  0.0002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.0000000000682628 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63621  predicted protein  37.84 
 
 
88 aa  45.8  0.0002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.733527  normal  0.260452 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0674  Like-Sm ribonucleoprotein core  34.33 
 
 
61 aa  46.2  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.973126  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2046  Like-Sm ribonucleoprotein core  38.67 
 
 
80 aa  46.2  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600722  normal  0.0639389 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0221  like-Sm ribonucleoprotein core  36.11 
 
 
78 aa  43.9  0.0008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA07590  Sm-like protein, putative  32.93 
 
 
95 aa  43.1  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10007  U6 small nuclear ribonucleoprotein (Lsm3), putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12570)  36.71 
 
 
96 aa  43.1  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2141  LSM family small nuclear ribonucleoprotein  40.62 
 
 
80 aa  42.7  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0653  Like-Sm ribonucleoprotein core  31.34 
 
 
72 aa  42.4  0.002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0041  like-Sm ribonucleoprotein, core  39.06 
 
 
80 aa  42  0.003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.444041  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0086  like-Sm ribonucleoprotein core  35.71 
 
 
81 aa  41.2  0.005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.514735 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0038  like-Sm ribonucleoprotein core  37.5 
 
 
80 aa  40.8  0.007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  decreased coverage  0.00385043 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1081  like-Sm ribonucleoprotein, core  36.92 
 
 
80 aa  40  0.01  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.555399  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>