180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MmarC5_0027 on replicon NC_009135
Organism: Methanococcus maripaludis C5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 
268 aa  545  1e-154  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  97.01 
 
 
268 aa  532  1e-150  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  96.27 
 
 
268 aa  528  1e-149  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  81.2 
 
 
268 aa  448  1e-125  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  66.16 
 
 
264 aa  374  1e-102  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  35.9 
 
 
257 aa  157  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  32.63 
 
 
257 aa  141  1e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  30.92 
 
 
253 aa  130  3e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1592  xylose isomerase domain-containing protein  32.22 
 
 
257 aa  128  1e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.234456 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  34.31 
 
 
256 aa  127  2e-28  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1364  hypothetical protein  31.8 
 
 
256 aa  117  2e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  1.10599e-06  hitchhiker  2.54981e-08 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1555  xylose isomerase domain-containing protein  31.06 
 
 
257 aa  111  1e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.123696  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0122  xylose isomerase domain-containing protein  33.09 
 
 
254 aa  110  2e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.668761  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3128  hypothetical protein  30.73 
 
 
257 aa  105  8e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.56 
 
 
256 aa  104  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.67 
 
 
256 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0988  xylose isomerase domain-containing protein  30.8 
 
 
253 aa  99.8  4e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.279783 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  33.94 
 
 
269 aa  98.6  1e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1143  xylose isomerase domain-containing protein  31.03 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4159  xylose isomerase domain-containing protein  28.85 
 
 
257 aa  98.2  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0600  xylose isomerase domain-containing protein  25.54 
 
 
244 aa  97.8  2e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1974  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.26 
 
 
256 aa  97.4  2e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.520711 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.33 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  33.69 
 
 
269 aa  95.9  7e-19  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.09 
 
 
264 aa  94.7  1e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0174  xylose isomerase domain-containing protein  27.24 
 
 
236 aa  90.9  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1379  hypothetical protein  32.07 
 
 
242 aa  88.2  1e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.100757  normal  0.0567681 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0740  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.63 
 
 
243 aa  88.2  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103383  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0871  hypothetical protein  30.93 
 
 
241 aa  88.6  1e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00496229  hitchhiker  0.00660497 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  28.44 
 
 
255 aa  83.6  3e-15  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1299  xylose isomerase domain-containing protein  29.74 
 
 
237 aa  83.6  3e-15  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.47167  normal  0.0132415 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3371  AP endonuclease  29.94 
 
 
256 aa  84  3e-15  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0064  xylose isomerase-like TIM barrel  25.22 
 
 
256 aa  80.9  2e-14  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3010  xylose isomerase-like TIM barrel  31.77 
 
 
281 aa  76.6  4e-13  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0655  AP endonuclease  25 
 
 
278 aa  75.1  1e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  30.56 
 
 
257 aa  74.3  2e-12  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  28 
 
 
255 aa  72  1e-11  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0023  xylose isomerase domain-containing protein  25.41 
 
 
277 aa  70.9  2e-11  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140146  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1644  xylose isomerase domain-containing protein  26.85 
 
 
269 aa  70.9  2e-11  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.960602 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.46 
 
 
258 aa  71.2  2e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1981  xylose isomerase domain-containing protein  24.71 
 
 
287 aa  70.9  2e-11  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0530  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.51 
 
 
273 aa  69.3  6e-11  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.297775  normal  0.967129 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1978  xylose isomerase domain-containing protein  25.79 
 
 
274 aa  68.6  1e-10  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.16 
 
 
258 aa  68.6  1e-10  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1892  xylose isomerase domain-containing protein  24.91 
 
 
275 aa  67.8  2e-10  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.230832 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3410  xylose isomerase domain-containing protein  25.76 
 
 
272 aa  66.6  4e-10  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.498178  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0474  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.77 
 
 
256 aa  66.6  4e-10  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1980  xylose isomerase domain-containing protein  23.21 
 
 
274 aa  65.9  7e-10  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1279  hypothetical protein  29.32 
 
 
280 aa  65.1  1e-09  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.393575 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0984  xylose isomerase domain-containing protein  26.61 
 
 
269 aa  63.9  3e-09  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.221697  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17470  sugar phosphate isomerase/epimerase  23.42 
 
 
325 aa  63.9  3e-09  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.105049  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0270  xylose isomerase domain-containing protein  24.4 
 
 
269 aa  63.2  4e-09  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.757164  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1398  xylose isomerase-like TIM barrel  29.13 
 
 
271 aa  63.5  4e-09  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  21.15 
 
 
273 aa  62.4  7e-09  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0779  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.55 
 
 
276 aa  62  1e-08  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4598  xylose isomerase-like TIM barrel  27.31 
 
 
277 aa  61.2  2e-08  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3351  xylose isomerase domain-containing protein  29.61 
 
 
278 aa  61.2  2e-08  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02720  sugar phosphate isomerase/epimerase  27.88 
 
 
266 aa  60.1  3e-08  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1494  xylose isomerase domain-containing protein  26.98 
 
 
269 aa  60.1  3e-08  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.747131  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14000  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.38 
 
 
254 aa  60.5  3e-08  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.50908  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0473  xylose isomerase-like  24.62 
 
 
308 aa  60.1  3e-08  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.715311 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1910  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.39 
 
 
282 aa  60.5  3e-08  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0830  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.23 
 
 
272 aa  59.7  4e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.801774  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6746  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.45 
 
 
272 aa  59.3  6e-08  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.249045  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0949  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.41 
 
 
272 aa  58.9  9e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0249  xylose isomerase domain-containing protein  24.4 
 
 
265 aa  58.9  9e-08  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.273491  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  20 
 
 
270 aa  58.2  1e-07  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0967776 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.89 
 
 
282 aa  58.5  1e-07  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2709  hypothetical protein  24.62 
 
 
305 aa  58.2  1e-07  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.320407  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1550  AP endonuclease  27.56 
 
 
247 aa  57.8  2e-07  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4464  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.83 
 
 
294 aa  57.4  2e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0442  hypothetical protein  24.89 
 
 
240 aa  57.4  2e-07  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0310  endonuclease IV  27.6 
 
 
304 aa  57.4  2e-07  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2906  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.59 
 
 
291 aa  57  3e-07  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0325  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.42 
 
 
305 aa  55.8  7e-07  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.105989  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3293  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.11 
 
 
262 aa  55.1  1e-06  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10507  hypothetical protein  23.78 
 
 
280 aa  54.7  1e-06  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0480257  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4701  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.99 
 
 
290 aa  54.3  2e-06  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6463  hypothetical protein  22.43 
 
 
273 aa  54.3  2e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.920651  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0835  xylose isomerase domain-containing protein  23.57 
 
 
281 aa  53.9  2e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.279878  normal  0.572466 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9360  apurinic endonuclease Apn1  26.26 
 
 
252 aa  54.7  2e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.480693  normal  0.839717 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1640  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.79 
 
 
270 aa  53.5  3e-06  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.264646  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3271  xylose isomerase domain-containing protein  23.41 
 
 
295 aa  53.9  3e-06  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.170281  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1320  hexulose-6-phosphate isomerase  27.43 
 
 
289 aa  53.5  3e-06  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf342  endonuclease IV  25.33 
 
 
276 aa  53.1  4e-06  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  hitchhiker  0.00102527  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3071  endonuclease IV  22 
 
 
282 aa  53.5  4e-06  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.08028e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9139  Sugar phosphate isomerase/epimerase-like protein  24.24 
 
 
270 aa  53.1  5e-06  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4027  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.6 
 
 
275 aa  52.8  6e-06  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.383869  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.02 
 
 
277 aa  52.4  7e-06  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1744  apurinic endonuclease Apn1  25.12 
 
 
282 aa  52.8  7e-06  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0098767  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1687  apurinic endonuclease Apn1  23.74 
 
 
277 aa  52  9e-06  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4942  N-acetylneuraminate synthase  25.37 
 
 
748 aa  52.4  9e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3316  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.42 
 
 
313 aa  52  1e-05  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3693  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.32 
 
 
270 aa  52  1e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3200  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.41 
 
 
287 aa  51.6  1e-05  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.278083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0782  xylose isomerase domain-containing protein  21.96 
 
 
289 aa  51.6  1e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5464  xylose isomerase domain-containing protein  22.22 
 
 
279 aa  51.6  1e-05  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.448037  normal  0.953141 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8563  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  21.28 
 
 
278 aa  51.2  2e-05  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0314267  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1076  xylose isomerase domain-containing protein  24.9 
 
 
308 aa  50.8  2e-05  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2110  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.79 
 
 
249 aa  50.8  2e-05  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.517822  normal  0.355951 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>