More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmar10_0618 on replicon NC_008347
Organism: Maricaulis maris MCS10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 372 aa  733    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.71 
 
 		 327 aa  311  7.999999999999999e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  50.15 
 
 		 322 aa  298  1e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.85 
 
 		 704 aa  295  6e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.07 
 
 		 466 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  54.58 
 
 		 795 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  58.75 
 
 		 698 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  53.93 
 
 		 422 aa  291  1e-77  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.68 
 
 		 457 aa  291  1e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  59.66 
 
 		 576 aa  290  2e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.61 
 
 		 576 aa  291  2e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  59.83 
 
 		 689 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  58.9 
 
 		 690 aa  290  4e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  55.47 
 
 		 499 aa  290  4e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.85 
 
 		 489 aa  288  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  56.85 
 
 		 508 aa  287  2e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  57.63 
 
 		 598 aa  286  4e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  58.05 
 
 		 736 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  57.2 
 
 		 598 aa  285  9e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  55.93 
 
 		 680 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  57.2 
 
 		 743 aa  284  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  55.88 
 
 		 687 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  51.6 
 
 		 577 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  54.84 
 
 		 501 aa  284  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.6 
 
 		 620 aa  279  6e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.51 
 
 		 609 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  57.33 
 
 		 264 aa  275  6e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.33 
 
 		 247 aa  276  6e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  55.38 
 
 		 784 aa  275  7e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  53.38 
 
 		 466 aa  275  7e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  51.69 
 
 		 601 aa  275  8e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  51.99 
 
 		 296 aa  274  2.0000000000000002e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  54.24 
 
 		 674 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.11 
 
 		 669 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  54.31 
 
 		 576 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  55.13 
 
 		 293 aa  268  1e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.75 
 
 		 528 aa  265  1e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  54.66 
 
 		 676 aa  260  2e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  53.07 
 
 		 286 aa  256  5e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  49.79 
 
 		 270 aa  241  2e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  51.1 
 
 		 285 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  41.02 
 
 		 278 aa  172  1e-41  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.48 
 
 		 355 aa  170  4e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  43.98 
 
 		 736 aa  164  2.0000000000000002e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.23 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.78 
 
 		 328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 		 290 aa  162  9e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.15 
 
 		 268 aa  162  1e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  43.42 
 
 		 251 aa  160  3e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  43.38 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.01 
 
 		 301 aa  159  8e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  43.12 
 
 		 567 aa  159  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.96 
 
 		 344 aa  157  2e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.98 
 
 		 686 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4141  pseudouridine synthase  40 
 
 		 554 aa  158  2e-37  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.244372  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  41.78 
 
 		 298 aa  158  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45.21 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45.21 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45.21 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45.21 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  45.21 
 
 		 291 aa  156  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.16 
 
 		 398 aa  156  5.0000000000000005e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 239 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.86 
 
 		 292 aa  156  6e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  42.86 
 
 		 292 aa  156  6e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  41.96 
 
 		 344 aa  156  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  42.27 
 
 		 289 aa  155  7e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.66 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  40.83 
 
 		 288 aa  155  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  41.63 
 
 		 290 aa  155  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 290 aa  155  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.59 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.39 
 
 		 290 aa  155  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 426 aa  154  2e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.99 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  43.72 
 
 		 255 aa  154  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  44.29 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  44.29 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  40.99 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.29 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  44.29 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.29 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  0.000000402657 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  42.6 
 
 		 274 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.09 
 
 		 290 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000316134 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.34 
 
 		 294 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.29 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000661811 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  44.09 
 
 		 290 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.34 
 
 		 289 aa  153  4e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.34 
 
 		 294 aa  153  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  40.99 
 
 		 291 aa  153  4e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  40.25 
 
 		 379 aa  153  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  39.82 
 
 		 295 aa  153  5e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 271 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  38.78 
 
 		 317 aa  152  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  37.9 
 
 		 680 aa  152  7e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  40.27 
 
 		 287 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 291 aa  151  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  41.78 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>