More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmar10_0584 on replicon NC_008347
Organism: Maricaulis maris MCS10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  100 
 
 
295 aa  602  1.0000000000000001e-171  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  72.45 
 
 
295 aa  437  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  74.28 
 
 
340 aa  426  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  71.68 
 
 
299 aa  409  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  69.07 
 
 
300 aa  404  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  68.26 
 
 
308 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  69.23 
 
 
303 aa  403  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  67.7 
 
 
301 aa  401  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  67.47 
 
 
299 aa  401  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  71.23 
 
 
300 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  67.7 
 
 
302 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  67.7 
 
 
302 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  71.48 
 
 
303 aa  399  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  72.22 
 
 
303 aa  396  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  66.9 
 
 
296 aa  396  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  68.18 
 
 
298 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  67.13 
 
 
295 aa  396  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  66.78 
 
 
299 aa  395  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  68.18 
 
 
298 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  71.85 
 
 
303 aa  393  1e-108  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  66.22 
 
 
301 aa  391  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  67.62 
 
 
299 aa  394  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  66.1 
 
 
299 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  66.78 
 
 
299 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  70.18 
 
 
296 aa  393  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  70.38 
 
 
298 aa  394  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  70.18 
 
 
296 aa  394  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  68.77 
 
 
297 aa  387  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  66.44 
 
 
299 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  70.14 
 
 
297 aa  388  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  66.67 
 
 
298 aa  389  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  67.13 
 
 
298 aa  389  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  66.1 
 
 
299 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  65.53 
 
 
300 aa  389  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  65.74 
 
 
299 aa  387  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  66.33 
 
 
299 aa  386  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  68.77 
 
 
297 aa  387  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  68.77 
 
 
297 aa  387  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  66.32 
 
 
301 aa  382  1e-105  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  65.16 
 
 
299 aa  379  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  66.31 
 
 
303 aa  374  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  60.28 
 
 
306 aa  335  7e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  50.17 
 
 
290 aa  262  4.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  47.24 
 
 
307 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  41.69 
 
 
297 aa  249  3e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  45.99 
 
 
286 aa  249  5e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.03 
 
 
307 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  48.03 
 
 
307 aa  248  6e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  43.51 
 
 
300 aa  248  6e-65  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  47.67 
 
 
307 aa  248  7e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1701  RNA polymerase factor sigma-32  47.89 
 
 
311 aa  248  8e-65  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000437901  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1763  RNA polymerase factor sigma-32  47.89 
 
 
311 aa  247  2e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00750009  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0197  sigma 32 (RpoH)  46.1 
 
 
329 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.271088 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  42.31 
 
 
297 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.01 
 
 
326 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1137  RNA polymerase factor sigma-32  47.51 
 
 
311 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1717  RNA polymerase factor sigma-32  47.15 
 
 
293 aa  238  6.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.38 
 
 
291 aa  238  1e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4806  RNA polymerase factor sigma-32  47.35 
 
 
293 aa  237  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0484047  hitchhiker  0.000291044 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2297  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45 
 
 
305 aa  235  7e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000241193  normal  0.392536 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0345  sigma-70 factor  44.44 
 
 
281 aa  233  3e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.79091  normal  0.0122375 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  44.13 
 
 
299 aa  233  3e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  44.4 
 
 
284 aa  231  9e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.84 
 
 
285 aa  231  9e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  45.58 
 
 
283 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.13 
 
 
300 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.13 
 
 
300 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.8 
 
 
285 aa  230  2e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  44.13 
 
 
300 aa  230  2e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.38 
 
 
285 aa  229  4e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3111  RNA polymerase factor sigma-32  44.32 
 
 
288 aa  228  9e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.58748  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2151  RNA polymerase factor sigma-32  44.32 
 
 
288 aa  228  1e-58  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.370706  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1693  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.33 
 
 
298 aa  228  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.199349 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2240  RNA polymerase factor sigma-32  44.32 
 
 
288 aa  227  2e-58  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  44.61 
 
 
279 aa  227  2e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4142  RNA polymerase factor sigma-32  44.62 
 
 
287 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.000322567  normal  0.133894 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  43.75 
 
 
285 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2302  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.36 
 
 
287 aa  225  7e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.962406  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  42.81 
 
 
286 aa  225  7e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4270  RNA polymerase factor sigma-32  47.17 
 
 
285 aa  224  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.84 
 
 
280 aa  224  1e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3813  RNA polymerase factor sigma-32  44.62 
 
 
287 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.674997  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  44.75 
 
 
309 aa  223  3e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3969  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
285 aa  223  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000340759  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3771  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
285 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000120601  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3844  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
285 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000172859  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  44.48 
 
 
286 aa  223  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  44.48 
 
 
286 aa  223  3e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0272  RNA polymerase factor sigma-32  43.05 
 
 
311 aa  222  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.809393 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4583  RNA polymerase factor sigma-32  43.01 
 
 
285 aa  222  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.55 
 
 
289 aa  221  8e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0292  RNA polymerase factor sigma-32  43.06 
 
 
285 aa  221  9e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000107182  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4379  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  45.33 
 
 
313 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.202105  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4292  RNA polymerase factor sigma-32  42.71 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000815776  decreased coverage  0.00275886 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  46.21 
 
 
288 aa  221  9.999999999999999e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4161  RNA polymerase factor sigma-32  42.71 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000335306  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  43.1 
 
 
282 aa  220  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4091  RNA polymerase factor sigma-32  42.71 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000103165  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  42.71 
 
 
285 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3380  RNA polymerase factor sigma-32  44.44 
 
 
284 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.0000950238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>