More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlg_1955 on replicon NC_008340
Organism: Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  100 
 
 		 246 aa  489  1e-137  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1054  tRNA pseudouridine synthase C  55.9 
 
 		 235 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  49.79 
 
 		 242 aa  222  4e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0254  pseudouridine synthase  53.62 
 
 		 249 aa  218  5e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  53.37 
 
 		 245 aa  207  1e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0411  tRNA pseudouridine synthase C  47.66 
 
 		 244 aa  207  1e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0611  pseudouridine synthase  42.98 
 
 		 241 aa  206  2e-52  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0854  tRNA pseudouridine synthase C  44.16 
 
 		 234 aa  206  4e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000219419  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  43.59 
 
 		 263 aa  203  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  49.02 
 
 		 648 aa  203  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002742  tRNA pseudouridine synthase C  44.64 
 
 		 256 aa  202  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.766432  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03241  tRNA pseudouridine synthase C  44.59 
 
 		 255 aa  202  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2110  pseudouridine synthase  50.43 
 
 		 245 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0267  tRNA pseudouridine synthase C  49.14 
 
 		 270 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  50.62 
 
 		 250 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0279  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 252 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931063  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3244  tRNA pseudouridine synthase C  43.04 
 
 		 261 aa  195  7e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.392486 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3441  tRNA pseudouridine synthase C  43.88 
 
 		 257 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3366  tRNA pseudouridine synthase C  44.54 
 
 		 261 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.116388  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1060  tRNA pseudouridine synthase C  43.88 
 
 		 257 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.323786  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1007  tRNA pseudouridine synthase C  43.88 
 
 		 257 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.228386  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3171  tRNA pseudouridine synthase C  44.77 
 
 		 260 aa  192  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0935  tRNA pseudouridine synthase C  43.44 
 
 		 266 aa  192  3e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00065013  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  45.73 
 
 		 275 aa  192  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3095  tRNA pseudouridine synthase C  43.88 
 
 		 260 aa  192  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.352774  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1214  pseudouridine synthase  44.07 
 
 		 256 aa  192  6e-48  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262969  normal  0.0773079 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02636  tRNA pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 260 aa  191  7e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.908245  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0897  pseudouridine synthase  43.88 
 
 		 260 aa  191  7e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0921  tRNA pseudouridine synthase C  43.88 
 
 		 260 aa  191  7e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2935  tRNA pseudouridine synthase C  43.88 
 
 		 260 aa  191  7e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02598  hypothetical protein  43.88 
 
 		 260 aa  191  7e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.908938  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2931  tRNA pseudouridine synthase C  43.88 
 
 		 260 aa  191  7e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.980626 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3081  tRNA pseudouridine synthase C  43.88 
 
 		 260 aa  191  7e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.495199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4054  tRNA pseudouridine synthase C  43.88 
 
 		 260 aa  191  7e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3124  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 260 aa  189  2.9999999999999997e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.756442 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  44.07 
 
 		 293 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2987  tRNA pseudouridine synthase C  44.35 
 
 		 261 aa  189  5e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3286  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.195915  normal  0.923379 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  41.18 
 
 		 298 aa  187  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3169  pseudouridylate synthase  43.04 
 
 		 278 aa  187  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3289  pseudouridine synthase  42.62 
 
 		 285 aa  187  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.629665  hitchhiker  0.00000299463 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3187  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 260 aa  187  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.719199 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3406  pseudouridine synthase  41.91 
 
 		 244 aa  187  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0321433 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1472  pseudouridine synthase  44.73 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.329833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1442  pseudouridine synthase  44.73 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3106  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 260 aa  186  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1436  pseudouridine synthase  44.73 
 
 		 287 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  44.68 
 
 		 256 aa  186  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3171  tRNA pseudouridine synthase C  44.3 
 
 		 260 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.316896  normal  0.156294 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  43.38 
 
 		 228 aa  187  2e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1821  pseudouridylate synthase  43.53 
 
 		 256 aa  185  5e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2824  tRNA pseudouridine synthase C  44.17 
 
 		 284 aa  185  7e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2911  pseudouridine synthase  44.3 
 
 		 287 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.131097  normal  0.387721 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  41.77 
 
 		 284 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  42.29 
 
 		 273 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02767  tRNA pseudouridine synthase C  47.95 
 
 		 238 aa  181  7e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.175179  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2650  tRNA pseudouridine synthase C  43.75 
 
 		 284 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2717  tRNA pseudouridine synthase C  43.75 
 
 		 284 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0177  pseudouridine synthase  45.92 
 
 		 253 aa  180  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  45.49 
 
 		 261 aa  178  5.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3184  pseudouridylate synthase  44.24 
 
 		 252 aa  178  5.999999999999999e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.575849  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2278  tRNA pseudouridine synthase C  49.77 
 
 		 277 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0554113  hitchhiker  0.00000285246 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3296  pseudouridine synthase  49.54 
 
 		 258 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1131  pseudouridylate synthase  40.85 
 
 		 258 aa  175  5e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  40.45 
 
 		 225 aa  174  9e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2478  pseudouridine synthase  44.53 
 
 		 319 aa  174  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.383615 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03037  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.21 
 
 		 265 aa  167  1e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2205  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 242 aa  166  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.323157 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1355  pseudouridine synthase  49.52 
 
 		 268 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.420116  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2505  tRNA pseudouridine synthase C  49.52 
 
 		 268 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.0153229 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3649  tRNA pseudouridine synthase C  34.42 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  39.13 
 
 		 541 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  34.33 
 
 		 320 aa  123  3e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  39.06 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  31.6 
 
 		 303 aa  120  9.999999999999999e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.61 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.71 
 
 		 328 aa  119  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.52 
 
 		 333 aa  119  4.9999999999999996e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  34.08 
 
 		 244 aa  118  7.999999999999999e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  33.63 
 
 		 304 aa  118  9e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 		 296 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  35.62 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  34.04 
 
 		 306 aa  116  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  32.92 
 
 		 314 aa  116  3e-25  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  33.62 
 
 		 306 aa  115  3.9999999999999997e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.05 
 
 		 296 aa  115  6.9999999999999995e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  34.76 
 
 		 217 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.75 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  32.62 
 
 		 304 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  32.76 
 
 		 308 aa  113  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  33.19 
 
 		 305 aa  113  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  35.34 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  35.86 
 
 		 547 aa  113  3e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  34.91 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  37.76 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  37.67 
 
 		 235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  35.19 
 
 		 376 aa  112  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.61 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1757  pseudouridine synthase, RluA family  36.05 
 
 		 346 aa  112  8.000000000000001e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0151064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>