More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mlab_0072 on replicon NC_008942
Organism: Methanocorpusculum labreanum Z



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008942  Mlab_0072  hypothetical protein  100 
 
 
282 aa  571  1.0000000000000001e-162  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.00484212 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2750  pseudouridylate synthase TruB domain protein  60.71 
 
 
299 aa  319  3e-86  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0513  pseudouridylate synthase  53.76 
 
 
322 aa  307  1.0000000000000001e-82  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0538  pseudouridylate synthase  53.74 
 
 
302 aa  305  5.0000000000000004e-82  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0902248  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2268  pseudouridylate synthase  49.44 
 
 
310 aa  257  1e-67  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.570966  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0082  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  44.4 
 
 
338 aa  244  9.999999999999999e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.576501  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1702  putative rRNA pseudouridine synthase  45.2 
 
 
321 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.438885  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0155  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  46.38 
 
 
335 aa  239  2.9999999999999997e-62  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0461  putative rRNA pseudouridine synthase  44.17 
 
 
338 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0406  pseudouridylate synthase subunit TruB  43.11 
 
 
332 aa  228  1e-58  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1494  pseudouridylate synthase TruB domain protein  42.29 
 
 
286 aa  226  3e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0028  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.32 
 
 
331 aa  226  3e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000488795  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0054  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.27 
 
 
333 aa  219  3e-56  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0089  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.82 
 
 
331 aa  217  1e-55  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0080  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  42.91 
 
 
331 aa  217  2e-55  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.178289 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1720  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  40.93 
 
 
333 aa  211  7e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0961  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  40.93 
 
 
333 aa  211  7e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0985  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  40.93 
 
 
333 aa  212  7e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0128242  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1128  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.09 
 
 
328 aa  211  1e-53  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000787218 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0988  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  43.08 
 
 
359 aa  206  4e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2256  pseudouridylate synthase TruB domain protein  40.44 
 
 
304 aa  202  6e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1222  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  38.26 
 
 
331 aa  195  6e-49  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0271  pseudouridylate synthase TruB domain protein  39.78 
 
 
314 aa  195  9e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1369  pseudouridylate synthase TruB domain protein  43.98 
 
 
251 aa  193  3e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.862548  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08851  Centromere/microtubule-binding protein CBF5 (Centromere-binding factor 5)(Small nucleolar RNP protein CBF5)(H/ACA snoRNP protein CBF5)(rRNA pseudouridine synthase) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:O43100]  39.86 
 
 
481 aa  188  1e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.842396  normal 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20773  predicted protein  39.36 
 
 
484 aa  187  2e-46  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1812  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  40 
 
 
343 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.572421  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1733  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  37.78 
 
 
299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.17014 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2322  H/ACA RNA-protein complex component Cbf5p  41.48 
 
 
295 aa  181  1e-44  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.713223  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_64832  nucleolar pseuduridine synthase and putative microtubule binding protein  38.21 
 
 
475 aa  178  1e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02940  centromere/microtubule binding protein cbf5, putative  37.86 
 
 
503 aa  177  2e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.701159  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0057  PUA domain-containing protein  41.86 
 
 
233 aa  172  6.999999999999999e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.510728 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_30197  predicted protein  38.52 
 
 
411 aa  157  3e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1158  tRNA pseudouridine synthase B  35.38 
 
 
302 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000801793  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1659  tRNA pseudouridine synthase B  33.82 
 
 
303 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0071  tRNA pseudouridine synthase B  30.14 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.861563  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  32.53 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2050  tRNA pseudouridine synthase B  33.08 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  29.93 
 
 
300 aa  126  3e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  32.32 
 
 
299 aa  127  3e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  32.3 
 
 
328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  34.03 
 
 
304 aa  125  9e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1031  tRNA pseudouridine synthase B  33.12 
 
 
308 aa  125  1e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0071  tRNA pseudouridine synthase B  29.11 
 
 
309 aa  124  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  31.12 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1512  tRNA pseudouridine synthase B  37.16 
 
 
303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.467082  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0966  tRNA pseudouridine synthase B  32.27 
 
 
304 aa  120  3e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000895381  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1954  tRNA pseudouridine synthase B  29.3 
 
 
310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  28.9 
 
 
303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3857  tRNA pseudouridine synthase B  31.06 
 
 
307 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000159837  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  29.66 
 
 
313 aa  119  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  28.82 
 
 
300 aa  119  7e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3848  tRNA pseudouridine synthase B  30.15 
 
 
307 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  32.54 
 
 
297 aa  118  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0629  tRNA pseudouridine synthase B  28.08 
 
 
317 aa  118  9.999999999999999e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3821  tRNA pseudouridine synthase B  30.68 
 
 
307 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.83095e-62 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2462  tRNA pseudouridine synthase B  29.01 
 
 
307 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0554606  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3569  tRNA pseudouridine synthase B  30.68 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0427188  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  30.33 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1336  tRNA pseudouridine synthase B  29.55 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.1805  hitchhiker  0.00915441 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  30.33 
 
 
305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  29.76 
 
 
309 aa  116  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3632  tRNA pseudouridine synthase B  29.39 
 
 
307 aa  117  3e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0220119  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  31.56 
 
 
305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1862  tRNA pseudouridine synthase B  27.59 
 
 
313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.552372  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3661  tRNA pseudouridine synthase B  30.3 
 
 
307 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00496834  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3947  tRNA pseudouridine synthase B  30.3 
 
 
307 aa  115  6e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.70676  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0781  tRNA pseudouridine synthase B  30.4 
 
 
305 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899616  normal  0.133836 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3908  tRNA pseudouridine synthase B  29.55 
 
 
307 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.857105  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  33.95 
 
 
249 aa  115  8.999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3551  tRNA pseudouridine synthase B  30.3 
 
 
307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  30.37 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  30.74 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  30.65 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3346  tRNA pseudouridine synthase B  28.1 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  33.98 
 
 
303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  33.48 
 
 
294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.150764 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  29.02 
 
 
295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  29.64 
 
 
306 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1125  tRNA pseudouridine synthase B  30.71 
 
 
303 aa  113  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  29.41 
 
 
302 aa  113  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  27.46 
 
 
304 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  30.45 
 
 
306 aa  112  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1591  tRNA pseudouridine synthase B  31.6 
 
 
304 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00165016  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  30.95 
 
 
310 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  31.34 
 
 
293 aa  112  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0460  tRNA pseudouridine synthase B  27.33 
 
 
309 aa  112  9e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  30.95 
 
 
310 aa  112  9e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4488  tRNA pseudouridine synthase B  29.51 
 
 
305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.140717  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  29.88 
 
 
298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  30.56 
 
 
310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0701  tRNA pseudouridine synthase B  31.68 
 
 
301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0781617  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  30.56 
 
 
310 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0727  tRNA pseudouridine synthase B  32.4 
 
 
319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  30 
 
 
305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5460  tRNA pseudouridine synthase B  28 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.525904  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  29.87 
 
 
299 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3931  tRNA pseudouridine synthase B  30.45 
 
 
299 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.486039  normal  0.358321 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3185  tRNA pseudouridine synthase B  31.38 
 
 
309 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.991117  normal  0.361577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>