237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mkms_4990 on replicon NC_008705
Organism: Mycobacterium sp. KMS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009565  TBFG_13744  ligase  84.84 
 
 
413 aa  643    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00431951  normal  0.370504 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4901  hypothetical protein  100 
 
 
408 aa  811    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4990  hypothetical protein  100 
 
 
408 aa  811    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5520  hypothetical protein  87.9 
 
 
425 aa  648    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33342  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5269  hypothetical protein  99.02 
 
 
408 aa  807    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235064  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1291  hypothetical protein  89.16 
 
 
406 aa  645    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4002  domain of unknown function DUF1727  69.15 
 
 
412 aa  515  1.0000000000000001e-145  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0442  domain of unknown function DUF1727  68.13 
 
 
425 aa  510  1e-143  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.624005  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1034  domain of unknown function DUF1727  51.89 
 
 
394 aa  340  2.9999999999999998e-92  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0648  domain of unknown function DUF1727  45.64 
 
 
412 aa  330  3e-89  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0468  hypothetical protein  44.66 
 
 
424 aa  298  1e-79  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.748006 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3222  hypothetical protein  44.63 
 
 
415 aa  296  4e-79  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0406463 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3448  hypothetical protein  45.12 
 
 
420 aa  296  5e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00766091 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2661  hypothetical protein  46.1 
 
 
410 aa  295  9e-79  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.857902  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0913  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  41.98 
 
 
429 aa  293  4e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.323703  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4348  domain of unknown function DUF1727  42.96 
 
 
418 aa  290  4e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0229746  normal  0.964565 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2714  putative ligase  42.56 
 
 
418 aa  278  1e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0282  Mur ligase  43.2 
 
 
416 aa  273  3e-72  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4298  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase-like protein  41.48 
 
 
411 aa  269  7e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6531  hypothetical protein  42.3 
 
 
417 aa  260  4e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.830465  normal  0.333233 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1706  hypothetical protein  45.15 
 
 
421 aa  255  8e-67  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0418667  hitchhiker  0.00728652 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1442  domain of unknown function DUF1727  36.73 
 
 
408 aa  206  8e-52  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0884  mur ligase family protein  28.84 
 
 
447 aa  179  1e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0008  hypothetical protein  27.25 
 
 
446 aa  176  7e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0450  hypothetical protein  29.66 
 
 
445 aa  176  8e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1233  Mur ligase family protein  28.74 
 
 
441 aa  176  9.999999999999999e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.198792  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1250  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  28.34 
 
 
455 aa  174  2.9999999999999996e-42  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000000012325  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1599  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29.27 
 
 
445 aa  173  3.9999999999999995e-42  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.709076  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1788  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  28.86 
 
 
452 aa  171  2e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1208  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  29.12 
 
 
449 aa  170  5e-41  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.970096  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1627  domain of unknown function DUF1727  30.32 
 
 
462 aa  167  2e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1392  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthetase MurC-like protein  27.75 
 
 
451 aa  166  6.9999999999999995e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0524526  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1206  Mur ligase family protein  27.75 
 
 
451 aa  166  9e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0554717  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0985  domain of unknown function DUF1727  25.17 
 
 
443 aa  161  2e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000265712  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0500  hypothetical protein  33.19 
 
 
491 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.496593  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0588  hypothetical protein  32.35 
 
 
469 aa  157  3e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.414158  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1345  domain of unknown function DUF1727  29.77 
 
 
476 aa  152  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000649333  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2069  domain of unknown function DUF1727  27.33 
 
 
467 aa  152  1e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0981076  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3001  domain of unknown function DUF1727  31.21 
 
 
744 aa  149  9e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.954679 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0440  hypothetical protein  28.51 
 
 
467 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3270  domain of unknown function DUF1727  34.01 
 
 
458 aa  147  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.704416  normal  0.0775739 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0514  hypothetical protein  29.77 
 
 
445 aa  146  6e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.265585  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4285  hypothetical protein  29.5 
 
 
447 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3614  hypothetical protein  30.6 
 
 
463 aa  144  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.529006  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1153  domain of unknown function DUF1727  32.36 
 
 
474 aa  143  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0996  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  30.11 
 
 
455 aa  143  6e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00110541  normal  0.028804 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3016  hypothetical protein  30.97 
 
 
436 aa  142  8e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3012  domain of unknown function DUF1727  28.03 
 
 
448 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3108  domain of unknown function DUF1727  28.03 
 
 
448 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1430  Mur ligase family protein  28.61 
 
 
437 aa  142  9.999999999999999e-33  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.67526  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1946  hypothetical protein  29.14 
 
 
437 aa  139  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.102068  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1980  hypothetical protein  29.14 
 
 
437 aa  139  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.270286  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2009  hypothetical protein  31.28 
 
 
466 aa  138  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000964515  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1559  domain of unknown function DUF1727  26.87 
 
 
445 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.181708 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0013  domain of unknown function DUF1727  24.77 
 
 
444 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2945  domain of unknown function DUF1727  32.06 
 
 
474 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.833945  hitchhiker  0.00605856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1255  hypothetical protein  29.74 
 
 
507 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0966  hypothetical protein  27.9 
 
 
464 aa  127  4.0000000000000003e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0443  domain of unknown function DUF1727  31.5 
 
 
463 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0076  Mur ligase middle domain protein  31.51 
 
 
472 aa  125  2e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000585492 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1785  domain of unknown function DUF1727  23.88 
 
 
446 aa  122  8e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0144804  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17860  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  28.07 
 
 
445 aa  117  3e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.934196  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2036  domain of unknown function DUF1727  30.14 
 
 
430 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000388378 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2306  hypothetical protein  30.11 
 
 
429 aa  109  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0105732  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1027  domain of unknown function DUF1727  30.81 
 
 
456 aa  100  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.964533  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1231  UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase  41.52 
 
 
490 aa  95.5  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.661721  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1327  Mur ligase middle domain protein  22.84 
 
 
470 aa  62.8  0.00000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000399076  decreased coverage  0.000242236 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2047  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  28.63 
 
 
477 aa  60.8  0.00000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00131729  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2613  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  24.61 
 
 
473 aa  60.5  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00649562  unclonable  0.00000000000596507 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0758  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  26.6 
 
 
495 aa  58.5  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09480  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  32.12 
 
 
471 aa  57.8  0.0000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0452016  normal  0.0351394 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0920  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  24.28 
 
 
485 aa  56.6  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.350013  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0486  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  29.2 
 
 
489 aa  55.8  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00092134  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1968  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  27.86 
 
 
477 aa  55.8  0.000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0316215  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0779  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  29.17 
 
 
465 aa  55.8  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230521  normal  0.687569 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1111  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  31.56 
 
 
472 aa  55.1  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2103  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  28.75 
 
 
465 aa  55.1  0.000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.188407  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0690  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  29.58 
 
 
465 aa  55.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1231  hypothetical protein  24.57 
 
 
433 aa  54.7  0.000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0464953 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08860  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  28 
 
 
464 aa  54.7  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0311093  unclonable  0.00000000215103 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1410  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  26.87 
 
 
544 aa  54.3  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0279398  normal  0.017352 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6976  UDP-N-acetylmuramoylalanine/D-glutamate ligase  26.47 
 
 
446 aa  53.5  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.282447  hitchhiker  0.0000349353 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004495  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  25.62 
 
 
493 aa  53.9  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1049  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  34.19 
 
 
466 aa  53.5  0.000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0148666  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1277  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  34.68 
 
 
466 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.396011  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2451  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  26.17 
 
 
481 aa  52.8  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0349  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  26.67 
 
 
487 aa  51.6  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.593739  normal  0.1204 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4538  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  26.85 
 
 
502 aa  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0149307 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2014  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  22.74 
 
 
483 aa  50.8  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6176  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  32.48 
 
 
466 aa  50.8  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.138978 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3784  UDP-N-acetylmuramoyl-tripeptide--D-alanyl-D- alanine ligase  24.19 
 
 
453 aa  50.4  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1635  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6- diamin opimelate/D-alanyl-D-alanylligase  25.91 
 
 
455 aa  50.4  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5771  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetase  36.36 
 
 
527 aa  50.4  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0752  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  24.19 
 
 
476 aa  50.4  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4050  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  35.16 
 
 
469 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1142  UDP-N-acetylmuramyl-tripeptide synthetases  22.59 
 
 
509 aa  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1845  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  30.52 
 
 
537 aa  49.7  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.186295 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2192  UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate synthetase  30.05 
 
 
466 aa  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04366  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  28.29 
 
 
477 aa  49.7  0.00009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4224  UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate--2, 6-diaminopimelate ligase  27 
 
 
491 aa  49.3  0.0001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>