More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_4820 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  100 
 
 		 286 aa  566  1e-160  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  73.33 
 
 		 285 aa  425  1e-118  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  68.55 
 
 		 287 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  68.2 
 
 		 287 aa  366  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  68.55 
 
 		 287 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  67.73 
 
 		 305 aa  352  2.9999999999999997e-96  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  53.56 
 
 		 299 aa  279  3e-74  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  52.53 
 
 		 302 aa  265  8e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  51.88 
 
 		 305 aa  256  4e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  49.15 
 
 		 303 aa  252  6e-66  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  51.72 
 
 		 317 aa  251  7e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  49.51 
 
 		 309 aa  246  2e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  45.05 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  46.85 
 
 		 362 aa  228  1e-58  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  47.64 
 
 		 304 aa  223  3e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  40.44 
 
 		 326 aa  218  7.999999999999999e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  44.41 
 
 		 307 aa  216  2e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 314 aa  215  5e-55  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  44.06 
 
 		 304 aa  211  1e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.3 
 
 		 348 aa  210  3e-53  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  43.58 
 
 		 314 aa  207  1e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  41.84 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  42.32 
 
 		 303 aa  197  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  40.4 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  41.58 
 
 		 302 aa  193  3e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  45.23 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  45.93 
 
 		 254 aa  192  6e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  40.63 
 
 		 310 aa  192  7e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  43.15 
 
 		 293 aa  189  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  42.57 
 
 		 275 aa  182  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  42.4 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  44.84 
 
 		 316 aa  182  5.0000000000000004e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  38.6 
 
 		 306 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  44.9 
 
 		 301 aa  178  9e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 313 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  42.68 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  38.25 
 
 		 312 aa  175  7e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  43.17 
 
 		 297 aa  175  9e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  43.39 
 
 		 301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  42.8 
 
 		 292 aa  173  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  37.68 
 
 		 312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  43.94 
 
 		 305 aa  172  6.999999999999999e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  37.94 
 
 		 305 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  38.65 
 
 		 308 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  38 
 
 		 305 aa  170  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 305 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  42.15 
 
 		 294 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  36.65 
 
 		 293 aa  169  6e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  36.08 
 
 		 303 aa  168  7e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 303 aa  168  8e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  37.93 
 
 		 309 aa  167  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  39.04 
 
 		 312 aa  165  9e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  38.65 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  37.85 
 
 		 308 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 326 aa  163  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  34.28 
 
 		 313 aa  155  6e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  43.92 
 
 		 206 aa  143  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  35.86 
 
 		 300 aa  108  7.000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  33.95 
 
 		 219 aa  97.1  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 218 aa  95.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  31.96 
 
 		 223 aa  91.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  33.82 
 
 		 225 aa  91.7  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  33.96 
 
 		 223 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  32.6 
 
 		 223 aa  91.3  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  31.73 
 
 		 301 aa  90.5  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  31.9 
 
 		 225 aa  89.4  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  31.96 
 
 		 223 aa  89.4  7e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.79 
 
 		 215 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  37.79 
 
 		 215 aa  88.2  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0076  pseudouridine synthase  33.01 
 
 		 228 aa  87.4  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.694832  normal  0.499098 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.68 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  33.02 
 
 		 578 aa  87.8  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  39.55 
 
 		 215 aa  86.7  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.16 
 
 		 217 aa  85.9  7e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  33.02 
 
 		 225 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  30.46 
 
 		 238 aa  85.1  0.000000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  36.02 
 
 		 264 aa  84.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  29.77 
 
 		 223 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  30.23 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  30.23 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  30.23 
 
 		 223 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  31.84 
 
 		 567 aa  84.3  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  33.02 
 
 		 225 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.77 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.41 
 
 		 221 aa  83.6  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  36.82 
 
 		 240 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.9 
 
 		 225 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  33.82 
 
 		 560 aa  82  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  35.05 
 
 		 234 aa  82  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  32.92 
 
 		 327 aa  81.6  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.23 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  31.71 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.68 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.68 
 
 		 225 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  25.36 
 
 		 298 aa  81.3  0.00000000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.65 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>