More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_1254 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 366 aa  739    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  86.4 
 
 		 360 aa  627  1e-178  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  85.55 
 
 		 353 aa  611  9.999999999999999e-175  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  85.27 
 
 		 353 aa  610  1e-173  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  85.27 
 
 		 353 aa  610  1e-173  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  76.47 
 
 		 358 aa  555  1e-157  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  73.79 
 
 		 354 aa  537  1e-151  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  70.11 
 
 		 357 aa  495  1e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  65.56 
 
 		 363 aa  477  1e-133  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  74.11 
 
 		 374 aa  458  9.999999999999999e-129  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  67.05 
 
 		 348 aa  439  9.999999999999999e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  59.83 
 
 		 359 aa  421  1e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  61.41 
 
 		 346 aa  416  9.999999999999999e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  64.2 
 
 		 352 aa  410  1e-113  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  59.78 
 
 		 369 aa  403  1e-111  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  60.61 
 
 		 371 aa  399  9.999999999999999e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  59.18 
 
 		 366 aa  399  9.999999999999999e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  58.66 
 
 		 369 aa  400  9.999999999999999e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  54.91 
 
 		 408 aa  397  1e-109  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  59.25 
 
 		 360 aa  394  1e-108  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  56.28 
 
 		 365 aa  388  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  59.2 
 
 		 390 aa  384  1e-105  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  58.07 
 
 		 358 aa  374  1e-102  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  56.59 
 
 		 369 aa  369  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  54.2 
 
 		 353 aa  359  5e-98  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  53.02 
 
 		 351 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  53.02 
 
 		 353 aa  355  5e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  53.02 
 
 		 353 aa  355  5e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  53.17 
 
 		 359 aa  352  5.9999999999999994e-96  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  53.95 
 
 		 358 aa  350  2e-95  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  53.26 
 
 		 342 aa  342  7e-93  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  54.67 
 
 		 361 aa  337  1.9999999999999998e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  50.56 
 
 		 346 aa  327  3e-88  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  51.78 
 
 		 350 aa  313  2.9999999999999996e-84  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  52.17 
 
 		 311 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  45.51 
 
 		 345 aa  265  7e-70  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  44.44 
 
 		 355 aa  263  3e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  45.73 
 
 		 366 aa  262  4.999999999999999e-69  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  41.28 
 
 		 374 aa  256  3e-67  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  44.51 
 
 		 365 aa  252  6e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  44.48 
 
 		 337 aa  248  9e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  46.36 
 
 		 314 aa  246  3e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  42.56 
 
 		 341 aa  245  6.999999999999999e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  42.6 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  42.06 
 
 		 341 aa  236  5.0000000000000005e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  44.06 
 
 		 341 aa  202  9e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  42.94 
 
 		 341 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  43.52 
 
 		 341 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  33.92 
 
 		 344 aa  168  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  32.22 
 
 		 337 aa  152  8e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  35.56 
 
 		 318 aa  152  8.999999999999999e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  35.82 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  30.36 
 
 		 608 aa  120  3e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  28.61 
 
 		 902 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  33.33 
 
 		 495 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  28.32 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.77 
 
 		 436 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  35.66 
 
 		 825 aa  108  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  31.27 
 
 		 329 aa  107  4e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  31.27 
 
 		 329 aa  107  4e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  33.33 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  36.22 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  36.69 
 
 		 313 aa  105  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  27.54 
 
 		 582 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  37.1 
 
 		 312 aa  103  4e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  33.33 
 
 		 320 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  31.76 
 
 		 311 aa  100  5e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  30.4 
 
 		 766 aa  99.4  8e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  29.48 
 
 		 877 aa  99.4  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  29.05 
 
 		 351 aa  96.7  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  30.09 
 
 		 763 aa  96.7  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  27.49 
 
 		 871 aa  96.3  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  31.95 
 
 		 376 aa  96.3  8e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  26.61 
 
 		 818 aa  95.9  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  31.64 
 
 		 815 aa  94.7  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.29 
 
 		 646 aa  94.7  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  29.1 
 
 		 861 aa  94.4  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  35.29 
 
 		 847 aa  94  3e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1649  ATP dependent DNA ligase  30.8 
 
 		 314 aa  94  4e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1123  DNA ligase, putative  29.51 
 
 		 309 aa  94  4e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.91674  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  28.87 
 
 		 307 aa  93.6  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  32.42 
 
 		 816 aa  93.2  6e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  29.77 
 
 		 656 aa  93.2  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  30.35 
 
 		 477 aa  92.4  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13060  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  34.98 
 
 		 852 aa  92.4  1e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  30.71 
 
 		 847 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  26 
 
 		 285 aa  90.5  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2233  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  31.34 
 
 		 858 aa  89.7  7e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  29.14 
 
 		 865 aa  89.7  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  30.98 
 
 		 603 aa  89.7  8e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  31 
 
 		 759 aa  89.4  9e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  32.68 
 
 		 822 aa  88.6  1e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  32.06 
 
 		 847 aa  89  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  28.03 
 
 		 758 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  31.82 
 
 		 848 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  28.57 
 
 		 813 aa  88.2  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  33.74 
 
 		 843 aa  88.6  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  29.45 
 
 		 358 aa  87  5e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  30.37 
 
 		 828 aa  86.7  7e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  28.53 
 
 		 758 aa  85.9  9e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>