More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4841 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
342 aa  645    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  91.93 
 
 
347 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  75.44 
 
 
342 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  57.46 
 
 
345 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.63 
 
 
339 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45 
 
 
400 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.1 
 
 
377 aa  191  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.85 
 
 
368 aa  186  6e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.46 
 
 
344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.08 
 
 
345 aa  174  1.9999999999999998e-42  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  42.94 
 
 
371 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.68 
 
 
346 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.19 
 
 
346 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.62 
 
 
430 aa  157  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  42.41 
 
 
358 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  51.46 
 
 
347 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  52.94 
 
 
346 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.97 
 
 
417 aa  137  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.27 
 
 
422 aa  136  5e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  38.31 
 
 
412 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  29.93 
 
 
433 aa  134  3e-30  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  32.03 
 
 
431 aa  133  5e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.45 
 
 
443 aa  133  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.97 
 
 
412 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.04 
 
 
409 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.44 
 
 
434 aa  129  6e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.16 
 
 
491 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.41 
 
 
321 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.94 
 
 
450 aa  125  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.77 
 
 
412 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.99 
 
 
326 aa  123  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
471 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.1 
 
 
472 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.83 
 
 
455 aa  119  6e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.44 
 
 
476 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  35.56 
 
 
476 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.56 
 
 
476 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.13 
 
 
476 aa  117  3e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.29 
 
 
476 aa  117  3e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.41 
 
 
492 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  38.82 
 
 
682 aa  116  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.63 
 
 
464 aa  116  6.9999999999999995e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.63 
 
 
464 aa  116  6.9999999999999995e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.96 
 
 
241 aa  115  1.0000000000000001e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.83 
 
 
454 aa  115  2.0000000000000002e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
349 aa  114  2.0000000000000002e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.47 
 
 
480 aa  114  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
509 aa  114  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  35.29 
 
 
476 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  35.29 
 
 
476 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
476 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  34.93 
 
 
454 aa  113  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  35.29 
 
 
476 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  40.16 
 
 
442 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.69 
 
 
486 aa  113  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  34.6 
 
 
476 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.38 
 
 
476 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.51 
 
 
436 aa  110  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0531  hypothetical protein  25.7 
 
 
431 aa  109  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00156827  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0544  hypothetical protein  25.7 
 
 
431 aa  109  7.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000216418  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.67 
 
 
462 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.76 
 
 
464 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.18 
 
 
344 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4955  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.86 
 
 
324 aa  108  2e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.00345657  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.06 
 
 
470 aa  106  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0148  MesJ/Ycf62 family protein  30.6 
 
 
432 aa  106  7e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  32.58 
 
 
430 aa  105  9e-22  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.65 
 
 
469 aa  105  1e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.31 
 
 
338 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  35.21 
 
 
284 aa  104  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.82 
 
 
442 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.11 
 
 
524 aa  103  5e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.79 
 
 
469 aa  103  5e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  36.02 
 
 
458 aa  102  8e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2997  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.48 
 
 
323 aa  102  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  31.46 
 
 
484 aa  102  9e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  37 
 
 
445 aa  102  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0511  PP-loop  30.56 
 
 
342 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.93 
 
 
336 aa  101  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.782786  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.01 
 
 
521 aa  101  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0180  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.39 
 
 
326 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.591688  normal  0.364393 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2662  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.65 
 
 
474 aa  100  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0298541 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.99 
 
 
442 aa  100  5e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.04 
 
 
425 aa  99.8  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  35.66 
 
 
434 aa  99.4  8e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0202  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.1 
 
 
398 aa  99.4  8e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.135787 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  33.33 
 
 
431 aa  99  1e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  32.46 
 
 
431 aa  98.6  1e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  41.6 
 
 
462 aa  98.6  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.77 
 
 
427 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  36.33 
 
 
471 aa  98.6  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.21 
 
 
468 aa  98.2  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.46 
 
 
473 aa  97.8  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0185  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.03 
 
 
326 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.94 
 
 
470 aa  98.2  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.27 
 
 
459 aa  98.2  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  40 
 
 
676 aa  98.6  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.44 
 
 
333 aa  97.8  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.41 
 
 
448 aa  98.2  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.83 
 
 
440 aa  97.8  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>