138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4610 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_0666  hypothetical protein  62.92 
 
 
775 aa  864  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0942  radical SAM domain-containing protein  89.44 
 
 
679 aa  1228  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02777  hypothetical protein  66.26 
 
 
787 aa  902  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3194  hypothetical protein  63.65 
 
 
739 aa  860  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3484  hypothetical protein  63.65 
 
 
739 aa  860  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4218  hypothetical protein  61.95 
 
 
774 aa  851  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4234  hypothetical protein  63.38 
 
 
721 aa  857  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.577109 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0279  hypothetical protein  61.95 
 
 
777 aa  853  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4177  hypothetical protein  64.04 
 
 
807 aa  862  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4005  radical SAM domain-containing protein  64.79 
 
 
831 aa  912  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143433  normal  0.395979 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4610  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
688 aa  1409  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0159872 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4928  hypothetical protein  63.37 
 
 
736 aa  890  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  8.95754e-07 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0585  hypothetical protein  62.92 
 
 
787 aa  866  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1188  Radical SAM domain protein  67.22 
 
 
740 aa  855  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.903904  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4090  hypothetical protein  61.82 
 
 
816 aa  862  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0233  hypothetical protein  62.25 
 
 
780 aa  857  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.9097 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3424  hypothetical protein  62.88 
 
 
724 aa  855  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3682  hypothetical protein  60.55 
 
 
790 aa  857  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0652  hypothetical protein  65.81 
 
 
763 aa  907  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  decreased coverage  2.31874e-06 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1314  hypothetical protein  66.1 
 
 
789 aa  905  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7218  hypothetical protein  84.15 
 
 
674 aa  1154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.466758  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4750  hypothetical protein  66.26 
 
 
766 aa  910  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000182579 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1364  radical SAM domain-containing protein  58.08 
 
 
755 aa  826  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206829 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5654  hypothetical protein  64.66 
 
 
747 aa  912  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4059  hypothetical protein  64.04 
 
 
819 aa  863  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0681  hypothetical protein  63.65 
 
 
739 aa  860  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3300  hypothetical protein  63.65 
 
 
739 aa  861  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0672097 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0856  hypothetical protein  63.65 
 
 
790 aa  886  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.109884  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4327  hypothetical protein  63.65 
 
 
739 aa  860  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1984  Radical SAM domain protein  63.56 
 
 
726 aa  854  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3981  hypothetical protein  64.04 
 
 
812 aa  863  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5075  Radical SAM domain protein  99.27 
 
 
688 aa  1401  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.369209 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1631  Radical SAM domain protein  62.68 
 
 
829 aa  889  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.982619  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07700  hypothetical protein  66.77 
 
 
757 aa  914  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.568115  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02838  hypothetical protein  63.65 
 
 
739 aa  862  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1663  Radical SAM domain protein  59.97 
 
 
745 aa  859  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6414  Radical SAM domain protein  67.02 
 
 
766 aa  891  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003066  hypothetical protein  67.03 
 
 
781 aa  895  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3519  hypothetical protein  63.19 
 
 
723 aa  851  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.115115  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3349  hypothetical protein  63.19 
 
 
723 aa  851  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4663  hypothetical protein  66.05 
 
 
737 aa  897  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0382  hypothetical protein  59.01 
 
 
763 aa  845  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6215  radical SAM domain-containing protein  90.7 
 
 
679 aa  1286  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.310596 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2133  radical SAM domain-containing protein  62.14 
 
 
810 aa  877  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00433523 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3451  hypothetical protein  63.5 
 
 
739 aa  857  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4193  Radical SAM domain protein  94.04 
 
 
678 aa  1328  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0746  Radical SAM domain protein  83.96 
 
 
677 aa  1158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3424  hypothetical protein  63.19 
 
 
723 aa  851  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.518229  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3418  hypothetical protein  62.88 
 
 
723 aa  850  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3352  hypothetical protein  63.19 
 
 
723 aa  851  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01783  hypothetical protein  63.03 
 
 
791 aa  875  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1515  Radical SAM domain protein  67.07 
 
 
758 aa  919  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0572332  hitchhiker  0.00245581 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0587  hypothetical protein  66.72 
 
 
769 aa  896  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282021  normal  0.175321 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65080  hypothetical protein  64.8 
 
 
747 aa  912  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00809643  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0396  hypothetical protein  62.82 
 
 
773 aa  852  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3203  radical SAM domain-containing protein  58.71 
 
 
752 aa  851  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.939016  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3670  hypothetical protein  62.56 
 
 
781 aa  855  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3431  radical SAM-like  63.6 
 
 
784 aa  875  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1083  radical SAM family protein  62.78 
 
 
745 aa  871  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3439  hypothetical protein  59.83 
 
 
785 aa  858  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0939  radical SAM family protein  62.78 
 
 
745 aa  871  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.342945 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2898  radical SAM family protein  60.09 
 
 
724 aa  845  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.041487 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02888  hypothetical protein  63.65 
 
 
739 aa  862  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4928  radical SAM domain protein  66.41 
 
 
771 aa  892  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2003  radical SAM family protein  69.72 
 
 
707 aa  950  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0275  hypothetical protein  62.56 
 
 
781 aa  854  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0540  hypothetical protein  66.41 
 
 
767 aa  889  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.212733  normal  0.530642 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2153  Elongator protein 3/MiaB/NifB  64.08 
 
 
763 aa  920  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.157967 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1996  radical SAM family protein  64.17 
 
 
740 aa  919  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.578599  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0311  hypothetical protein  60.55 
 
 
786 aa  857  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0293  hypothetical protein  68.2 
 
 
710 aa  914  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2437  radical SAM domain-containing protein  63.26 
 
 
792 aa  872  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.491099  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0684  Radical SAM domain protein  63.65 
 
 
739 aa  860  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0689  radical SAM family protein  84.85 
 
 
671 aa  1163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1103  radical SAM domain-containing protein  64.95 
 
 
673 aa  845  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2271  radical SAM domain-containing protein  62.93 
 
 
770 aa  881  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2243  radical SAM domain-containing protein  62.68 
 
 
847 aa  888  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.395224  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3874  hypothetical protein  62.56 
 
 
781 aa  855  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0959799 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4872  hypothetical protein  66.26 
 
 
766 aa  910  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.783093  normal  0.109803 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3349  hypothetical protein  62.2 
 
 
806 aa  850  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0609  radical SAM family protein  51.47 
 
 
603 aa  611  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00147953  hitchhiker  0.00191958 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2995  radical SAM family protein  69.63 
 
 
831 aa  605  1e-172  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0221356  normal  0.207788 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2225  Radical SAM domain protein  69.14 
 
 
795 aa  602  1e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.291322  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0915  Radical SAM domain protein  48.14 
 
 
599 aa  595  1e-169  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2873  radical SAM domain-containing protein  52.07 
 
 
605 aa  595  1e-169  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.344485  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2734  radical SAM family protein  69.38 
 
 
798 aa  597  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.389809  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1897  radical SAM domain-containing protein  66.83 
 
 
794 aa  592  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.752048 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3346  Radical SAM domain protein  48.77 
 
 
598 aa  593  1e-168  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0576598 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2008  hypothetical protein  69.52 
 
 
817 aa  594  1e-168  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0530056  normal  0.455739 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0324  hypothetical protein  69.02 
 
 
815 aa  588  1e-167  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.366005 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0355  hypothetical protein  68.77 
 
 
812 aa  587  1e-166  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.170887 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0068  radical SAM domain-containing protein  47.69 
 
 
658 aa  585  1e-165  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.514908  normal  0.0285773 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0066  radical SAM family protein  48.71 
 
 
648 aa  583  1e-165  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0556  radical SAM domain-containing protein  46.51 
 
 
623 aa  581  1e-164  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.837617  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0072  Radical SAM domain protein  48.71 
 
 
648 aa  577  1e-163  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.290916  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1897  Fe-S oxidoreductase  46.7 
 
 
625 aa  572  1e-162  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.17655e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1052  radical SAM domain-containing protein  47.55 
 
 
605 aa  571  1e-161  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.173598  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3816  radical SAM domain-containing protein  66.17 
 
 
796 aa  572  1e-161  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.155717 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0084  Radical SAM domain protein  48.71 
 
 
648 aa  566  1e-160  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.028481  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3187  Radical SAM domain protein  47.27 
 
 
607 aa  561  1e-158  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00436822  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>