More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4393 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4393  RNA-binding S4 domain-containing protein  100 
 
 		 91 aa  185  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.853125 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4856  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 		 91 aa  185  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0730838  normal  0.183947 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4903  RNA-binding S4 domain protein  92.31 
 
 		 91 aa  174  3e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.793751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1720  RNA-binding S4 domain protein  71.59 
 
 		 93 aa  128  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485798  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3706  RNA-binding S4 domain-containing protein  73.81 
 
 		 102 aa  124  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.325898 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1369  RNA-binding S4 domain protein  57.3 
 
 		 104 aa  102  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454269 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3135  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.95 
 
 		 99 aa  100  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4803  RNA-binding S4 domain-containing protein  67.44 
 
 		 93 aa  94.4  5e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0850807  decreased coverage  0.0000637783 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0574  RNA-binding S4  53.09 
 
 		 124 aa  90.1  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000475662  unclonable  0.0000000209736 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3089  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.63 
 
 		 98 aa  88.6  3e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1769  S4 domain-containing protein  50.6 
 
 		 137 aa  85.9  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00186229  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1704  S4 domain-containing protein  50.6 
 
 		 133 aa  85.9  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000120647  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0491  RNA-binding S4 domain protein  50.6 
 
 		 89 aa  84.3  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1132  RNA-binding S4 domain-containing protein  48.19 
 
 		 129 aa  84.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0247911  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0549  RNA-binding S4  51.9 
 
 		 89 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.213997  normal  0.0613086 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3310  RNA-binding S4  53.95 
 
 		 108 aa  82  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000290008  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2640  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.19 
 
 		 95 aa  81.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.150372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0410  RNA-binding S4  47.67 
 
 		 97 aa  80.9  0.000000000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.553472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0505  RNA-binding S4  45.35 
 
 		 91 aa  80.5  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0154787  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1697  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.5 
 
 		 131 aa  80.1  0.000000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.285341 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3377  RNA-binding S4  45.24 
 
 		 95 aa  77  0.00000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000950352  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0254  RNA-binding S4 domain protein  51.14 
 
 		 109 aa  76.6  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3114  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.45 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00552893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0546  RNA-binding S4  51.9 
 
 		 89 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.879286 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2308  hypothetical protein  40.91 
 
 		 127 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4117  RNA-binding S4 domain-containing protein  45.98 
 
 		 99 aa  72.4  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.27509 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0122  RNA-binding S4  46.75 
 
 		 96 aa  71.6  0.000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3816  RNA-binding S4 domain protein  43.37 
 
 		 134 aa  72  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4145  RNA-binding S4 domain protein  40.96 
 
 		 134 aa  71.2  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00358157  normal  0.0781043 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1959  RNA-binding S4 domain protein  48.75 
 
 		 167 aa  71.2  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0257024  normal  0.0767108 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0884  RNA-binding S4 domain protein  50 
 
 		 125 aa  70.5  0.000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0206  RNA-binding S4  46.99 
 
 		 122 aa  69.7  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2048  RNA-binding S4 domain protein  48.05 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03954  heat shock protein 15  43.37 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3625  putative heat shock protein  38.55 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.679676 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3752  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.37 
 
 		 135 aa  69.3  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.456531  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2740  RNA-binding S4  42.68 
 
 		 116 aa  68.2  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.944293 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1559  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.44 
 
 		 100 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.200208  normal  0.3644 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1087  RNA-binding S4 domain-containing protein  46.25 
 
 		 98 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.126471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0095  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.57 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.273746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1649  heat shock protein 15  45.45 
 
 		 136 aa  67.8  0.00000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0016  RNA-binding S4  42.5 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10348  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05160  heat shock protein implicated in 50S component recycling (S4 paralogue)  43.53 
 
 		 130 aa  67.4  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0946751  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0509  RNA-binding S4 protein  46.25 
 
 		 134 aa  67.4  0.00000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.916368  normal  0.173554 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0280  RNA-binding S4  53.16 
 
 		 89 aa  67.4  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.16081 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2572  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.53 
 
 		 153 aa  67  0.00000000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000329633 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4348  hypothetical protein  40.51 
 
 		 133 aa  66.2  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2423  putative heat shock protein 15 (HSP15)  45 
 
 		 98 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.00936684  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1827  RNA-binding S4 domain-containing protein  47.06 
 
 		 89 aa  66.6  0.0000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.000868037  normal  0.351536 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3539  RNA-binding S4 domain-containing protein  41.56 
 
 		 93 aa  65.5  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.595425  normal  0.44689 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4593  heat shock protein 15  41.03 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0228  RNA-binding S4  40.96 
 
 		 138 aa  65.9  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0734  RNA-binding S4 domain protein  43.37 
 
 		 135 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.20304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00599  heat shock protein  41.18 
 
 		 128 aa  65.1  0.0000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0330  RNA-binding S4 domain protein  44.58 
 
 		 135 aa  65.1  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0496107 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1265  RNA-binding S4  44.71 
 
 		 131 aa  65.1  0.0000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3964  putative heat shock protein 15  43.37 
 
 		 135 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0551076 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0167  heat shock protein 15  39.76 
 
 		 134 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0728996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0019  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.55 
 
 		 138 aa  64.3  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.329407  normal  0.209211 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1368  RNA-binding S4 domain protein  41.03 
 
 		 140 aa  64.3  0.0000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2642  putative heat shock protein 15  48.75 
 
 		 131 aa  63.9  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2515  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.59 
 
 		 149 aa  62.8  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.165462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2501  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.86 
 
 		 149 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.157216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0075  RNA-binding S4  44.3 
 
 		 144 aa  63.2  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0548587  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2419  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.37 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.676645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3977  RNA-binding S4  41.18 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1231  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.55 
 
 		 138 aa  63.5  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.984155  normal  0.301013 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3737  heat shock protein 15  44.87 
 
 		 135 aa  62.8  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1162  RNA-binding S4 domain protein  42.86 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0176  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.87 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.905823  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3976  heat shock protein 15  44.87 
 
 		 135 aa  62.4  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3698  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.24 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1304  heat shock protein 15  44.3 
 
 		 135 aa  62  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0776  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.68 
 
 		 142 aa  61.6  0.000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00252001  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2293  RNA-binding S4 domain-containing protein  37.08 
 
 		 109 aa  61.6  0.000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0107303  normal  0.537391 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.82 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.18465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3569  RNA-binding S4 domain-containing protein  38.55 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0348447  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2470  RNA-binding S4 domain protein  46.34 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2876  RNA-binding S4 domain protein  46.34 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3803  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.96 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0490537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2006  RNA-binding S4  38.55 
 
 		 142 aa  61.2  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3866  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  40.96 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0791  RNA-binding S4 domain protein  41.18 
 
 		 133 aa  61.2  0.000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0665  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.04 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0641  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.04 
 
 		 157 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3696  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.76 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0154  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.51 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.29084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0149  RNA-binding S4 domain-containing protein  39.51 
 
 		 132 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0164  heat shock protein 15  36.47 
 
 		 132 aa  60.1  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0275  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.53 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.927393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0313  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.76 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0933812 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3678  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.76 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.479283 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2659  RNA-binding S4  41.56 
 
 		 130 aa  59.7  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.793293  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3813  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  38.55 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0142  RNA-binding S4 domain protein  41.56 
 
 		 124 aa  59.7  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0756553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7545  hypothetical protein  41.43 
 
 		 75 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3769  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.76 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.594721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3872  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.76 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3694  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.76 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3596  ribosome-associated heat shock protein Hsp15  39.76 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>