280 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4308 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_4677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
88 aa  173  8e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.374802  normal  0.592453 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4308  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  100 
 
 
88 aa  173  8e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.8627  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4825  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  95.18 
 
 
93 aa  157  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.129421  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3991  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  73.56 
 
 
86 aa  125  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.112701  normal  0.027381 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  73.49 
 
 
94 aa  122  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163523  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6392  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  66.67 
 
 
94 aa  120  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.16226 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1171  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  69.44 
 
 
113 aa  103  6e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.462861  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2480  exodeoxyribonuclease VII small subunit  69.44 
 
 
83 aa  102  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0779  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
83 aa  100  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1104  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  67.12 
 
 
85 aa  99  2e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0438  exodeoxyribonuclease VII small subunit  66.67 
 
 
84 aa  98.2  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0431  exodeoxyribonuclease VII small subunit  66.67 
 
 
84 aa  98.2  3e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.468215  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4459  exodeoxyribonuclease VII small subunit  64.63 
 
 
83 aa  98.2  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.340877  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1150  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.96 
 
 
82 aa  98.6  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0542  exodeoxyribonuclease VII small subunit  66.67 
 
 
84 aa  98.2  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4304  exodeoxyribonuclease VII small subunit  63.41 
 
 
83 aa  97.4  6e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.185821  normal  0.148391 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4745  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  60.98 
 
 
97 aa  96.3  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.820479 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1023  exodeoxyribonuclease VII small subunit  66.67 
 
 
83 aa  95.5  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0634  exodeoxyribonuclease VII small subunit  64.38 
 
 
83 aa  94.4  5e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.714213  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0399  exodeoxyribonuclease VII small subunit  62.5 
 
 
84 aa  91.7  3e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.171686  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0779  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  58.9 
 
 
86 aa  90.1  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.144683  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0495  exodeoxyribonuclease VII small subunit  63.89 
 
 
83 aa  90.1  9e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  64.29 
 
 
83 aa  90.1  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0569  exodeoxyribonuclease VII small subunit  64.29 
 
 
83 aa  90.1  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.72936  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2195  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.57 
 
 
87 aa  88.2  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0733  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.49 
 
 
88 aa  87.4  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0021  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  58.67 
 
 
105 aa  86.3  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804691  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0998  exodeoxyribonuclease VII small subunit  60.87 
 
 
83 aa  86.3  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  54.93 
 
 
122 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2922  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
81 aa  79.7  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.67181 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.86 
 
 
83 aa  77.4  0.00000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3296  exodeoxyribonuclease 7 small subunit  47.22 
 
 
80 aa  74.3  0.0000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0398  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.29 
 
 
80 aa  72  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.526364 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2790  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.72 
 
 
79 aa  70.5  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.282192  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  53.12 
 
 
84 aa  68.6  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0090  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
80 aa  67.8  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  55.74 
 
 
76 aa  67.4  0.00000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1199  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.19 
 
 
88 aa  65.1  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1136  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.38 
 
 
79 aa  63.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2797  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.38 
 
 
79 aa  63.9  0.0000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.85 
 
 
85 aa  63.2  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3317  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.59 
 
 
80 aa  60.5  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.27 
 
 
112 aa  58.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1677  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.07 
 
 
109 aa  58.5  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.155573  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0020  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.98 
 
 
68 aa  58.5  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8276  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.28 
 
 
81 aa  57.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.293612  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1980  exonuclease VII, small subunit  50.91 
 
 
61 aa  57.4  0.00000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.671148  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  32.95 
 
 
90 aa  56.6  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1050  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52.54 
 
 
70 aa  56.2  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20420  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  51.92 
 
 
149 aa  56.6  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.672892  normal  0.487259 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1776  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  41.94 
 
 
84 aa  55.8  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0782365  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.32 
 
 
76 aa  55.8  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.32 
 
 
76 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3117  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.93 
 
 
70 aa  55.5  0.0000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.03656  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2781  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.53 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.210066  normal  0.56065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.98 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  50.98 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.06 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.98 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  50.98 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.98 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2551  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.06 
 
 
72 aa  55.5  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000943979 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.98 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.67 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.98 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.98 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.98 
 
 
80 aa  55.1  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3879  exodeoxyribonuclease VII small subunit  52 
 
 
89 aa  54.7  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1894  exonuclease VII, small subunit  43.1 
 
 
64 aa  54.7  0.0000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.24895 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4252  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.1 
 
 
76 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0449361  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0945  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 
76 aa  53.9  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.582074  hitchhiker  0.000128888 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
80 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4083  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3921  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.134688  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3932  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4403  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0852123  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
80 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4289  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.18628  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4199  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5598800000000002e-24 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.06 
 
 
80 aa  53.9  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4309  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 
76 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000200233  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2872  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 
76 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0380914  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1775  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  42.86 
 
 
79 aa  53.9  0.0000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.319268  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.02 
 
 
80 aa  53.9  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1321  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  33.8 
 
 
83 aa  53.5  0.0000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 
79 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.046824  hitchhiker  0.0000314592 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0937  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.44 
 
 
92 aa  53.1  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1984  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.12 
 
 
87 aa  52.8  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.84 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01898  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46 
 
 
86 aa  53.5  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.90032  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4031  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.5 
 
 
76 aa  52.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0705396  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.3 
 
 
85 aa  53.1  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  37.84 
 
 
82 aa  53.1  0.000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.28 
 
 
80 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0832  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.18 
 
 
80 aa  52.8  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000144459  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1499  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  43.94 
 
 
93 aa  53.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0954  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.88 
 
 
81 aa  52.4  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  45.45 
 
 
77 aa  52.8  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22980  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.17 
 
 
104 aa  52.4  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.435723  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1036  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  37.88 
 
 
89 aa  52.4  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.121461 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>