233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4304 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010172  Mext_4304  folate-binding protein YgfZ  100 
 
 
284 aa  556  1e-157  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4673  folate-binding protein YgfZ  99.65 
 
 
284 aa  554  1e-157  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.363501  normal  0.948417 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4821  folate-binding protein YgfZ  89.82 
 
 
285 aa  500  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3987  folate-binding protein YgfZ  71.48 
 
 
283 aa  329  4e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.801907  decreased coverage  0.00101904 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0691  folate-binding protein YgfZ  66.55 
 
 
276 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169246  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1754  folate-binding protein YgfZ  66.19 
 
 
277 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1416  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  50.18 
 
 
292 aa  258  7e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2704  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  50.34 
 
 
293 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0689598  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4019  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  49.32 
 
 
293 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2375  putative glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  50 
 
 
294 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.240972 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1256  folate-binding protein YgfZ  47.7 
 
 
293 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.196155  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1013  folate-binding protein YgfZ  46.95 
 
 
284 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.834471 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0959  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  45.89 
 
 
288 aa  229  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0667  aminomethyltransferase, putative  46.15 
 
 
287 aa  227  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1117  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.72 
 
 
293 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.191945 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0660  folate-binding protein YgfZ  46.15 
 
 
287 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.439221  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1238  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47 
 
 
293 aa  224  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582319  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1165  folate-binding protein YgfZ  45.68 
 
 
284 aa  222  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.818193  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2622  glycine cleavage T-protein barrel  43.17 
 
 
287 aa  221  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.96003  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4331  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  47.18 
 
 
293 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.388249 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0712  folate-binding protein YgfZ  45.2 
 
 
291 aa  210  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.537236 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1100  folate-binding protein YgfZ  47.1 
 
 
279 aa  207  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1462  glycine cleavage system T protein aminomethyltransferase  43.37 
 
 
279 aa  197  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0706  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.07 
 
 
282 aa  195  7e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.503998 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4360  folate-binding protein YgfZ  44.8 
 
 
293 aa  186  3e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.689561  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0479  aminomethyltransferase  34.64 
 
 
286 aa  171  1e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0812  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42.11 
 
 
273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519539 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0748  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  41.96 
 
 
316 aa  155  9e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.642058  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3099  folate-binding protein YgfZ  40.16 
 
 
291 aa  143  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.623052 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2092  hypothetical protein  40.33 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0731  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.89 
 
 
238 aa  134  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.607247  normal  0.0872303 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2940  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  39.33 
 
 
312 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.352014  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1985  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  38.15 
 
 
248 aa  129  6e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1426  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  43.2 
 
 
241 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3471  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  40 
 
 
247 aa  125  7e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_28552  predicted protein  41.25 
 
 
306 aa  124  2e-27  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.177666  hitchhiker  0.000000277252 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0089  glycine cleavage T protein(aminomethyl transferase)  29.74 
 
 
278 aa  124  3e-27  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0247  aminomethyltransferase related to GcvT  35.77 
 
 
255 aa  122  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1890  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  35.77 
 
 
255 aa  122  5e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.728255  normal  0.596808 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2020  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  34.23 
 
 
255 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2736  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  42 
 
 
222 aa  122  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.380224  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0262  glycine cleavage T-protein, C-terminal barrel  37.82 
 
 
275 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00715457  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0309  aminomethyl transferase family protein  31.67 
 
 
268 aa  115  1.0000000000000001e-24  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3735  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.07 
 
 
328 aa  112  8.000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0261257 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0138  aminomethyl transferase family protein  27.24 
 
 
278 aa  110  3e-23  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0934  aminomethyl transferase  39.89 
 
 
248 aa  107  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.8874  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1330  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.12 
 
 
328 aa  104  2e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA03770  mitochondrion protein, putative  31.05 
 
 
375 aa  95.9  7e-19  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10012  aminomethyl transferase, putative (AFU_orthologue; AFUA_5G12430)  30.34 
 
 
438 aa  93.2  5e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.671109 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0318  aminomethyl transferase family protein  26.37 
 
 
310 aa  92.4  7e-18  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1432  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.93 
 
 
373 aa  91.7  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1357  glycine cleavage T protein  31.82 
 
 
313 aa  89.4  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.99203  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4228  hypothetical protein  30 
 
 
315 aa  89  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13620  ygfZ-like protein  30.89 
 
 
315 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1823  folate-binding protein YgfZ  30.32 
 
 
344 aa  87.4  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54480  hypothetical protein  29.03 
 
 
314 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.812982 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4298  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.57 
 
 
313 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0047  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  33.61 
 
 
318 aa  85.1  0.000000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.21464  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3962  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  27.71 
 
 
315 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.812707  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4388  folate-binding protein YgfZ  28.4 
 
 
313 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.410002  normal  0.740627 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1063  hypothetical protein  27.64 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1463  GcvT-like aminomethyltransferase  30 
 
 
313 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0953124  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1423  hypothetical protein  27.8 
 
 
313 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1737  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.39 
 
 
348 aa  82.4  0.000000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.00179211  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03546  aminomethyltransferase  28.24 
 
 
322 aa  81.3  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2049  hypothetical protein  28.24 
 
 
323 aa  79  0.00000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2098  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  29.13 
 
 
354 aa  78.6  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.438328  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1464  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.92 
 
 
354 aa  78.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.24907  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1830  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.72 
 
 
336 aa  78.6  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0137829  normal  0.0659803 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1904  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  29.6 
 
 
334 aa  77.4  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.195861  normal  0.523701 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2267  glycine cleavage T-protein (aminomethyl transferase)  26.5 
 
 
326 aa  77.4  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0727  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  23.79 
 
 
354 aa  76.6  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000639994  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2255  TonB-dependent receptor  26.97 
 
 
322 aa  77  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.333338  normal  0.44262 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1862  hypothetical protein  34.3 
 
 
323 aa  76.6  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.171418 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5195  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.64 
 
 
344 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.377997 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4761  hypothetical protein  30.83 
 
 
314 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3414  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  32.49 
 
 
304 aa  75.9  0.0000000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215504  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2505  folate-binding protein YgfZ  31.38 
 
 
345 aa  75.5  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.438476  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2860  folate-binding protein YgfZ  31.93 
 
 
308 aa  75.5  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1989  folate-binding protein YgfZ  29.82 
 
 
311 aa  75.5  0.0000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1427  folate-binding protein YgfZ  29.49 
 
 
346 aa  75.1  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345601  normal  0.255059 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002488  glycine cleavage T-protein  27.8 
 
 
322 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.923355  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1112  folate-binding protein YgfZ  27.39 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1041  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  30.6 
 
 
349 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255858  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0655  folate-binding protein YgfZ  29.15 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1391  folate-binding protein YgfZ  27.39 
 
 
321 aa  74.3  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1715  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.43 
 
 
311 aa  74.7  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.2209 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1468  folate-binding protein YgfZ  29.49 
 
 
346 aa  73.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.606747  normal  0.0230828 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2535  hypothetical protein  24.9 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1804  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.28 
 
 
344 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.173465  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1832  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.21 
 
 
344 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0062  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.67 
 
 
325 aa  72.4  0.000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.450631 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1876  folate-binding protein YgfZ  31.27 
 
 
319 aa  72.4  0.000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0515526 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1946  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  30.13 
 
 
317 aa  72.4  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2253  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  31.51 
 
 
317 aa  72.4  0.000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2265  putative glycine cleavage T protein (aminomethyltransferase)  29.33 
 
 
361 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.305668 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2474  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  26.34 
 
 
347 aa  71.6  0.00000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.839994  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3890  folate-binding protein YgfZ  28.85 
 
 
320 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00117726  hitchhiker  0.00000179046 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0537  glycine cleavage T-protein  24.78 
 
 
258 aa  70.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000000137098  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1533  folate-binding protein YgfZ  29.15 
 
 
291 aa  71.2  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>