More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4253 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_4253  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 362 aa  728    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.249278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0045  helix-turn-helix domain-containing protein  64.27 
 
 		 373 aa  424  1e-117  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1288  transcriptional regulator, AraC family  63.98 
 
 		 373 aa  421  1e-116  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4110  transcriptional regulator, AraC family  62.62 
 
 		 365 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1286  transcriptional regulator, AraC family  59.24 
 
 		 360 aa  365  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0043  helix-turn-helix domain-containing protein  59.53 
 
 		 360 aa  363  3e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4868  transcriptional regulator, AraC family  54.82 
 
 		 365 aa  362  6e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.608166  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1578  AraC family transcriptional regulator  54.06 
 
 		 376 aa  333  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.321807 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1582  AraC family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 367 aa  318  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.116449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2269  transcriptional regulator, AraC family  51.5 
 
 		 362 aa  318  1e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010373  M446_6972  hypothetical protein  49.07 
 
 		 372 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0523  helix-turn-helix domain-containing protein  41.48 
 
 		 390 aa  209  7e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.261458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0530  helix-turn-helix domain-containing protein  35.31 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3839  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.565712  normal  0.744721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3952  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 358 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.142509 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3907  transcriptional regulator, AraC family  59.62 
 
 		 120 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7632  transcriptional regulator, AraC family  60.19 
 
 		 116 aa  126  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2426  transcriptional regulator, AraC family  57.28 
 
 		 105 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438029  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2036  transcriptional regulator, AraC family  57.28 
 
 		 105 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5248  helix-turn-helix domain-containing protein  34.7 
 
 		 330 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.23442  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2760  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5339  AraC family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 356 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407019 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3895  transcriptional regulator, AraC family  55.34 
 
 		 105 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1997  hypothetical protein  26.6 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5388  AraC family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 330 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.74038  normal  0.0344366 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2002  hypothetical protein  26.28 
 
 		 335 aa  112  8.000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0545  transcriptional regulator, AraC family  52.63 
 
 		 136 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0134  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 330 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2761  AraC family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 350 aa  110  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2814  AraC family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 335 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.323358  normal  0.871008 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1732  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 340 aa  108  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0570541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3849  helix-turn-helix, Fis-type  27.97 
 
 		 352 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5154  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5049  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 351 aa  104  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2671  helix-turn-helix domain-containing protein  27.3 
 
 		 343 aa  104  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2989  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 348 aa  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.932582 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5438  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 333 aa  103  6e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0122  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.28926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1134  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 369 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.955983  normal  0.648616 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5228  AraC-type DNA-binding domain-containing protein  28.12 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2342  helix-turn-helix domain-containing protein  27.45 
 
 		 335 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3669  AraC family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 338 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.697151 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5229  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 339 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0958531  normal  0.127084 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0268  AraC family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 345 aa  100  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4629  AraC family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 363 aa  99.8  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3195  Fis family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 374 aa  99.8  7e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3901  helix-turn-helix, AraC type  26.19 
 
 		 366 aa  99.4  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1666  AraC family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3048  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 342 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.428431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0302  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 335 aa  98.2  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00847294 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5630  AraC family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 332 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.389433  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0421  AraC family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 350 aa  98.6  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23660  Transcription activator in PHB biosynthesis, AraC family  27.38 
 
 		 348 aa  98.2  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5295  AraC family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 347 aa  98.2  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0712927 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 345 aa  98.2  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0326701  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0382  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 347 aa  97.1  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2010  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 360 aa  97.1  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2005  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 335 aa  97.4  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1606  AraC family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 358 aa  96.7  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2021  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 396 aa  96.3  8e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.104034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2142  AraC family transcriptional regulator  22.19 
 
 		 339 aa  95.9  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179718  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1478  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 353 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  0.128482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2543  AraC family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 336 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.354483  hitchhiker  0.0000426703 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0306  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 347 aa  95.1  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.728671  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1792  AraC family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 359 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29180  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 339 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.173637 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000628  putative transcription regulator  23.28 
 
 		 333 aa  93.6  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1825  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 337 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.86634  normal  0.723243 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0506  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 346 aa  93.6  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2942  AraC family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 359 aa  93.2  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1198  AraC family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 348 aa  92.8  8e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.462338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5362  AraC family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 348 aa  92.4  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326108  normal  0.226827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3981  putative transcriptional regulator  29.45 
 
 		 339 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5546  AraC family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 373 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.883146 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5781  AraC family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 348 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.436402 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0307  AraC family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 335 aa  90.5  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0701  helix-turn-helix-domain-containing protein  23.42 
 
 		 345 aa  90.1  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.311411 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0451  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 327 aa  89.7  7e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1128  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 344 aa  89.7  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1431  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 343 aa  89.4  8e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0206  AraC family transcriptional regulator  28.61 
 
 		 334 aa  89.4  8e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1868  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 362 aa  89.4  8e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0070  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 352 aa  89.4  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1666  helix-turn-helix-domain-containing protein  24.93 
 
 		 360 aa  89.4  9e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6814  AraC family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 352 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2470  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 338 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13099  virulence-regulating transcriptional regulator VirS  26.77 
 
 		 340 aa  87.8  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4713  AraC family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 345 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0488626  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4967  AraC family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 360 aa  87  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1911  putative transcriptional regulator  29.15 
 
 		 337 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5492  AraC family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 360 aa  87  5e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.504835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1556  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 386 aa  86.7  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728217  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3110  helix-turn-helix domain-containing protein  34.39 
 
 		 330 aa  86.7  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6762  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 386 aa  86.3  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6273  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 348 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.294899  normal  0.494705 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4197  transcriptional regulator  34.38 
 
 		 333 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.510712  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2336  AraC family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 357 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3638  AraC family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 360 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.632973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3717  AraC family transcriptional regulator  22.65 
 
 		 335 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0218506 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22640  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 337 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000896441 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>